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万見
- PDB-6s6r: First crystal structure of parasitic PEX14 in complex with a frag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s6r
タイトルFirst crystal structure of parasitic PEX14 in complex with a fragment molecule 1H-indole-7-carboxylic acid
要素Peroxin 14
キーワードSIGNALING PROTEIN / PEX14 / PPI / PEX14/PEX5 / Trypanosomes / FBDD
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome membrane / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / protein targeting to vacuole / glycosome / post-transcriptional regulation of gene expression / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1~{H}-indole-7-carboxylic acid / Peroxisomal membrane protein PEX14
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58000903163 Å
データ登録者Hassaan, E. / Heine, A. / Klebe, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Commission ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: First crystal structure of parasitic PEX14 in complex with a fragment molecule 1H-indole-7-carboxylic acid
著者: Hassaan, E. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2019年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5037
ポリマ－7,8831
非ポリマー6206
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area4910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.306, 43.306, 80.942
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peroxin 14


分子量: 7883.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PEX14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IEW2

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非ポリマー , 5種, 48分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-KXQ / 1~{H}-indole-7-carboxylic acid / 1H-インド-ル-7-カルボン酸


分子量: 161.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 50% PEG 8000, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→43.306 Å / Num. obs: 10965 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 8.22 % / Biso Wilson estimate: 18.9861182796 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 16.93
反射 シェル解像度: 1.58→1.588 Å / Num. unique obs: 10965

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58000903163→38.1843205977 Å / SU ML: 0.165444141052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37743608206 / 位相誤差: 23.5566591667
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234797926369 549 5.00912408759 %
Rwork0.187401299496 --
obs0.189694410404 10960 98.3488872936 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.7840108874 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58000903163→38.1843205977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数534 0 37 42 613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00563253602607595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76842617257801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042625548323887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00385084213775111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2229275146361
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.58-1.7390.2764014330981320.166421004247250797.5600739372
1.739-1.99060.2256623382531350.166497961512255498.2462550237
1.9906-2.50790.2302933387461360.184629837648258698.6231884058
2.50790.2326442514911460.196058614765276498.9123045547

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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