PDB-6qre: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qre

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Inhibitors againstMycobacterium abscessustRNA (m1G37) Methyltransferase (TrmD) Using Fragment-Based Approaches.
著者: Whitehouse, A.J. / Thomas, S.E. / Brown, K.P. / Fanourakis, A. / Chan, D.S. / Libardo, M.D.J. / Mendes, V. / Boshoff, H.I.M. / Floto, R.A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G.

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qre.cif.gz	178.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qre.ent.gz	141.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qre_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qre_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	6qre_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	6qre_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/6qre	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqqC 6qqrC 6qqtC 6qquC 6qqvC 6qqwC 6qqzC 6qr0C 6qr1C 6qr2C 6qr3C 6qr4C 6qr7C 6qr9C 6qraC 6qrbC 6qrcC 6qrdC 6qrfC 6qrgC 6nvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qoq-d 6qon-d 6qr8-d 6qrf-d 6qra-d 6qqz-d 6nw6-d 6qr2-d 6qr3-d 6qqu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.700, 79.200, 84.918
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JCQ / (3-methoxyphenyl)methyl 1~{H}-pyrazole-4-carboxylate 分子量: 232.235 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂N₂O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→79.2 Å / Num. obs: 34316 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.69 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 22.4 / Num. measured all: 294675

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.93-2.03	8.5	0.662	4892	0.898	0.231	0.703	88.5
6.09-79.2	7.8	0.03	1347	0.998	0.011	0.032	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.17	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.93→57.919 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2361	1653	4.83 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.1894	34233	89.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.41 Å² / B_iso mean: 49.2392 Å² / B_iso min: 26.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.93→57.919 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3202	0	68	91	3361
B_iso mean	-	-	57.72	47.14	-
残基数	-	-	-	-	425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3378
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	4626
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	519
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.293	1209

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9258-1.9825	0.3507	130	0.2884	2378	2508	80
1.9825-2.0465	0.2431	141	0.2314	3011	3152	100
2.0465-2.1196	0.2439	53	0.2248	1093	1146	36
2.1196-2.2045	0.2714	156	0.2016	2972	3128	100
2.2045-2.3048	0.2876	97	0.2063	2359	2456	77
2.3048-2.4264	0.2837	124	0.2048	3035	3159	100
2.4264-2.5784	0.2572	150	0.2041	3006	3156	100
2.5784-2.7775	0.2677	141	0.2263	2665	2806	89
2.7775-3.0569	0.2728	199	0.2194	3018	3217	100
3.0569-3.4992	0.2489	149	0.2048	2919	3068	96
3.4992-4.4084	0.2044	126	0.1583	2919	3045	94
4.4084-57.9451	0.2033	187	0.161	3205	3392	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0337	-0.0101	0.0288	0.0524	0.131	0.095	0.2327	0.8374	-0.0232	-0.9197	-0.1067	-0.1967	0.0936	-0.4911	0.0004	0.4913	0.0526	0.0159	0.6824	-0.008	0.3883	-32.1647	13.9824	-22.1839
2	1.1494	-0.0555	-0.1067	0.4837	-0.6261	0.7265	0.1988	0.1236	0.0648	-0.1777	0.1812	-0.1495	-0.2121	-0.2903	-0	0.3554	0.0095	-0.0036	0.4302	0.0491	0.4567	-35.5294	19.3209	-14.2101
3	1.2247	-0.6218	-0.6886	-0.2276	0.051	0.5617	-0.0334	-0.037	-0.1511	-0.0614	0.0344	0.15	0.0886	-0.0247	0	0.3314	-0.0268	-0.0059	0.3257	-0.0199	0.3896	-25.9876	9.8182	-12.2959
4	0.5011	0.2325	-0.0069	0.6232	0.4777	0.403	0.0499	-0.0215	0.0628	-0.2033	0.234	-0.4222	-0.1699	0.2837	-0.0002	0.4139	-0.0076	0.0616	0.3576	0.0005	0.336	2.9961	3.2014	-31.4415
5	0.9084	0.5707	0.1117	0.3666	-0.0306	0.4807	-0.0507	0.2083	-0.1242	-0.2293	-0.0291	0.6307	-0.1106	-0.2694	-0.0002	0.4524	0.0605	0.0091	0.4398	0.0431	0.3262	-15.4821	17.4296	-36.8145
6	0.6235	-0.2043	-0.3349	0.8457	0.7414	0.9445	0.0246	0.0295	0.2454	-0.2442	-0.0062	-0.0464	-0.1968	-0.0179	-0.0001	0.4186	0.0015	0.0162	0.2947	0.0049	0.3327	-7.9646	19.4746	-28.289
7	0.0268	0.0701	0.0133	0.0193	-0.0629	0.0353	-0.0602	-0.5567	0.417	0.1908	-0.2102	0.0086	-0.3371	0.3397	0.0007	0.3835	0.0241	-0.092	0.3285	0.0493	0.5888	-14.1112	26.4604	-8.7862
8	0.5063	0.3334	0.2805	0.299	0.0298	-0.0823	-0.0873	-0.4293	0.1993	0.0949	0.0745	-0.1011	0.0647	-0.0431	0	0.3237	-0.0096	0.0029	0.5037	-0.0415	0.413	-21.8302	19.2758	4.4407

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 18 )	A	0 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 62 )	A	19 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 182 )	A	63 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 183 through 227 )	A	183 - 227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 62 )	B	0 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 63 through 155 )	B	63 - 155
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 156 through 180 )	B	156 - 180
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 181 through 232 )	B	181 - 232

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