+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sj4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Amidohydrolase, AHS with substrate analog | ||||||
![]() | Amidohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Amidohydrolase / AHS with substrate analog | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Naismith, J.H. / Song, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Biosynthesis of the Benzoxazole in Nataxazole Proceeds via an Unstable Ester and has Synthetic Utility. 著者: Song, H. / Rao, C. / Deng, Z. / Yu, Y. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 393.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 318.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6siwC ![]() 6sixC ![]() 6siyC ![]() 6sizC ![]() 6sj0C ![]() 6sj1C ![]() 6sj2C ![]() 6sj3C ![]() 6tm4C ![]() 6js0 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56400.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: natAM, CF54_07360 / 発現宿主: ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 335分子 ![](data/chem/img/LFK.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 and 25% w/v polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→65.08 Å / Num. obs: 86621 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.84 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.087 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4510 / CC1/2: 0.587 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JS0 ![]() 6js0 解像度: 1.81→65.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 8.877 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.12 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.74 Å2 / Biso mean: 35.811 Å2 / Biso min: 18.45 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→65.08 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.857 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|