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- PDB-6sp1: KEAP1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sp1
タイトルKEAP1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 6
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / NRF2 / KEAP1 / protein-protein interactions / Huntingtons disease / tetrahydroisoquinoline
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / regulation of autophagy / disordered domain specific binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch ...Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-LQ8 / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Ontoria, J.M. / Biancofiore, I. / Fezzardi, P. / Torrente de Haro, E. / Colarusso, S. / Bianchi, E. / Andreini, M. / Patsilinakos, A. / Summa, V. / Pacifici, R. ...Ontoria, J.M. / Biancofiore, I. / Fezzardi, P. / Torrente de Haro, E. / Colarusso, S. / Bianchi, E. / Andreini, M. / Patsilinakos, A. / Summa, V. / Pacifici, R. / Munoz-Sanjuan, I. / Park, L. / Bresciani, A. / Dominguez, C. / Toledo-Sherman, L. / Harper, S.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Combined Peptide and Small-Molecule Approach toward Nonacidic THIQ Inhibitors of the KEAP1/NRF2 Interaction.
著者: Ontoria, J.M. / Biancofiore, I. / Fezzardi, P. / Ferrigno, F. / Torrente, E. / Colarusso, S. / Bianchi, E. / Andreini, M. / Patsilinakos, A. / Kempf, G. / Augustin, M. / Steinbacher, S. / ...著者: Ontoria, J.M. / Biancofiore, I. / Fezzardi, P. / Ferrigno, F. / Torrente, E. / Colarusso, S. / Bianchi, E. / Andreini, M. / Patsilinakos, A. / Kempf, G. / Augustin, M. / Steinbacher, S. / Summa, V. / Pacifici, R. / Munoz-Sanjuan, I. / Park, L. / Bresciani, A. / Dominguez, C. / Sherman, L.T. / Harper, S.
履歴
登録2019年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,29618
ポリマ－63,9042
非ポリマー1,39216
水3,117173
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,99011
ポリマ－31,9521
非ポリマー1,03810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3067
ポリマ－31,9521
非ポリマー3546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.164, 76.387, 204.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 31951.773 Da / 分子数: 2 / 断片: KELCH DOMAIN, RESIDUES 321-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物 ChemComp-LQ8 / (1~{S},2~{R})-2-[[(1~{S})-1-[[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]methyl]-5-(2-hydroxyethyloxy)-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl]carbonyl]cyclohexane-1-carboxylic acid


分子量: 506.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N2O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→102.42 Å / Num. obs: 36564 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 53.053 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 14.62
反射 シェル解像度: 2.57→2.82 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 14.62 / Num. unique obs: 194 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.016 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.57→102.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 14.309 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.205
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 905 2.5 %RANDOM
Rwork0.2005 ---
obs0.2009 35659 94.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.37 Å2 / Biso mean: 53.303 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20 Å20 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→102.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4372 0 97 174 4643
Biso mean--59.67 46.39 -
残基数----570
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0214541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0441.9526177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86339171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4045568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.09522.464207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.88515642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.771542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1410.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1360.23910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1530.22064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0640.22496
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0640.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0510.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1110.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0850.25
LS精密化 シェル解像度: 2.571→2.638 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 45 -
Rwork0.35 2593 -
obs--92.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)
12.2992-0.24940.05612.8878-0.00271.43330.01240.0823-0.0269-0.05670.00520.14240.1199-0.1247-0.01750.07090.00440.07440.01880.02270.1154
22.5869-0.30820.04321.99410.07141.8213-0.0911-0.04510.11690.10320.0349-0.0302-0.09010.02670.05610.03080.01180.02720.12920.09020.1156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A325 - 609
2X-RAY DIFFRACTION2B325 - 609

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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