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万見
- PDB-6scz: Mycobacterium tuberculosis alanine racemase inhibited by DCS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6scz
タイトルMycobacterium tuberculosis alanine racemase inhibited by DCS
要素Alanine racemase
キーワードISOMERASE / Enzyme / alanine racemase / peptidoglycan biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L7N / Chem-OJQ / polyethylene glycol / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Alanine racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者de Chiara, C. / Purkiss, A. / Prosser, G. / Homsak, M. / de Carvalho, L.P.S.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteSee list below 英国
Cancer Research UKFC001060 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001060 英国
Wellcome TrustFC001060 英国
Wellcome Trust104785/B/14/Z 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: D-Cycloserine destruction by alanine racemase and the limit of irreversible inhibition.
著者: de Chiara, C. / Homsak, M. / Prosser, G.A. / Douglas, H.L. / Garza-Garcia, A. / Kelly, G. / Purkiss, A.G. / Tate, E.W. / de Carvalho, L.P.S.
履歴
登録2019年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine racemase
B: Alanine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,55652
ポリマ－82,1022
非ポリマー7,45450
水9,458525
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The homodimer represents the Biological assembly. The enzyme is only active as a dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.178, 164.178, 57.742
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

GOL

21A-405-

CA

31A-641-

HOH

41A-721-

HOH

51A-735-

HOH

61B-762-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alanine racemase


分子量: 41050.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal GSH is part of the thrombin recognition site
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: alr, Rv3423c, MTCY78.06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WQA9, alanine racemase

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非ポリマー , 10種, 575分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-P4K / polyethylene glycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42-tetradecaoxatetratetracontan-1-ol


分子量: 662.804 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H62O15
#8: 化合物 ChemComp-L7N / (~{E})-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylidene-[(4~{R})-3-oxidanylidene-1,2-oxazolidin-4-yl]azanium


分子量: 332.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N3O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-OJQ / [2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methyl-(3-oxidanyl-1,2-oxazol-4-yl)azanium


分子量: 332.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N3O7P
#10: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100 mM sodium MES buffer pH 6.2, 150 mM CaCl, 10% (v/v) PEG Smear Broad, 3% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→164.18 Å / Num. obs: 109883 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.41 % / Biso Wilson estimate: 22.06 Å2 / CC1/2: 0.9986 / Rmerge(I) obs: 0.1262 / Net I/σ(I): 9.93
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.471 / Num. unique obs: 5434

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3765精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XFC

1xfc


解像度: 1.57→82.09 Å / SU ML: 0.181 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.9704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1897 5447 4.96 %
Rwork0.1504 104436 -
obs0.1524 109883 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→82.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5454 0 322 525 6301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87118248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.09111017
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.590.32061640.28713401X-RAY DIFFRACTION99.3
1.59-1.610.33632010.25933443X-RAY DIFFRACTION99.73
1.61-1.630.29021930.24873401X-RAY DIFFRACTION99.75
1.63-1.650.32541880.23643443X-RAY DIFFRACTION99.86
1.65-1.670.28631730.21653421X-RAY DIFFRACTION99.78
1.67-1.690.25871710.20123462X-RAY DIFFRACTION99.89
1.69-1.720.23911830.1933428X-RAY DIFFRACTION99.89
1.72-1.740.25671880.18383452X-RAY DIFFRACTION99.73
1.74-1.770.24091750.17633404X-RAY DIFFRACTION99.89
1.77-1.80.22271730.17193476X-RAY DIFFRACTION99.95
1.8-1.830.25281630.17383458X-RAY DIFFRACTION99.83
1.83-1.860.21981680.16163468X-RAY DIFFRACTION99.92
1.86-1.90.21311750.15743440X-RAY DIFFRACTION99.89
1.9-1.940.19531990.14133456X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.980.19871880.13893451X-RAY DIFFRACTION99.92
1.98-2.020.20581730.13743459X-RAY DIFFRACTION99.97
2.02-2.070.19171820.13653473X-RAY DIFFRACTION99.97
2.07-2.130.18651740.13183479X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.190.19711700.12833467X-RAY DIFFRACTION99.92
2.19-2.260.18121890.12743460X-RAY DIFFRACTION99.97
2.26-2.350.17161880.13053481X-RAY DIFFRACTION99.92
2.35-2.440.15961730.1253488X-RAY DIFFRACTION99.97
2.44-2.550.18252000.12963469X-RAY DIFFRACTION99.97
2.55-2.680.1771870.13263498X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.850.16691740.13023532X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.070.17421950.14023510X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.380.16631750.14393551X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.870.16241910.14023574X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.880.15681950.13273590X-RAY DIFFRACTION100
4.88-82.090.22321790.19713801X-RAY DIFFRACTION99.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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