PDB-6sps: Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sps

タイトル

Crystal structure of cAMP-dependent protein kinase A (CHO PKA) in complex with 4-(trifluoromethyl)benzamide

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / phosphotransferase / signalling pathways / glycogen metabolism / serine/threonine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Oebbeke, M. / Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Fragment Binding to Kinase Hinge: If Charge Distribution and Local pK a Shifts Mislead Popular Bioisosterism Concepts.
著者: Oebbeke, M. / Siefker, C. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sps.cif.gz	188.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sps.ent.gz	122 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sps_validation.pdf.gz	703.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sps_full_validation.pdf.gz	704.2 KB	表示
XML形式データ	6sps_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	6sps_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6sps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/6sps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n33C 5n3cC 5n3dC 5n3eC 5n3hC 5n3jC 5n3qC 5n3sC 6snnC 6snxC 6soxC 6spmC 6spuC 6spyC 6ypsC 6z08C 6z44C 6zn0C 6f14S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1re8-d 5n3k-d 5n3h-d 6z08-d 3dne-d 2uzw-d 1xh4-1 3oog-d 6spm-d 6sq1-d 5m0c-d 3agm-d 6you-d 5n3g-d 6e21-d 4iac-d 1xh9-1 1svh-d 3emc-d 1ydt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.669, 71.282, 97.448
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-LR5 / 4-(trifluoromethyl)benzamide 分子量: 189.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆F₃NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM MES-BIS-Tris-Buffer, 1 mM dithiothreitol, 0.1 mM sodium EDTA, 75 mM LiCl, 0.03 Mega 8 and 23 % methanol (v/v)0.003 mL drop volume, 0.5 mL reservoir volume

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→45.65 Å / Num. obs: 43419 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 12.69
反射シェル	解像度: 1.65→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6900 / R_sym value: 0.495 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
Coot	0.8.9	モデル構築
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F14

6f14

解像度: 1.65→45.65 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2225	2167	5 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.1876	41179	98.08 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2708	0	25	253	2986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0056	2859
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8	3888
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0518	414
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	504
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7561	1685

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.2716	139	0.2313	2630	X-RAY DIFFRACTION	95.61
1.69-1.73	0.274	145	0.2104	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.32
1.73-1.78	0.246	145	0.2007	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.78-1.83	0.2445	145	0.2026	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.83-1.89	0.2435	143	0.2029	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.89-1.95	0.296	142	0.2377	2715	X-RAY DIFFRACTION	97.91
1.95-2.03	0.2481	145	0.187	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.03-2.13	0.2225	143	0.1957	2715	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.13-2.24	0.2091	145	0.1889	2756	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.24-2.38	0.2492	141	0.1999	2687	X-RAY DIFFRACTION	96.35
2.38-2.56	0.2542	146	0.1892	2758	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.56-2.82	0.2345	145	0.1912	2762	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.82-3.23	0.1895	146	0.1788	2776	X-RAY DIFFRACTION	97.99
3.23-4.06	0.2007	145	0.1627	2751	X-RAY DIFFRACTION	96.08
4.06-45.65	0.1961	152	0.1709	2881	X-RAY DIFFRACTION	96.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.622886055144	-0.0637278857584	-0.358688227551	2.16296796991	1.35381736572	1.07848440014	0.0823117564047	0.0524086844525	0.0302873518678	-0.141906183032	-0.112073363947	0.0100355755833	-0.114044013098	-0.0453229221895	0.0227169362553	0.145412717212	0.0058640460102	0.00625732001541	0.15400380676	0.0220848542973	0.151685065671	17.6824794978	11.8999230154	15.6369279502
2	1.05624153315	-0.315433382311	0.397690301527	1.26198220123	-0.280588221045	6.55356318226	0.089781064719	0.0430573819402	-0.0326854191184	-0.201396469357	-0.111670259044	-0.0801247150662	0.113153775106	0.00490405166256	0.0323757417247	0.153358265285	0.00415979694519	0.0241688011195	0.0896117988067	0.00633281186523	0.149605648909	13.9060463515	15.6314345005	16.2912481696
3	1.51957272391	1.1513764924	-3.37365832623	0.921931528472	-2.57217170434	7.47987638972	-0.0590909625206	0.00532943820207	-0.13054091752	-0.044016183301	-0.0504851401569	-0.0572703797303	0.00454511979678	-0.0724508369728	0.124737464783	0.168787607344	0.0340567027084	-0.00441112083322	0.131666835218	-0.0187595338084	0.164131159712	11.0106597669	-0.0132128794535	26.3955434965
4	0.902744670343	0.0145470183538	-0.0450675349204	1.25648873903	-0.431895111533	2.15073586293	0.0606920325268	0.0241813885412	0.0622006607013	-0.081015264466	-0.0356132315848	-0.0264729315265	-0.0539746514522	-0.00215274843132	-0.0170906110302	0.0970217344073	0.0158412839877	0.011799552896	0.107606130681	-0.00804375327742	0.119926985927	8.85181237349	12.7723161413	29.3331553354
5	1.46504514212	-0.77096244621	0.531615484434	1.933126778	-1.21621091898	1.91994260678	0.0420035708969	-0.0505323891555	0.0126082542526	-0.00630657561699	0.0464023117681	0.142410261784	-0.0296465878505	-0.140913215635	-0.0569206891462	0.0864321648811	0.0153857728543	0.00786204727385	0.126670267888	-0.00873692022624	0.129567809778	-3.07768908907	10.9046975209	37.0689621433
6	0.459271719458	-0.325838471945	-0.524986133072	0.732486658309	0.693205467876	0.797289916526	0.017135756955	0.0649563555393	0.0317434145233	-0.147874259566	-0.0625715415305	-0.0203951025093	-0.0748976731651	0.0356969697465	0.0616203695473	0.139645162715	-0.00744483519277	0.00201705264555	0.15438571755	0.0230873427419	0.175511816571	15.3979022921	4.52150433092	20.6739283755

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 114 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 115 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 141 through 198 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 199 through 297 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 298 through 350 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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