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- PDB-6sss: Crystal structure of Human Microsomal Glutathione S-Transferase 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sss
タイトルCrystal structure of Human Microsomal Glutathione S-Transferase 2
要素Microsomal glutathione S-transferase 2
キーワードTRANSFERASE / ER MEMBRANE PROTEIN / GLUTATHIONE TRANSFERASE / MAPEG / MGST2 / INTEGRAL MEMBRANE ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane lipid catabolic process / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / glutathione biosynthetic process / glutathione binding / Aflatoxin activation and detoxification / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / leukotriene biosynthetic process / glutathione transferase ...membrane lipid catabolic process / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / glutathione biosynthetic process / glutathione binding / Aflatoxin activation and detoxification / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / leukotriene biosynthetic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / enzyme activator activity / lipid metabolic process / positive regulation of inflammatory response / nuclear envelope / response to lipopolysaccharide / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / : / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1-(8Z-hexadecenoyl)-sn-glycerol / THIOCYANATE ION / Microsomal glutathione S-transferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Thulasingam, M. / Nji, E. / Haeggstrom, J.Z.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council10350 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of human MGST2 reveal synchronized conformational changes regulating catalysis.
著者: Thulasingam, M. / Orellana, L. / Nji, E. / Ahmad, S. / Rinaldo-Matthis, A. / Haeggstrom, J.Z.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年4月7日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 3.02023年9月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 3.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microsomal glutathione S-transferase 2
B: Microsomal glutathione S-transferase 2
C: Microsomal glutathione S-transferase 2
D: Microsomal glutathione S-transferase 2
E: Microsomal glutathione S-transferase 2
F: Microsomal glutathione S-transferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,40826
ポリマ－104,7926
非ポリマー2,61520
水1,27971
1
A: Microsomal glutathione S-transferase 2
B: Microsomal glutathione S-transferase 2
C: Microsomal glutathione S-transferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,13613
ポリマ－52,3963
非ポリマー1,74010
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
2
D: Microsomal glutathione S-transferase 2
E: Microsomal glutathione S-transferase 2
F: Microsomal glutathione S-transferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,27113
ポリマ－52,3963
非ポリマー87510
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.886, 72.162, 72.692
Angle α, β, γ (deg.)67.930, 86.710, 86.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid
31chain C and segid
41chain D and segid
51chain E and segid
61chain F and segid

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 4 - 131 / Label seq-ID: 10 - 137

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and segidAA
2chain B and segidBB
3chain C and segidCC
4chain D and segidDD
5chain E and segidEE
6chain F and segidFF

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Microsomal glutathione S-transferase 2 / Microsomal GST-2 / Microsomal GST-II


分子量: 17465.410 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGST2, GST2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q99735, glutathione transferase

-
非ポリマー , 7種, 91分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-M88 / 1-(8Z-hexadecenoyl)-sn-glycerol / 2,3-dihydroxypropyl (Z)-hexadec-8-enoate / [(2S)-2,3-bis(oxidanyl)propyl] (Z)-hexadec-8-enoate


分子量: 328.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.5 0.4M Sodium sulfate 0.1M Potassium thiocyanate 17% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→43.329 Å / Num. obs: 35150 / % possible obs: 98.29 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 5.31
反射 シェル解像度: 2.49→2.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 35150 / CC1/2: 0.433

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1683精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SSR

6ssr


解像度: 2.498→43.329 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 29.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1755 5 %
Rwork0.2184 --
obs0.2209 35132 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.66 Å2 / Biso mean: 54.355 Å2 / Biso min: 24.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.498→43.329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6176 0 235 71 6482
Biso mean--56.76 49.96 -
残基数----786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.888798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1352232
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4746X-RAY DIFFRACTION10.228TORSIONAL
12B4746X-RAY DIFFRACTION10.228TORSIONAL
13C4746X-RAY DIFFRACTION10.228TORSIONAL
14D4746X-RAY DIFFRACTION10.228TORSIONAL
15E4746X-RAY DIFFRACTION10.228TORSIONAL
16F4746X-RAY DIFFRACTION10.228TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.498-2.56510.3521310.3054248196
2.5651-2.64060.34581340.3013255398
2.6406-2.72580.37381360.2839259098
2.7258-2.82320.31981350.2685256099
2.8232-2.93620.2721370.252259298
2.9362-3.06980.2911340.2433256098
3.0698-3.23160.30761370.2296259698
3.2316-3.4340.27651360.2166258299
3.434-3.6990.27381330.2227254398
3.699-4.0710.23531340.2018256498
4.071-4.65950.23731370.1751260299
4.6595-5.86820.25421350.2044257399
5.86820.21231360.1911258199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0459-0.2328-0.36180.31980.37330.4589-0.0134-0.22710.06470.19150.14290.3368-0.2487-0.1972-00.3219-0.0760.00060.3527-0.00210.362712.952923.2347-8.4399
21.65581.5477-0.45561.77740.04390.6806-0.2077-0.3685-0.77340.7858-0.2522-1.04280.61620.29590.02050.6313-0.0334-0.02410.40390.14590.395116.76412.493-2.6108
30.5345-0.0299-0.13880.16130.0190.55970.02150.016-0.0247-0.0462-0.1105-0.04010.0562-0.086600.2908-0.04070.02210.3095-0.00510.33396.033320.6939-14.4967
40.9857-0.33530.55620.92620.51960.7008-0.11940.13730.2135-0.23780.44690.3165-0.0591-0.739500.3276-0.0795-0.04560.3441-0.01630.34130.603725.9806-27.0309
50.5868-0.3526-0.19770.57450.62770.5609-0.14660.01760.0048-0.22880.33770.30860.195-0.1232-0.00020.2838-0.05070.03050.38830.00340.44066.522915.623-28.8351
61.4104-0.59330.2770.52450.10720.31940.00060.0739-0.10130.17240.14290.0008-0.0602-0.10220.00010.3081-0.01140.01010.32240.02120.273813.512210.3762-24.3473
70.6611-0.19980.04580.30740.11040.8395-0.01680.1955-0.1124-0.30740.2043-0.06060.0427-0.0008-00.3376-0.00620.02460.3795-0.01150.357220.858515.7814-35.3165
80.81270.1842-0.59010.25430.13990.5811-0.0138-0.0958-0.0332-0.3672-0.1798-0.41610.230.279700.44940.0619-0.01050.37880.01040.430126.94210.7655-22.3507
91.0852-0.20940.11860.46560.23271.08630.1065-0.2998-0.05780.13610.0062-0.11390.0010.21100.3610.0416-0.03440.4094-0.03970.384124.918222.5702-12.3956
100.5943-0.48090.35180.27580.00910.4054-0.1215-0.0293-0.0414-0.65570.3404-0.0137-0.06230.2594-0.00040.4921-0.00880.03580.44580.02390.403755.75527.3457-54.8601
110.55090.20.23840.51150.34460.52380.04960.2660.0337-0.2493-0.0189-0.173-0.03270.1496-0.00010.41050.02250.05490.3554-0.00630.350252.620224.6294-65.4085
120.06960.36940.4580.58170.55290.62910.2160.7030.04310.20750.20060.54720.0153-0.09190.00610.44660.0477-0.00620.44460.01360.43940.243720.2837-69.9019
130.2008-0.2291-0.58140.49291.09162.4404-0.25730.08810.5336-1.06390.41560.1156-0.71980.28970.14410.70420.0714-0.0450.48210.08920.620743.899141.0629-75.5215
140.71180.1528-0.51410.57650.08630.55390.0310.1194-0.0399-0.2873-0.20610.13740.1196-0.1244-0.00020.3487-0.023-0.08960.3496-0.00190.359233.375722.8268-63.6851
151.03470.2589-0.25950.32530.37980.6021-0.2614-0.04180.00010.20410.45250.352-0.1031-0.7924-0.00120.40750.08460.02710.48990.0430.406327.112419.4349-54.5259
161.17710.9727-0.08661.12020.72571.206-0.00180.3320.0480.18-0.2351-0.1756-0.02720.17380.00010.3102-0.0089-0.04250.3404-0.02060.287333.912327.6717-49.4048
170.86620.40090.23340.21990.08340.51010.14110.05220.0967-0.14520.01210.36740.0702-0.122300.32980.01040.02040.3337-0.00890.328940.784633.2367-53.8855
180.2073-0.10510.24060.0726-0.05290.1378-0.0228-0.64710.2032-0.01910.1629-0.0111-0.0341-0.3201-0.00010.335-0.0029-0.01650.3852-0.03020.399542.43929.7461-41.8167
190.55020.35840.24880.12030.18430.8805-0.05870.14860.40290.39180.0713-0.7352-0.07040.0955-0.00060.2554-0.01670.02750.33880.03850.346353.2826.5683-43.7537
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 32 )A3 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 43 )A33 - 43
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 74 through 133 )B74 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 3 through 43 )C3 - 43
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 44 through 135 )C44 - 135
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 33 through 43 )E33 - 43
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 44 through 100 )E44 - 100
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 101 through 133 )E101 - 133
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 4 through 32 )F4 - 32
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 33 through 73 )F33 - 73
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 74 through 100 )F74 - 100
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 101 through 132 )F101 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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