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- PDB-6sdq: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sdq
タイトルTrypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with fragment 2m5n
要素Farnesyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) / Trypanosoma cruzi / complex with fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methoxy-5-nitro-phenol / Farnesyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.
資金援助1件
組織認可番号国
European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with fragment 2m5n
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2019年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6015
ポリマ－41,2051
非ポリマー3964
水4,035224
1
A: Farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子

A: Farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,20310
ポリマ－82,4112
非ポリマー7928
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area6810 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area27770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.919, 57.919, 398.079
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Farnesyl diphosphate synthase


分子量: 41205.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-L8Q / 2-methoxy-5-nitro-phenol


分子量: 169.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H7NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4mM ZnSO4+ 8 mM MES pH:6.50, 12.36% PEG MME 550, 11.57% Glycerol. crystal obtained by microseeding: 160mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.00, 20% PEG 4000, 20% Glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→398.079 Å / Num. obs: 46477 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 22.17 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 26.85
反射 シェル解像度: 1.68→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 6916 / CC1/2: 0.98 / Rsym value: 0.234 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1yhl

1yhl


解像度: 1.68→46.92 Å / SU ML: 0.1394 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 15.116
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 2323 5 %
Rwork0.1663 44149 -
obs0.1672 46472 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→46.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2815 0 19 224 3058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00872982
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93764069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0544453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.82951776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.720.21491110.22622124X-RAY DIFFRACTION82.9
1.72-1.750.19921350.18162559X-RAY DIFFRACTION99.96
1.75-1.790.20091340.17292538X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.840.19241320.17222520X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.890.20851360.16522576X-RAY DIFFRACTION99.96
1.89-1.940.19771360.16672586X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.010.17781360.15722573X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.080.1791350.15782567X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.160.17341360.15552586X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.260.17031350.15012572X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.380.16231370.14882604X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.530.1721390.15642632X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.720.1541380.15122623X-RAY DIFFRACTION100
2.72-30.15631400.16392654X-RAY DIFFRACTION100
3-3.430.18531420.16892699X-RAY DIFFRACTION100
3.43-4.320.2041440.15492740X-RAY DIFFRACTION100
4.32-46.920.19531570.19352996X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08800254989-0.1677635672630.1651689893510.5572678738830.01922119441730.627531310719-0.04237777260460.04689543280170.142001885177-0.00229702862841-0.00362368962204-0.0597027177574-0.05562152813920.052151788142-2.60322663973E-50.1082749832680.01133105393540.01098748159650.1311142476110.02743614327290.153490680485-3.19298303763-15.0739988792-33.2219232601
20.921091937283-0.0238046122946-0.3274771468950.335337342388-0.007787247701060.7377323887340.0167506664546-0.1631751300380.1406399454130.04752755667050.01564771832920.0288718890419-0.07027031364290.0219383676717-3.74429649882E-50.1601107329370.0184020122760.001694390617830.215460452482-0.004329531281540.170812150136-12.017084317-19.7067209212-12.0330546687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 142 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 143 through 361 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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