PDB-6slb: Crystal structure of isomerase PaaG with trans-3,4-didehydroadipyl-CoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6slb

タイトル

Crystal structure of isomerase PaaG with trans-3,4-didehydroadipyl-CoA

要素

Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

キーワード

ISOMERASE / phenylacetic acid catabolism / tropodithietic acid / crotonase

機能・相同性

Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Chem-T3D / Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus JL-18 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Spieker, M. / Teufel, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural and Mechanistic Basis of an Oxepin-CoA Forming Isomerase in Bacterial Primary and Secondary Metabolism.
著者: Spieker, M. / Saleem-Batcha, R. / Teufel, R.

履歴

登録	2019年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6slb.cif.gz	70.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6slb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6slb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6slb_validation.pdf.gz	680.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6slb_full_validation.pdf.gz	684.2 KB	表示
XML形式データ	6slb_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	6slb_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6slb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6slb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sl9C 6slaC 3hrxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sl9-1 3pea-1 4u18-d 3kqf-2 4jfc-1 3myb-d 2fw2-3 4fjw-d 3pea-2 2ppy-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

ヘテロ分子

AAA: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

ヘテロ分子

AAA: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.024, 88.024, 88.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-464- HOH

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase 分子量: 27861.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus JL-18 (バクテリア) 遺伝子: TtJL18_0099 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H9ZNW0
#2: 化合物	ChemComp-T3D / (~{E})-6-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-6-oxidanylidene-hex-3-enoic acid 分子量: 893.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₂N₇O₁₉P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM KH2PO4, pH 4.5, 20-22% PEG 3350, 3% (w/v) NDSB-201 and 20% glycerol (v/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→44.01 Å / Num. obs: 18671 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 22.48
反射シェル	解像度: 1.88→1.947 Å / R_merge(I) obs: 0.2998 / Num. unique obs: 1747

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HRX

3hrx

解像度: 1.88→44.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.185 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	1013	5.427 %
R_work	0.1681	-	-
all	0.171	-	-
obs	-	18665	99.419 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.196 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→44.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1960	0	57	120	2137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.705	1.677	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.546	1.605	4650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.878	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.763	20.476	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.714	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.151	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.118	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.169	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.901	3.414	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.891	3.415	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.753	5.109	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.755	5.109	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.075	4.009	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.073	4.008	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.054	5.795	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.052	5.794	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.301	42.151	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.308	41.955	2235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.929	0.287	96	0.256	1178	X-RAY DIFFRACTION	93.6076
1.929-1.982	0.237	50	0.22	1256	X-RAY DIFFRACTION	98.9394
1.982-2.039	0.218	83	0.191	1233	X-RAY DIFFRACTION	99.8483
2.039-2.102	0.199	102	0.178	1146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.102-2.171	0.213	55	0.152	1175	X-RAY DIFFRACTION	99.9188
2.171-2.247	0.234	55	0.152	1135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.247-2.331	0.181	55	0.149	1089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.331-2.426	0.251	53	0.158	1045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.426-2.534	0.198	59	0.158	1008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.658	0.284	53	0.174	987	X-RAY DIFFRACTION	99.9039
2.658-2.801	0.222	56	0.176	902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.801-2.971	0.314	48	0.177	884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.971-3.175	0.218	49	0.188	835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.175-3.429	0.25	41	0.162	754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.429-3.755	0.173	36	0.152	707	X-RAY DIFFRACTION	99.8656
3.755-4.196	0.162	36	0.153	657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.196-4.842	0.161	28	0.138	570	X-RAY DIFFRACTION	99.8331
4.842-5.921	0.225	28	0.191	495	X-RAY DIFFRACTION	100
5.921-8.336	0.264	22	0.178	391	X-RAY DIFFRACTION	100
8.336-44.01	0.215	12	0.182	237	X-RAY DIFFRACTION	99.6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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