PDB-6rlc: Crystal structure of the PDZ tandem of syntenin in complex with f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rlc

タイトル

Crystal structure of the PDZ tandem of syntenin in complex with fragment F13

要素

Syntenin-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / signaling protein cell adhesion PDZ domain syntenin syndecan drug design

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / neurexin family protein binding / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Feracci, M. / Barral, K.

資金援助

ベルギー,

フランス, 7件

組織	認可番号	国
KU Leuven	GOA/12/016	ベルギー
French National Research Agency	AMIDEX project ANR-11-IDEX-0001-02	フランス
Other private	STK-FAF-FA/2016/828	ベルギー
Fondation ARC	ARC PDF20151203700	フランス
Fondation ARC	PJA 2016204584	フランス
Research Foundation - Flanders	FWO, G.0C57.18N	ベルギー
Other private	National League Against Cancer	フランス

引用

ジャーナル: J Extracell Vesicles / 年: 2020
タイトル: Pharmacological inhibition of syntenin PDZ2 domain impairs breast cancer cell activities and exosome loadifing with syndecan and EpCAM cargo.
著者: Leblanc, R. / Kashyap, R. / Barral, K. / Egea-Jimenez, A.L. / Kovalskyy, D. / Feracci, M. / Garcia, M. / Derviaux, C. / Betzi, S. / Ghossoub, R. / Platonov, M. / Roche, P. / Morelli, X. / ...

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rlc.cif.gz	264.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rlc.ent.gz	216.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rlc_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rlc_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6rlc_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	6rlc_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rlc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r9hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1w9q-d 6r9h-1 1n99-d 1w9o-d 6r9h-2 1ybo-d 1obz-d 3v5z-d 1v1t-d 1w9e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Syntenin-1

B: Syntenin-1

C: Syntenin-1

D: Syntenin-1

ヘテロ分子

73.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Syntenin-1

B: Syntenin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Syntenin-1

D: Syntenin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.230, 57.512, 101.094
Angle α, β, γ (deg.)	93.99, 96.08, 107.70
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	A	A	111 - 271	4 - 164
2	1	PRO	PRO	B	B	111 - 271	4 - 164
1	2	PHE	PHE	A	A	111 - 273	4 - 166
2	2	PHE	PHE	C	C	111 - 273	4 - 166
1	3	PRO	PRO	A	A	111 - 271	4 - 164
2	3	PRO	PRO	D	D	111 - 271	4 - 164
1	4	PRO	PRO	B	B	111 - 271	4 - 164
2	4	PRO	PRO	C	C	111 - 271	4 - 164
1	5	PRO	PRO	B	B	111 - 271	4 - 164
2	5	PRO	PRO	D	D	111 - 271	4 - 164
1	6	PRO	PRO	C	C	111 - 271	4 - 164
2	6	PRO	PRO	D	D	111 - 271	4 - 164

NCSアンサンブル:

ID	詳細
6	C,D
1	A,B
2	A,C
3	A,D
4	B,C
5	B,C

#1: タンパク質	Syntenin-1 / Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain- ...Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain-interacting protein 18 / TACIP18 / Scaffold protein Pbp1 / Syndecan-binding protein 1 分子量: 18018.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDCBP, MDA9, SYCL / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O00560
#2: 化合物	ChemComp-K7Z / (2~{S})-2-[3-(4-chlorophenyl)sulfanylpropanoylamino]-3-methyl-butanoic acid 分子量: 315.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈ClNO₃S
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.6, 200mM Ammonium Acetate, 22% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50.02 Å / Num. all: 106108 / Num. obs: 30520 / % possible obs: 96.78 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.04369 / R_rim(I) all: 0.08199 / Net I/σ(I): 9.74
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.3676 / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / Num. unique all: 10728 / Num. unique obs: 3035 / CC_1/2: 0.925 / R_pim(I) all: 0.2293 / R_rim(I) all: 0.4347 / % possible all: 95.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→50.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 21.245 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.289 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30141	1497	4.9 %	RANDOM
R_work	0.25901	-	-	-
obs	0.26105	29031	96.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.873 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	0.04 Å²	0.36 Å²
2-	-	1.05 Å²	-1.02 Å²
3-	-	-	-2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→50.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4949	0	92	148	5189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5117
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4904
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.652	1.65	6890
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.239	1.602	11394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.052	5	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.186	23.361	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.652	15	938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.972	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	981
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.943	2.178	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.932	2.173	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.569	3.256	3263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.564	3.255	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.087	2.414	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.087	2.416	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.787	3.554	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.37	82.442	73377
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.37	82.442	73378
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4633	0.11
1	2	B	4633	0.11
2	1	A	4744	0.1
2	2	C	4744	0.1
3	1	A	4570	0.1
3	2	D	4570	0.1
4	1	B	4655	0.09
4	2	C	4655	0.09
5	1	B	4681	0.08
5	2	D	4681	0.08
6	1	C	4659	0.1
6	2	D	4659	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	110	-
R_work	0.344	2161	-
obs	-	-	95.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7404	-0.3963	-0.7944	6.148	2.9001	1.9222	-0.0025	0.22	0.2016	-0.5012	0.1286	-0.0317	-0.2059	-0.1288	-0.1261	0.4381	-0.1071	-0.0634	0.0941	0.0831	0.1346	13.8308	16.9427	9.0831
2	0.7003	0.2936	0.1301	4.3716	0.9895	2.4459	-0.003	-0.0868	-0.1381	0.0741	0.0454	-0.2277	0.5203	0.1678	-0.0424	0.4773	-0.0591	-0.0134	0.0517	0.0197	0.0349	15.5242	5.9653	32.1475
3	0.3769	-0.7585	-0.7605	5.2133	2.5216	1.8214	0.018	0.1372	0.0528	-0.2407	-0.0489	0.2252	-0.1172	-0.2081	0.0308	0.3961	-0.0884	-0.0752	0.0795	0.0547	0.1177	27.7752	-4.7359	-40.8878
4	0.7252	0.2877	-0.5369	3.974	3.3764	6.3864	-0.2323	-0.0336	-0.3467	0.8397	0.1922	-0.1443	1.5677	0.3302	0.04	0.7129	-0.0228	0.0407	0.0539	0.0158	0.1847	28.2895	-16.3293	-18.3197

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	111 - 273
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	111 - 272
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	111 - 273
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	110 - 272

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関連情報:EMDBヘッダ

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