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万見
- PDB-6r8p: Notum fragment 723 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r8p
タイトルNotum fragment 723
要素Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
キーワードHYDROLASE / Notum inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / bone development / Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectinacetylesterase/NOTUM / Pectinacetylesterase
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-methylphenoxy)-~{N}-pyridin-3-yl-ethanamide / Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Zhao, Y. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M000141/1 英国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
引用ジャーナル: Medchemcomm / 年: 2019
タイトル: Discovery of 2-phenoxyacetamides as inhibitors of the Wnt-depalmitoleating enzyme NOTUM from an X-ray fragment screen.
著者: Atkinson, B.N. / Steadman, D. / Zhao, Y. / Sipthorp, J. / Vecchia, L. / Ruza, R.R. / Jeganathan, F. / Lines, G. / Frew, S. / Monaghan, A. / Kjær, S. / Bictash, M. / Jones, E.Y. / Fish, P.V.
履歴
登録2019年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,44618
ポリマ－43,5671
非ポリマー1,87917
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area16140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)60.615, 72.791, 78.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM / hNOTUM


分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 変異: C330S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 161分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-JVB / 2-(2-methylphenoxy)-~{N}-pyridin-3-yl-ethanamide


分子量: 242.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14N2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 1.5M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium citrate pH4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→48 Å / Num. obs: 62462 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 17.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 5.5 % / Num. unique obs: 6100 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→53.49 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 3112 5.03 %
Rwork0.1969 58790 -
obs0.1985 61902 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.68 Å2 / Biso mean: 25.7151 Å2 / Biso min: 9.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→53.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2825 0 108 145 3078
Biso mean--57.49 32.75 -
残基数----353
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.47260.39641250.38312471259693
1.4726-1.49680.3731240.35882580270497
1.4968-1.52260.38931370.33272624276197
1.5226-1.55030.36491230.32422614273798
1.5503-1.58010.33441420.29942653279599
1.5801-1.61240.3581230.2862634275799
1.6124-1.64740.34831280.2722640276899
1.6474-1.68570.31531200.25852693281399
1.6857-1.72790.24661320.246626442776100
1.7279-1.77460.23321280.24332673280199
1.7746-1.82680.27111530.231726612814100
1.8268-1.88580.28191570.210426622819100
1.8858-1.95320.23361450.197526842829100
1.9532-2.03140.2341500.18326692819100
2.0314-2.12390.21161610.180326732834100
2.1239-2.23580.23121370.168327002837100
2.2358-2.37590.231340.17527102844100
2.3759-2.55940.19781470.180927182865100
2.5594-2.81690.18541500.186427172867100
2.8169-3.22450.21411480.185227352883100
3.2245-4.06230.18941380.164927862924100
4.0623-53.52660.2032100.175128493059100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6989-0.2038-0.35031.4046-0.72271.4625-0.0584-0.0254-0.1144-0.0676-0.0123-0.09160.10530.08790.07510.1147-0.00950.0090.1437-0.00040.14848.1011-14.3691-6.0968
21.11170.0187-0.35221.77830.36082.9454-0.0031-0.04360.14020.08550.007-0.0454-0.25820.09140.00410.1379-0.01-0.01910.11370.01020.15419.097711.18862.6797
31.599-0.1908-0.62891.35940.33292.33670.00760.07990.1716-0.02350.01720.0109-0.2609-0.0429-0.04150.1303-0.0165-0.02130.08450.02370.13895.6359.6101-4.2136
41.48070.0529-0.18791.9275-0.43611.2145-0.013-0.05840.00250.1501-0.00350.1348-0.1413-0.0946-0.0640.08880.00340.00510.10770.00130.1067-0.6136-2.182-1.5532
54.51822.35111.7534.30223.51122.87610.0676-0.30140.09860.1362-0.18860.2629-0.0272-0.22680.10070.13760.00060.03130.17290.02270.1834-10.7138-2.13194.7511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 321 through 451 )A321 - 451
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 159 )A88 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 160 through 224 )A160 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 225 through 286 )A225 - 286
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 287 through 320 )A287 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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