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- PDB-6pk2: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CARBOXYLTRANSFERASE SUBUNIT OF ACC (ACCD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pk2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CARBOXYLTRANSFERASE SUBUNIT OF ACC (ACCD6) IN COMPLEX WITH INHIBITOR QUIZALOFOP-P derivative FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
要素Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
キーワードTRANSFERASE / CROTONASE SUPER FAMILY / CARBOXYLTRANSFERASE / TRANSFERASE-HERBICIDE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / acetyl-CoA carboxytransferase / fatty acid elongation, saturated fatty acid / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / peptidoglycan-based cell wall / transferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...: / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ORJ / Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase beta6 subunit / Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase beta6 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Reddy, M.C.M. / Nian, Z. / Michele, T.C.B. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Elucidating the Inhibition and specificity of binding of herbicidal aryloxyphenoxypropionates derivatives to Mycobacterium tuberculosis carboxyltransferase domain of acetyl-coenzyme A(AccD6).
著者: Reddy, M.C.M. / Nian, Z. / Sacchettini, J.C.
#1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: Structure, Activity, and Inhibition of the Carboxyltransferase beta-Subunit of Acetyl Coenzyme A Carboxylase (AccD6) from Mycobacterium tuberculosis
著者: Reddy, M.C.M. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2019年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
B: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
C: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
D: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
E: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
F: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
G: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
H: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,25016
ポリマ－401,5918
非ポリマー2,6598
水18,6091033
1
A: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
B: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0634
ポリマ－100,3982
非ポリマー6652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area31690 Å2
手法PISA
2
C: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
D: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0634
ポリマ－100,3982
非ポリマー6652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area31190 Å2
手法PISA
3
E: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
F: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0634
ポリマ－100,3982
非ポリマー6652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area31700 Å2
手法PISA
4
G: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
H: Propionyl-CoA carboxylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0634
ポリマ－100,3982
非ポリマー6652
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area31180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.120, 149.797, 152.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Propionyl-CoA carboxylase subunit beta / Propionyl-CoA carboxylase subunit beta 6


分子量: 50198.934 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: accD6, DSI35_30190, ERS023446_01401, ERS024213_00063, ERS027644_00734, ERS027646_00895, ERS027651_00104, ERS027653_02606, ERS027656_00219, ERS027666_02199, ERS031537_00601, ERS124361_ ...遺伝子: accD6, DSI35_30190, ERS023446_01401, ERS024213_00063, ERS027644_00734, ERS027646_00895, ERS027651_00104, ERS027653_02606, ERS027656_00219, ERS027666_02199, ERS031537_00601, ERS124361_03148, SAMEA2682864_00423, SAMEA2683035_01247
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0E7XNZ4, UniProt: P9WQH5*PLUS, propionyl-CoA carboxylase
#2: 化合物
ChemComp-ORJ / 2-{4-[(6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-yl)oxy]-2-hydroxyphenyl}-N-methylacetamide


分子量: 332.349 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13FN2O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1033 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1M potassium sodium tartrate, 0.1M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月25日 / 詳細: NULL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.444 Å / Num. obs: 176652 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 1.35 % / Net I/σ(I): 1.35
反射 シェル解像度: 2.4→5.7 Å / Num. unique obs: 12677

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.402→48.444 Å / FOM work R set: 0.8547 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 2017 1.14 %
Rwork0.173 174635 -
obs0.1735 176652 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.17 Å2 / Biso mean: 43.59 Å2 / Biso min: 19.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.402→48.444 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24651 0 184 1033 25868
Biso mean--37.98 44.18 -
残基数----3376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00825376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08134552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743948
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2488912
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4022-2.46220.25891380.2203117001183893
2.4622-2.52880.26761480.2094124281257699
2.5288-2.60320.24451430.1996123751251899
2.6032-2.68720.2581480.1965125211266999
2.6872-2.78330.24741360.193124571259399
2.7833-2.89470.25621550.1931124461260199
2.8947-3.02640.23541330.1977124861261999
3.0264-3.1860.27741530.1985125601271399
3.186-3.38550.2631490.1911253512684100
3.3855-3.64680.21531350.1683125971273299
3.6468-4.01370.19931490.15991258712736100
4.0137-4.59410.17681430.14271257712720100
4.5941-5.78650.22951430.15931268912832100
5.7865-48.45370.1811440.1586126771282199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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