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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r3g | |||||||||
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タイトル | Aspergillus niger ferulic acid decarboxylase (Fdc) E282Q variant in complex with the covalent adduct formed between prFMN cofactor and alphafluoro-cinnamic acid (Int2) | |||||||||
要素 | Ferulic acid decarboxylase 1 | |||||||||
キーワード | LYASE / (de)carboxylase / UbiD / prFMN binding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus niger (黒麹菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.13 Å | |||||||||
データ登録者 | Bailey, S.S. / Leys, D. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Atomic description of an enzyme reaction dependent on reversible 1,3-dipolar cycloaddition 著者: Bailey, S.S. / Payne, K.A.P. / Saaret, A. / Marshall, S.A. / Gostimskaya, I. / Kosov, I. / Fisher, K. / Hay, S. / Leys, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r3g.cif.gz | 236.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r3g.ent.gz | 186.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r3g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6r3g_validation.pdf.gz | 789.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6r3g_full_validation.pdf.gz | 804.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6r3g_validation.xml.gz | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6r3g_validation.cif.gz | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r3g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6r2pC 6r2rC 6r2tC 6r2zC 6r30C 6r32C 6r33C 6r34C 6r3fC 6r3iC 6r3jC 6r3lC 6r3nC 6r3oC 4za9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56334.961 Da / 分子数: 1 / 変異: E282Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: fdc1, An03g06590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2QHE5, phenacrylate decarboxylase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-JQQ / [( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE, BIS-TRIS PROPANE 6.5, 20 % W/V PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.13→64.81 Å / Num. obs: 201927 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 11.93 |
反射 シェル | 解像度: 1.13→1.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / Num. unique obs: 19715 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4ZA9 解像度: 1.13→64.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.677 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→64.81 Å
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拘束条件 |
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