PDB-6ruk: Cu-substituted alpha-Keggin bound to Proteinase K solved by MR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ruk

タイトル

Cu-substituted alpha-Keggin bound to Proteinase K solved by MR

要素

Proteinase K

キーワード

PROTEIN BINDING / Polyoxometalate / Complex / alpha-Keggin / Proteinase K

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Parengyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Breibeck, J. / Bijelic, A. / Rompel, A.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Transition metal-substituted Keggin polyoxotungstates enabling covalent attachment to proteinase K upon co-crystallization.
著者: Breibeck, J. / Bijelic, A. / Rompel, A.

履歴

登録	2019年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ruk.cif.gz	132.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ruk.ent.gz	104.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ruk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ruk_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ruk_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	6ruk_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	6ruk_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6ruk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6ruk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rugC 6ruhC 6runC 6ruwC 6rveC 6rvgC 1ic6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3i48-1 2e6v-1 5wck-1 1ghp-d 3s3r-1 1l9y-2 5fbg-2 3v91-d 3emv-d 5ogr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

31.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.920, 67.920, 102.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-531- HOH
2	1	A-675- HOH
3	1	A-676- HOH

#1: タンパク質	Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物	ChemComp-XCU / Cu-substituted alpha-Keggin 分子量: 2740.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CuO₃₉PW₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM sodium acetate (pH 5.5), 0.7-1.2 M ammonium sulphate, 5 mM Cu-substituted alpha-Keggin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→34.99 Å / Num. obs: 142531 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.1241 / R_pim(I) all: 0.06592 / Net I/σ(I): 8.35
反射シェル	解像度: 1.2→1.243 Å / Num. unique obs: 14209

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ic6

1ic6

解像度: 1.2→34.99 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 14.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1666	7148	5.02 %
R_work	0.1487	-	-
obs	0.1496	142531	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→34.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2026	0	57	339	2422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2467
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.562	3961
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.978	741
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	375

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.1851	242	0.1641	4526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2136-1.2279	0.1865	239	0.1623	4498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2279-1.2429	0.1783	237	0.1525	4467	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2429-1.2586	0.1886	242	0.1542	4534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2586-1.2752	0.2081	239	0.1562	4517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2752-1.2927	0.1788	236	0.1499	4482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2927-1.3111	0.1801	239	0.1431	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3111-1.3307	0.1771	231	0.1384	4438	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3307-1.3515	0.161	242	0.1422	4500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3515-1.3737	0.187	239	0.1435	4499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3737-1.3973	0.1841	239	0.1445	4538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3973-1.4227	0.1634	237	0.1393	4496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4227-1.4501	0.1612	236	0.1436	4534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4501-1.4797	0.1889	235	0.1408	4523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4797-1.5119	0.1647	236	0.1419	4526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5119-1.5471	0.1534	234	0.1361	4491	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5471-1.5857	0.1488	237	0.1311	4502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5857-1.6286	0.1508	244	0.1313	4531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6286-1.6765	0.1556	241	0.1305	4495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6765-1.7307	0.1351	239	0.1307	4527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7307-1.7925	0.1436	242	0.1352	4539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7925-1.8643	0.1456	234	0.1346	4493	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.9491	0.1503	241	0.1346	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9491-2.0519	0.153	241	0.1302	4530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0519-2.1804	0.1499	234	0.137	4511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1804-2.3487	0.1704	241	0.1458	4519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3487-2.585	0.1666	237	0.1579	4506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.585-2.9589	0.1773	235	0.1674	4525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9589-3.7272	0.1749	240	0.1554	4531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7272-35.0077	0.1811	239	0.1777	4515	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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