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- PDB-6shh: Human kallikrein 7 with aromatic coumarinic ester compound 1 cova... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6shh
タイトルHuman kallikrein 7 with aromatic coumarinic ester compound 1 covalently bound to H57
要素Kallikrein-7
キーワードHYDROLASE / Serine Protease / Covalent Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stratum corneum chymotryptic enzyme / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / cornified envelope / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / extracellular matrix disassembly / epidermis development / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / secretory granule ...stratum corneum chymotryptic enzyme / positive regulation of antibacterial peptide production / epidermal lamellar body / cornified envelope / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / extracellular matrix disassembly / epidermis development / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / secretory granule / protein maturation / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-SH7 / Kallikrein-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hanke, S. / Straeter, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationCRC 1052 - project C4 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural Studies on the Inhibitory Binding Mode of Aromatic Coumarinic Esters to Human Kallikrein-Related Peptidase 7.
著者: Hanke, S. / Tindall, C.A. / Pippel, J. / Ulbricht, D. / Pirotte, B. / Reboud-Ravaux, M. / Heiker, J.T. / Strater, N.
履歴
登録2019年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-7
B: Kallikrein-7
C: Kallikrein-7
D: Kallikrein-7
E: Kallikrein-7
F: Kallikrein-7
G: Kallikrein-7
H: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,418105
ポリマ－195,8498
非ポリマー11,56897
水20,6991149
1
A: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,81112
ポリマ－24,4811
非ポリマー1,32911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,04515
ポリマ－24,4811
非ポリマー1,56414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,04515
ポリマ－24,4811
非ポリマー1,56414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,90713
ポリマ－24,4811
非ポリマー1,42612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,71511
ポリマ－24,4811
非ポリマー1,23310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,90713
ポリマ－24,4811
非ポリマー1,42612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,89912
ポリマ－24,4811
非ポリマー1,41811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Kallikrein-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,09114
ポリマ－24,4811
非ポリマー1,61013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.630, 116.410, 290.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Kallikrein-7 / hK7 / Serine protease 6 / Stratum corneum chymotryptic enzyme / hSCCE


分子量: 24481.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The inhibitor is covalently attached to H57 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK7, PRSS6, SCCE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS
参照: UniProt: P49862, stratum corneum chymotryptic enzyme

-
非ポリマー , 5種, 1246分子

#2: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-SH7 / (3-chlorophenyl) 6-methyl-2-oxidanylidene-chromene-3-carboxylate / 2-オキソ-6-メチル-2H-1-ベンゾピラン-3-カルボン酸3-クロロフェニル


分子量: 314.720 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H11ClO4
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.9 M ammonium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 8.5, 0.5- 2 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.49 Å / Num. obs: 138723 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 30.04 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.33 / Rpim(I) all: 0.166 / Rrim(I) all: 0.37 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 4.121 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 5745 / CC1/2: 0.229 / Rrim(I) all: 4.638 / % possible all: 84.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2qxi

2qxi


解像度: 2→47.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2106 1.52 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.19 138570 99.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 171.15 Å2 / Biso mean: 43.07 Å2 / Biso min: 18.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9598 Å20 Å20 Å2
2---10.7956 Å20 Å2
3---7.8358 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13629 0 541 1149 15319
Biso mean--84.65 45.6 -
残基数----1792
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4841SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2733HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14732HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1826SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16992SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d14732HARMONIC20.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg20215HARMONIC21.27
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.2
LS精密化 シェル解像度: 2→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3287 33 1.19 %
Rwork0.2497 2739 -
all0.2506 2772 -
obs--72.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12230.2047-0.00510.92920.02591.0859-0.0369-0.03830.02530.0683-0.00230.01490.0066-0.13360.0392-0.0221-0.004-0.0020.2383-0.0109-0.0055-20.297-16.348964.3344
21.72830.05430.09471.2675-0.01171.1867-0.0293-0.0470.0144-0.01040.00150.0282-0.045-00.0278-0.1415-0.0113-0.00660.1105-0.0182-0.11462.494-5.981949.2384
31.2740.20010.24961.00280.30681.7383-0.02680.00780.0388-0.0583-0.0192-0.0187-0.1743-0.08160.0459-0.15130.008-0.0120.1483-0.0142-0.118-28.9673-4.504228.5318
41.80860.40480.44151.90010.30051.61850.04960.0611-0.15810.1276-0.0087-0.10570.13720.0927-0.0409-0.0508-0.0053-0.00590.0842-0.0201-0.09362.03284.882186.8731
51.47810.020.37360.8968-0.06991.5761-0.1046-0.00870.0309-0.07020.05560.0097-0.09560.14110.049-0.0522-0.0129-0.00390.2417-0.0091-0.0399-6.1637-12.894312.37
61.66270.16290.33640.890.26241.5932-0.07440.04-0.071-0.10670.0412-0.03980.0358-0.05170.0332-0.0157-0.00070.02440.14530.0024-0.0625-9.721212.7803122.213
71.59070.18640.2382.52360.15632.3860.0974-0.08660.1143-0.0635-0.1570.1056-0.51950.00930.0596-0.04020.0305-0.00060.0456-0.003-0.2146-29.90029.8587-7.1714
81.3943-0.0318-0.12341.94760.62012.05020.0241-0.037-0.03030.25720.0008-0.10290.4612-0.0517-0.02490.0536-0.0266-0.0496-0.0539-0.0091-0.1942-7.9851-18.5961101.073
900.0820.22270.1355-0.02810.78290.03290.0154-0.00210.0233-0.00440.02490.0023-0.0465-0.0285-0.2110.0114-0.02020.401-0.0029-0.141-15.0137-0.35759.1014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A16 - 246
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B16 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C16 - 246
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D16 - 246
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E16 - 246
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F16 - 246
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G16 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H16 - 246
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|301 }A301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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