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- PDB-6pbs: Structure of ClpC1-NTD in complex with Ecumicin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pbs
タイトルStructure of ClpC1-NTD in complex with Ecumicin
要素
  • ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
  • ecumicin
キーワードCHAPERONE/ANTIBIOTIC / ClpC1-NTD / Ecumicin / ATPase / Mycobacterium tuberculosis / CHAPERONE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain ...Double Clp-N motif / Clp, N-terminal domain / UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / : / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ecumicin / ACETATE ION / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Nonomuraea sp. MJM5123 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Abad-Zapatero, C. / Wolf, N.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of the N-terminal domain of ClpC1 in complex with the antituberculosis natural product ecumicin reveals unique binding interactions.
著者: Wolf, N.M. / Lee, H. / Zagal, D. / Nam, J.W. / Oh, D.C. / Lee, H. / Suh, J.W. / Pauli, G.F. / Cho, S. / Abad-Zapatero, C.
履歴
登録2019年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年12月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_molecule / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / space_group / space_group_symop / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_molecule_features.prd_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _software.version / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id
解説: Chirality error
詳細: Peptide ligand was found to contain a chirality error based on small molecule structure of ligand. The resolution of this structure wasn't good enough to catch the erros.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
I: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
C: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
W: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
Y: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
e: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
G: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
K: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
M: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
O: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
T: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
D: ecumicin
E: ecumicin
F: ecumicin
H: ecumicin
J: ecumicin
L: ecumicin
N: ecumicin
P: ecumicin
Q: ecumicin
R: ecumicin
S: ecumicin
U: ecumicin
V: ecumicin
X: ecumicin
Z: ecumicin
a: ecumicin
b: ecumicin
c: ecumicin
d: ecumicin
f: ecumicin
g: ecumicin
h: ecumicin
i: ecumicin
j: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,36456
ポリマ－249,18336
非ポリマー1,18120
水10,359575
1
A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
D: ecumicin
E: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8835
ポリマ－20,7653
非ポリマー1182
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
Q: ecumicin
R: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8835
ポリマ－20,7653
非ポリマー1182
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
J: ecumicin
L: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8244
ポリマ－20,7653
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
W: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
d: ecumicin
f: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0017
ポリマ－20,7653
非ポリマー2364
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
Y: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
g: ecumicin
h: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9426
ポリマ－20,7653
非ポリマー1773
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
e: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
i: ecumicin
j: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8835
ポリマ－20,7653
非ポリマー1182
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
F: ecumicin
H: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8244
ポリマ－20,7653
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
G: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
N: ecumicin
P: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8244
ポリマ－20,7653
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
K: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
S: ecumicin
U: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8244
ポリマ－20,7653
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
M: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
V: ecumicin
X: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8244
ポリマ－20,7653
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
O: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
Z: ecumicin
a: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8244
ポリマ－20,7653
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
T: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
b: ecumicin
c: ecumicin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8244
ポリマ－20,7653
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.063, 130.342, 112.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1 / ClpC1


分子量: 17529.131 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: clpC1, Rv3596c, MTCY07H7B.26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPC9
#2: タンパク質・ペプチド ...
ecumicin


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1618.051 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Nonomuraea sp. MJM5123 (バクテリア) / 参照: ecumicin
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate, 0.1 M Tris, pH 7.0, 20% PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月23日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 79421 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.638 / Num. unique obs: 3828 / Rpim(I) all: 0.364 / Rrim(I) all: 0.786

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6pba

6pba


解像度: 2.5→40 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 --
Rwork0.18 --
obs-77925 97.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 64.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13588 0 2816 575 16979

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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