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- PDB-6tbc: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADPH and kal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tbc
タイトルCrystal structure of S. aureus FabI in complex with NADPH and kalimantacin B
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / enoyl-[acyl carrier protein] reductase / fatty acid biosynthesis / Rossmann fold / short-chain dehydrogenase/reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / NADP binding / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N5H / Chem-NDP / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] FabI
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Fage, C.D. / Masschelein, J.
資金援助 ベルギー, 英国, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders12H1716N ベルギー
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/M027503/1 英国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: The Kalimantacin Polyketide Antibiotics Inhibit Fatty Acid Biosynthesis in Staphylococcus aureus by Targeting the Enoyl-Acyl Carrier Protein Binding Site of FabI.
著者: Fage, C.D. / Lathouwers, T. / Vanmeert, M. / Gao, L.J. / Vrancken, K. / Lammens, E.M. / Weir, A.N.M. / Degroote, R. / Cuppens, H. / Kosol, S. / Simpson, T.J. / Crump, M.P. / Willis, C.L. / ...著者: Fage, C.D. / Lathouwers, T. / Vanmeert, M. / Gao, L.J. / Vrancken, K. / Lammens, E.M. / Weir, A.N.M. / Degroote, R. / Cuppens, H. / Kosol, S. / Simpson, T.J. / Crump, M.P. / Willis, C.L. / Herdewijn, P. / Lescrinier, E. / Lavigne, R. / Anne, J. / Masschelein, J.
履歴
登録2019年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32020年10月21日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
G: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
H: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,07524
ポリマ－227,7228
非ポリマー10,35316
水41423
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,03812
ポリマ－113,8614
非ポリマー5,1778
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20970 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area34450 Å2
手法PISA
2
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
G: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
H: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,03812
ポリマ－113,8614
非ポリマー5,1778
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20860 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.316, 108.564, 296.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLYSLYSAA-3 - 2562 - 261
21SERSERLYSLYSBB-3 - 2562 - 261
12HISHISILEILEAA-2 - 2553 - 260
22HISHISILEILECC-2 - 2553 - 260
13METMETILEILEAA-1 - 2554 - 260
23METMETILEILEDD-1 - 2554 - 260
14METMETILEILEAA-1 - 2554 - 260
24METMETILEILEEE-1 - 2554 - 260
15METMETILEILEAA-1 - 2554 - 260
25METMETILEILEFF-1 - 2554 - 260
16HISHISILEILEAA-2 - 2553 - 260
26HISHISILEILEGG-2 - 2553 - 260
17METMETILEILEAA-1 - 2554 - 260
27METMETILEILEHH-1 - 2554 - 260
18HISHISILEILEBB-2 - 2553 - 260
28HISHISILEILECC-2 - 2553 - 260
19METMETILEILEBB-1 - 2554 - 260
29METMETILEILEDD-1 - 2554 - 260
110METMETILEILEBB-1 - 2554 - 260
210METMETILEILEEE-1 - 2554 - 260
111METMETILEILEBB-1 - 2554 - 260
211METMETILEILEFF-1 - 2554 - 260
112HISHISILEILEBB-2 - 2553 - 260
212HISHISILEILEGG-2 - 2553 - 260
113METMETILEILEBB-1 - 2554 - 260
213METMETILEILEHH-1 - 2554 - 260
114METMETILEILECC-1 - 2554 - 260
214METMETILEILEDD-1 - 2554 - 260
115METMETILEILECC-1 - 2554 - 260
215METMETILEILEEE-1 - 2554 - 260
116METMETILEILECC-1 - 2554 - 260
216METMETILEILEFF-1 - 2554 - 260
117HISHISLYSLYSCC-2 - 2563 - 261
217HISHISLYSLYSGG-2 - 2563 - 261
118METMETILEILECC-1 - 2554 - 260
218METMETILEILEHH-1 - 2554 - 260
119METMETLYSLYSDD-1 - 2564 - 261
219METMETLYSLYSEE-1 - 2564 - 261
120METMETLYSLYSDD-1 - 2564 - 261
220METMETLYSLYSFF-1 - 2564 - 261
121METMETILEILEDD-1 - 2554 - 260
221METMETILEILEGG-1 - 2554 - 260
122METMETLYSLYSDD-1 - 2564 - 261
222METMETLYSLYSHH-1 - 2564 - 261
123METMETLYSLYSEE-1 - 2564 - 261
223METMETLYSLYSFF-1 - 2564 - 261
124METMETILEILEEE-1 - 2554 - 260
224METMETILEILEGG-1 - 2554 - 260
125METMETLYSLYSEE-1 - 2564 - 261
225METMETLYSLYSHH-1 - 2564 - 261
126METMETILEILEFF-1 - 2554 - 260
226METMETILEILEGG-1 - 2554 - 260
127METMETLYSLYSFF-1 - 2564 - 261
227METMETLYSLYSHH-1 - 2564 - 261
128METMETILEILEGG-1 - 2554 - 260
228METMETILEILEHH-1 - 2554 - 260

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
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20
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28

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] / ENR


分子量: 28465.264 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0J9X1X7, UniProt: Q6GI75*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific)
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-N5H / (2~{E},5~{R},10~{E},12~{E},15~{S},19~{R})-20-[[(2~{R},3~{R})-3-aminocarbonyloxy-2-methyl-butanoyl]amino]-3,5,15-trimethyl-7-methylidene-19-oxidanyl-17-oxidanylidene-icosa-2,10,12-trienoic acid


分子量: 548.711 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H48N2O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 % / 解説: Box-like
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Na/K phosphate pH 6.2, 20% (w/v) PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→29.64 Å / Num. obs: 68812 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.55-2.6113.54.8066171745640.3271.3514.9940.6100
11.96-29.6210.90.04680207370.9990.0140.04845.793.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.81 Å29.65 Å
Translation7.81 Å29.65 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TBB

6tbb


解像度: 2.55→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 16.338 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.31
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 3451 5 %RANDOM
Rwork0.1903 ---
obs0.1927 65272 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 218.17 Å2 / Biso mean: 92.288 Å2 / Biso min: 55.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.02 Å20 Å2
3---4.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15908 0 696 23 16627
Biso mean--95.14 83.23 -
残基数----2070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01316845
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01715846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.69222766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2051.62336733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20752062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85223.407819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.397152908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7581588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.22214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023374
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A76850.1
12B76850.1
21A75500.11
22C75500.11
31A76280.09
32D76280.09
41A77130.09
42E77130.09
51A76470.1
52F76470.1
61A76550.09
62G76550.09
71A76570.09
72H76570.09
81B76060.1
82C76060.1
91B75970.09
92D75970.09
101B76510.09
102E76510.09
111B76470.1
112F76470.1
121B76500.1
122G76500.1
131B76340.1
132H76340.1
141C75600.1
142D75600.1
151C75590.1
152E75590.1
161C75860.1
162F75860.1
171C76780.1
172G76780.1
181C75910.09
182H75910.09
191D76500.09
192E76500.09
201D75770.1
202F75770.1
211D76260.09
212G76260.09
221D76300.09
222H76300.09
231E76240.09
232F76240.09
241E75810.1
242G75810.1
251E76860.09
252H76860.09
261F76290.1
262G76290.1
271F76340.09
272H76340.09
281G76180.1
282H76180.1
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 280 -
Rwork0.384 4724 -
all-5004 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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