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- PDB-6t8q: HKATII IN COMPLEX WITH LIGAND (2R)-N-benzyl-1-[6-methyl-5-(oxan-4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t8q
タイトルHKATII IN COMPLEX WITH LIGAND (2R)-N-benzyl-1-[6-methyl-5-(oxan-4-yl)-7-oxo-6H,7H-[1,3]thiazolo[5,4-d]pyrimidin-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide
要素Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / ALPHA & BETA PROTEIN / PLP-DEPENDENT TRANSFERASE / KAT II / KYNURENINE AM / PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine transaminase / methionine-glyoxylate transaminase / glycine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / methionine-glyoxylate transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase / 2-aminoadipate transaminase activity / kynurenine-glyoxylate transaminase activity / kynurenine-glyoxylate transaminase / alpha-amino acid metabolic process / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine ...glycine transaminase / methionine-glyoxylate transaminase / glycine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / methionine-glyoxylate transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase / 2-aminoadipate transaminase activity / kynurenine-glyoxylate transaminase activity / kynurenine-glyoxylate transaminase / alpha-amino acid metabolic process / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / kynurenine metabolic process / Lysine catabolism / glutamate metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / Tryptophan catabolism / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Chem-MVQ / Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Blaesse, M. / Venalainen, J.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Other government フィンランド
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of sulfonamides and 9-oxo-2,8-diazaspiro[5,5]undecane-2-carboxamides as human kynurenine aminotransferase 2 (KAT2) inhibitors.
著者: Kalliokoski, T. / Rummakko, P. / Rantanen, M. / Blaesse, M. / Augustin, M. / Ummenthala, G.R. / Choudhary, S. / Venalainen, J.
履歴
登録2019年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,43812
ポリマ－50,9911
非ポリマー1,44711
水2,828157
1
A: Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,87724
ポリマ－101,9822
非ポリマー2,89522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_654-x+y+1,y,-z-1/21
Buried area11370 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area30420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.829, 144.829, 139.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-510-

CL

21A-601-

HOH

31A-652-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial / KAT/AadAT / 2-aminoadipate aminotransferase / 2-aminoadipate transaminase / Alpha-aminoadipate ...KAT/AadAT / 2-aminoadipate aminotransferase / 2-aminoadipate transaminase / Alpha-aminoadipate aminotransferase / AadAT / Kynurenine aminotransferase II / Kynurenine--oxoglutarate aminotransferase II / Kynurenine--oxoglutarate transaminase 2 / Kynurenine--oxoglutarate transaminase II


分子量: 50991.148 Da / 分子数: 1 / 断片: NONE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AADAT, KAT2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8N5Z0, 2-aminoadipate transaminase, kynurenine-oxoglutarate transaminase

-
非ポリマー , 5種, 168分子

#2: 化合物 ChemComp-MVQ / (2~{R})-1-[6-methyl-5-(oxan-4-yl)-7-oxidanylidene-[1,3]thiazolo[5,4-d]pyrimidin-2-yl]-~{N}-(phenylmethyl)pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 453.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 400, cadmium chloride, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→125.43 Å / Num. obs: 28843 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 30.166 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 10.63 / Num. measured all: 151149 / Scaling rejects: 40
反射 シェル解像度: 2.51→2.76 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 46.86 / Num. measured obs: 527 / Num. possible: 274 / Num. unique obs: 202 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.023 / % possible all: 97.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TF5

5tf5


解像度: 2.51→125.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 12.996 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.198
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 928 3.2 %RANDOM
Rwork0.1783 ---
obs0.1795 27915 95.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 151.04 Å2 / Biso mean: 56.36 Å2 / Biso min: 17.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20.3 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----1.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→125.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3369 0 45 158 3572
Biso mean--55.27 48.51 -
残基数----429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193482
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9864717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.29637607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0875433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.20224.71138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59915567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4211514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213919
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02754
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.575 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 73 -
Rwork0.3 2044 -
all-2117 -
obs--97.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6062-0.02460.22641.48780.4782.2235-0.038-0.10080.02540.1421-0.09720.19810.0853-0.38610.13520.2835-0.01840.00540.1202-0.02330.030663.305-9.86-20.554
23.88054.01784.21074.68494.5386.3774-0.1097-0.74950.88960.2964-0.611.0598-0.0792-1.0390.71980.55150.03950.07430.3157-0.06610.292552.998-17.621-50.723
31.8091-1.47023.20364.0021-3.26716.34430.3083-0.273-0.3904-0.15980.20450.2671.02-0.7165-0.51280.7003-0.18230.03320.2026-0.05170.162667.018-34.251-39.808
42.8117-1.78321.22933.6828-0.1292.9988-0.2029-0.36360.33740.3738-0.0116-0.46090.12670.55310.21450.4670.0354-0.0710.33170.02510.074287.728-15.6-5.177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION1A75 - 325
3X-RAY DIFFRACTION2A16 - 40
4X-RAY DIFFRACTION3A41 - 74
5X-RAY DIFFRACTION4A326 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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