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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qio | |||||||||
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タイトル | Ternary complex of FcRn ectodomain, FcRn binding optimised human serum albumin and the human growth hormone derivative somapacitan | |||||||||
要素 |
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キーワード | HORMONE / complex / albumin binding / long-acting growth hormone / somapacitan | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 growth hormone activity / growth hormone receptor complex / bone maturation / prolactin receptor binding / IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / positive regulation of growth / animal organ development / positive regulation of activation of Janus kinase activity / positive regulation of multicellular organism growth / cellular response to calcium ion starvation ...growth hormone activity / growth hormone receptor complex / bone maturation / prolactin receptor binding / IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / positive regulation of growth / animal organ development / positive regulation of activation of Janus kinase activity / positive regulation of multicellular organism growth / cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / positive regulation of glucose transmembrane transport / enterobactin binding / Heme biosynthesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / growth hormone receptor binding / HDL remodeling / IgG binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / growth hormone receptor signaling pathway / Heme degradation / Aspirin ADME / Prolactin receptor signaling / antioxidant activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / toxic substance binding / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / beta-2-microglobulin binding / Scavenging of heme from plasma / Growth hormone receptor signaling / Recycling of bile acids and salts / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cellular response to starvation / response to nutrient levels / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / platelet alpha granule lumen / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cytokine activity / endosome lumen / fatty acid binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of MAP kinase activity / growth factor activity / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / hormone activity / T cell mediated cytotoxicity / Cytoprotection by HMOX1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / cytokine-mediated signaling pathway / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / pyridoxal phosphate binding / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / Platelet degranulation / DAP12 signaling / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Johansson, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020 タイトル: Identification of Binding Sites on Human Serum Albumin for Somapacitan, a Long-Acting Growth Hormone Derivative. 著者: Johansson, E. / Nielsen, A.D. / Demuth, H. / Wiberg, C. / Schjodt, C.B. / Huang, T. / Chen, J. / Jensen, S. / Petersen, J. / Thygesen, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qio.cif.gz | 394.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qio.ent.gz | 319.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qio_validation.pdf.gz | 523.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qio_full_validation.pdf.gz | 539.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6qio_validation.xml.gz | 46.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qio_validation.cif.gz | 69.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/6qio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/6qio | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6qipC 4k71S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 66473.148 Da / 分子数: 1 / 変異: V418M, T420A, E505G, V547A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30408.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293-6E / 参照: UniProt: P55899 |
#3: タンパク質 | 分子量: 12577.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293-6E / 参照: UniProt: P61769 |
-非ポリマー , 4種, 882分子
#4: 化合物 | ChemComp-MES / | ||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-JG5 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: ammonium acetate, sodium acetate, PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→48.85 Å / Num. obs: 95478 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 11.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4K71 解像度: 1.95→48.846 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.846 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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