+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r06 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | T. CRUZI FPPS IN COMPLEX WITH (3S,4S)-4-(3,4-dimethylphenoxy)-1-(prop-2-yn-1-yl)piperidin-3-ol | ||||||
![]() | Farnesyl diphosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / farnesyl diphosphate synthase / sterol biosynthesis / farnesyl pyrophosphate / homodimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Petrick, J.K. / Muenzker, L. / Schleberger, C. / Wolfgang, J. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Targeting farnesyl pyrophosphate synthase of Trypanosoma cruzi by fragment-based lead discovery 著者: Petrick, J.K. / Jahnke, W. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 166.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 129.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1016.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1018.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41359.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: termini not resolved 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 256分子 ![](data/chem/img/JMN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 80 mM MES: 8.5 mM ZnSO4: 19.42 % PEG MME 550: 15% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.559→50.286 Å / Num. obs: 58053 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 28.19 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.559→1.586 Å / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 3.043 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2851 / CC1/2: 0.342 / Rpim(I) all: 0.731 / Rrim(I) all: 3.13 / Rsym value: 3.043 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_TRA
|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4DWG 解像度: 1.559→50.286 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.087 / SU Rfree Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.082
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.65 Å2 / Biso mean: 36.93 Å2 / Biso min: 15.75 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.559→50.286 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.56→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -9.908 Å / Origin y: -17.0261 Å / Origin z: -20.4152 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |