PDB-6syd: Crystal structure of the lysozyme in presence of bromophenol blue...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6syd

タイトル

Crystal structure of the lysozyme in presence of bromophenol blue at pH 5.5

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDASE / Dye-soaking

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Camara-Artigas, A. / Plaza-Garrido, M. / Salinas-Garcia, M.C.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Lysozyme crystals dyed with bromophenol blue: where has the dye gone?
著者: Plaza-Garrido, M. / Salinas-Garcia, M.C. / Alba-Elena, D. / Martinez, J.C. / Camara-Artigas, A.

履歴

登録	2019年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6syd.cif.gz	103.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6syd.ent.gz	68.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6syd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/6syd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sycC 6syeC 6f1rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g4q-d 3rz4-d 1gb0-d 5f9x-d 1b7q-d 1gfh-d 7beb-d 1wtm-d 1loz-d 1cj9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.498, 78.498, 37.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-376- HOH
2	1	A-443- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-LYE / bromophenol blue / 2-[3,5-ジブロモ-4-ヒドロキシフェニル(3,5-ジブロモ-4-オキソ-2,5-シクロヘキサジエニリデン)メチル(以下略) 分子量: 669.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₀Br₄O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.3-0.5 sodium chloride at pH 4.6. After growth, and before measurement, these crystals were soaked in the dye solution: saturated bromophenol blue, 0.3 M sodium ...詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.3-0.5 sodium chloride at pH 4.6. After growth, and before measurement, these crystals were soaked in the dye solution: saturated bromophenol blue, 0.3 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate buffer at pH 5.5.

結晶

マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.71 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.3-0.5 sodium chloride at pH 4.6. After growth, and before measurement, these crystals were soaked in the dye solution: saturated bromophenol blue, 0.3 M sodium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→19.04 Å / Num. obs: 89752 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.38 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 18.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.1-1.12	6.9	0.893	16028	2334	0.769	0.361	0.966	1.7	100
6.03-19.04	6.3	0.026	2093	331	0.999	0.01	0.028	53.9	94.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F1R

6f1r

解像度: 1.1→19.04 Å / SU ML: 0.1122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.2005
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The ligand geometry validation is not accurate because the molecule is a resonant form.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	4478	4.99 %
R_work	0.2067	85274	-
obs	0.2079	89752	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→19.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	992	0	30	155	1177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1056
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7046	1434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0656	145
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	185
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.229	166

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.3075	165	0.2943	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.11-1.13	0.2946	161	0.2955	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.13-1.14	0.3113	179	0.2876	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.14-1.15	0.2795	151	0.2744	2845	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.15-1.17	0.2981	185	0.2774	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.17-1.18	0.2998	173	0.254	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.18-1.2	0.2562	167	0.2591	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.2-1.22	0.2761	168	0.2496	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.22-1.24	0.2502	110	0.2485	2880	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.24-1.26	0.2225	147	0.25	2871	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.26-1.28	0.2803	132	0.2421	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.28-1.3	0.3075	148	0.2423	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.3-1.33	0.1943	128	0.2343	2917	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.33-1.36	0.2493	153	0.2197	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.36-1.39	0.2399	156	0.2281	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.39-1.42	0.2251	126	0.2196	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.42-1.45	0.2297	143	0.213	2882	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.45-1.49	0.2352	167	0.2099	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.49-1.54	0.2117	146	0.2143	2888	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.54-1.59	0.2682	156	0.2084	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.59-1.64	0.2195	147	0.2079	2895	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.64-1.71	0.1983	126	0.2033	2862	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.71-1.79	0.2565	144	0.2096	2847	X-RAY DIFFRACTION	99.07
1.79-1.88	0.2368	160	0.2092	2805	X-RAY DIFFRACTION	98.64
1.88-2	0.2162	123	0.1993	2811	X-RAY DIFFRACTION	97.77
2-2.15	0.1699	136	0.1846	2820	X-RAY DIFFRACTION	98.08
2.15-2.37	0.243	148	0.1936	2804	X-RAY DIFFRACTION	97.43
2.37-2.71	0.229	154	0.1981	2802	X-RAY DIFFRACTION	97.27
2.71-3.41	0.2108	147	0.1967	2788	X-RAY DIFFRACTION	97.61
3.41-19.04	0.2441	132	0.1971	2800	X-RAY DIFFRACTION	96.96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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