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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pid | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Marinobacter subterrani acetylpolyamine amidohydrolase (msAPAH) complexed with 8-amino-N-hydroxyoctanamide | ||||||
要素 | Acetylpolyamine amidohydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / acetylpolyamine amidohydrolase / polyamine deacetylase / hydrolase / hydrolase inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Marinobacter subterrani (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.546 Å | ||||||
データ登録者 | Osko, J.D. / Christianson, D.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019 タイトル: Structure and Function of the Acetylpolyamine Amidohydrolase from the Deep Earth HalophileMarinobacter subterrani. 著者: Osko, J.D. / Roose, B.W. / Shinsky, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pid.cif.gz | 152.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pid.ent.gz | 117 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pid_validation.pdf.gz | 917.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pid_full_validation.pdf.gz | 907.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6pid_validation.xml.gz | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pid_validation.cif.gz | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pid | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37980.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Marinobacter subterrani (バクテリア) 遺伝子: Msub_13096 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J7JFD7 |
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-非ポリマー , 5種, 262分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 % / 解説: Thick plate-like crystals |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10 mg/ml msAPAH Protein, 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% w/v PEG 3350, 1:1 ratio protein to precipitant |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→59.53 Å / Num. obs: 95821 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.6 Å / Num. unique obs: 7699 / Rpim(I) all: 0.742 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB: 4ZUM 解像度: 1.546→59.53 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.09
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.546→59.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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