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- PDB-6oyw: ASK1 kinase domain in complex with Compound 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oyw
タイトルASK1 kinase domain in complex with Compound 11
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
キーワードTRANSFERASE / ASK1 MAP3K5
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / MAP kinase kinase kinase activity / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / response to endoplasmic reticulum stress / response to ischemia / cellular response to amino acid starvation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / MAPK cascade / neuron apoptotic process / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / protein domain specific binding / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NKJ / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.603 Å
データ登録者Marcotte, D.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Rational Design and Optimization of a Novel Class of Macrocyclic Apoptosis Signal-Regulating Kinase 1 Inhibitors.
著者: Himmelbauer, M.K. / Xin, Z. / Jones, J.H. / Enyedy, I. / King, K. / Marcotte, D.J. / Murugan, P. / Santoro, J.C. / Hesson, T. / Spilker, K. / Johnson, J.L. / Luzzio, M.J. / Gilfillan, R. / de Turiso, F.G.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,6819
ポリマ－132,2594
非ポリマー1,4225
水4,540252
1
C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8525
ポリマ－66,1292
非ポリマー7233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
Buried area1980 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8284
ポリマ－66,1292
非ポリマー6992
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_644-x+1,y-1/2,-z-1/21
Buried area1770 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area22270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.987, 130.415, 137.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 671 or (resid 672 and (name...
21(chain B and (resid 671 or (resid 672 and (name...
31(chain C and (resid 671 through 712 or (resid 713...
41(chain D and (resid 671 through 679 or (resid 680...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain A and (resid 671 or (resid 672 and (name...AA67114
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 671 or (resid 672 and (name...AA67215
13LEULEULYSLYS(chain A and (resid 671 or (resid 672 and (name...AA671 - 93914 - 282
14LEULEULYSLYS(chain A and (resid 671 or (resid 672 and (name...AA671 - 93914 - 282
15LEULEULYSLYS(chain A and (resid 671 or (resid 672 and (name...AA671 - 93914 - 282
16LEULEULYSLYS(chain A and (resid 671 or (resid 672 and (name...AA671 - 93914 - 282
21LEULEULEULEU(chain B and (resid 671 or (resid 672 and (name...BB67114
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 671 or (resid 672 and (name...BB67215
23LEULEUVALVAL(chain B and (resid 671 or (resid 672 and (name...BB671 - 94014 - 283
24LEULEUVALVAL(chain B and (resid 671 or (resid 672 and (name...BB671 - 94014 - 283
25LEULEUVALVAL(chain B and (resid 671 or (resid 672 and (name...BB671 - 94014 - 283
26LEULEUVALVAL(chain B and (resid 671 or (resid 672 and (name...BB671 - 94014 - 283
31LEULEUPROPRO(chain C and (resid 671 through 712 or (resid 713...CC671 - 71214 - 55
32GLUGLUGLNGLN(chain C and (resid 671 through 712 or (resid 713...CC713 - 72056 - 63
33LEULEULYSLYS(chain C and (resid 671 through 712 or (resid 713...CC671 - 93914 - 282
34LEULEULYSLYS(chain C and (resid 671 through 712 or (resid 713...CC671 - 93914 - 282
35LEULEULYSLYS(chain C and (resid 671 through 712 or (resid 713...CC671 - 93914 - 282
36LEULEULYSLYS(chain C and (resid 671 through 712 or (resid 713...CC671 - 93914 - 282
41LEULEUGLUGLU(chain D and (resid 671 through 679 or (resid 680...DD671 - 67914 - 22
42ASNASNASNASN(chain D and (resid 671 through 679 or (resid 680...DD68023
43LEULEULYSLYS(chain D and (resid 671 through 679 or (resid 680...DD671 - 93914 - 282
44LEULEULYSLYS(chain D and (resid 671 through 679 or (resid 680...DD671 - 93914 - 282
45LEULEULYSLYS(chain D and (resid 671 through 679 or (resid 680...DD671 - 93914 - 282
46LEULEULYSLYS(chain D and (resid 671 through 679 or (resid 680...DD671 - 93914 - 282

-
要素

#1: タンパク質
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEKK 5


分子量: 33064.676 Da / 分子数: 4 / 変異: T838E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物
ChemComp-NKJ / (19S)-19-methyl-16,17,18,19-tetrahydro-8,4-(azeno)[1,2,4]triazolo[4,3-f][1,6,13]benzoxadiazacyclohexadecin-10(9H)-one


分子量: 349.386 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N5O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M BisTRIS pH 5.5, 0.2M MgCl2, 10mM Na cholate and 12% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 42652 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.747 / Num. unique obs: 6142 / CC1/2: 0.677 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BF2

4bf2


解像度: 2.603→29.962 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2552 2087 4.9 %
Rwork0.2078 40489 -
obs0.21 42576 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.33 Å2 / Biso mean: 41.6527 Å2 / Biso min: 11.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.603→29.962 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8008 0 105 252 8365
Biso mean--26.63 36.49 -
残基数----1037
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2984X-RAY DIFFRACTION7.52TORSIONAL
12B2984X-RAY DIFFRACTION7.52TORSIONAL
13C2984X-RAY DIFFRACTION7.52TORSIONAL
14D2984X-RAY DIFFRACTION7.52TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6028-2.66330.35351440.300226502794100
2.6633-2.72990.33191410.266426492790100
2.7299-2.80360.30711490.252626582807100
2.8036-2.8860.28151590.249226422801100
2.886-2.97910.27931220.250726582780100
2.9791-3.08550.29591260.240327022828100
3.0855-3.20890.27951440.240826842828100
3.2089-3.35480.29091590.23326522811100
3.3548-3.53140.27241240.217826892813100
3.5314-3.75220.27561210.194627142835100
3.7522-4.04130.23241120.178427312843100
4.0413-4.44680.18941270.163327312858100
4.4468-5.08760.18081380.154727392877100
5.0876-6.39950.26141690.208727292898100
6.3995-29.96410.23221520.1972861301399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.29952.4293-1.17934.6621-1.78924.05240.5645-0.6415-0.27720.8454-0.4613-0.5145-0.22770.7571-0.13760.4435-0.114-0.130.3448-0.02310.447641.016.585432.9625
21.7137-0.143-0.61162.39160.35733.0303-0.0193-0.0060.01880.1364-0.0043-0.01050.1032-0.18980.03430.2001-0.0364-0.01990.20010.00480.304333.98027.690318.5311
34.94482.2488-1.36775.9888-0.43944.5130.09330.25460.5975-0.2044-0.0560.4451-0.9283-0.5682-0.0680.44930.0832-0.04950.3088-0.09260.365830.961217.976613.1018
42.6346-0.6165-1.81724.2586-1.05633.75810.05230.2256-0.1464-0.3548-0.03440.07550.0365-0.29180.01780.2911-0.0374-0.06730.2846-0.01410.193436.699111.1021-1.0523
58.46351.9973-5.49644.7488-1.33023.6358-0.51320.5377-0.6928-0.7752-0.05940.37210.4668-0.5210.48810.37370.1322-0.0560.5197-0.09180.357226.129912.8505-50.2907
63.458-0.603-0.80094.90652.62894.94030.06180.09980.0313-0.3964-0.47810.24-0.6907-0.06510.42210.32610.06080.00190.2470.00240.239332.356520.6909-45.8383
72.6987-1.64191.41994.2137-1.47164.16720.05420.23450.0689-0.10580.08340.11140.00140.0423-0.10730.2530.02320.07950.2498-0.04550.235540.683218.554-41.0597
81.1858-0.6097-0.1512.54810.75636.3479-0.0198-0.06930.18710.170.1838-0.162-0.30940.5105-0.13330.20670.0112-0.01430.3243-0.04260.286647.884721.2356-25.2051
97.6947-2.5652-3.91962.74952.44433.9392-0.5413-0.2393-0.52280.27930.342-0.81420.62511.7899-0.01670.31190.23920.07130.936-0.23980.331461.492314.5446-26.5787
100.52730.47241.08161.48941.35322.3645-0.10180.08860.1177-0.2867-0.23630.626-0.2579-0.2199-0.19020.70950.1188-0.58020.3771-0.28871.0541-8.67618.6586-53.5928
112.4205-1.9144-0.12294.43783.05213.9267-0.3860.0510.1916-1.0954-0.16641.1411-0.7109-0.1340.33230.3241-0.0138-0.15720.22630.00650.611-1.916420.1377-49.3859
122.5807-0.8276-1.77591.7276-0.88252.6755-0.07940.06580.8111-0.62810.01470.3491-0.9098-0.646-0.11580.71110.1321-0.23380.24480.01960.8785-0.891527.2987-49.3114
133.6956-1.4960.58293.6527-1.64124.0053-0.340.1371.0708-0.61190.00270.2985-0.62180.22210.17790.5896-0.0139-0.13960.23810.03850.58927.385425.4424-49.1026
142.43711.12570.33344.09051.07713.11440.0633-0.16430.01480.2916-0.13260.47630.324-0.03960.01230.24670.00880.05130.1803-0.02670.30968.343715.4638-33.504
154.0862-1.212-2.4917.8649-1.42518.44230.41790.41420.23730.1820.17610.459-1.0235-0.1112-0.59040.32710.0463-0.07820.2956-0.00610.3869.749132.7154-30.9915
161.7245-0.47820.39194.35790.8263.3232-0.0659-0.51930.38111.1036-0.06680.8697-0.1126-0.26360.06380.4893-0.02370.13580.307-0.07470.47797.159926.9766-21.2755
176.71160.1753-1.866.2559-2.7896.8621-0.0604-0.27480.03531.42090.2258-0.45290.47440.034-0.06770.48210.0073-0.0730.2671-0.0110.247316.648617.463-19.2308
184.20453.96724.41298.5438-0.18758.5849-0.42040.4568-0.1556-1.65970.063-0.84750.06170.60910.34940.91020.04950.24630.4917-0.0860.532438.165856.0263-39.1434
195.044-1.16491.49054.4918-0.53683.20650.01610.408-0.2678-0.9813-0.0345-0.5360.16570.64220.06370.4271-0.0710.06840.2788-0.02660.281633.323652.9108-32.0838
202.12531.38341.62534.6851.77454.7687-0.00330.1201-0.1944-0.47550.0647-0.0001-0.0140.0922-0.06330.2511-0.0360.02070.23880.03960.311930.693754.5388-23.072
211.21480.81650.97823.2830.51622.29540.1114-0.2448-0.09880.4009-0.02790.412-0.0329-0.0805-0.07820.1971-0.04010.0630.28580.06410.308430.047159.4672-12.2034
226.56076.25-3.01377.3292-0.94085.0281-0.4905-0.0735-0.47780.0046-0.058-0.03591.2205-0.15740.43020.5037-0.05510.05060.2277-0.04070.443928.057444.6793-14.0133
236.4185-0.09690.37316.4636-0.52064.52710.1296-0.3306-0.4510.1527-0.1258-0.17960.74310.43970.07750.3310.01160.01160.28770.05150.260334.654448.7241-4.5351
245.4602-0.031-0.57282.1122-1.89727.9352-0.03230.1341-0.76640.42790.0296-0.92270.83331.07360.04970.45620.1133-0.1180.51540.03830.819945.548344.7528-3.2588
255.2215-1.42240.41417.24551.8145.9893-0.0836-0.3806-0.18151.57150.2486-0.62320.38090.0482-0.0990.5903-0.1081-0.08820.47050.08460.286638.996857.67694.0806
265.9204-0.04671.17474.171-1.07095.64180.0685-0.7078-0.03410.819-0.00530.98320.3293-0.629-0.01810.427-0.02160.18830.4830.03160.359727.138456.69042.4168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 671 through 703 )A671 - 703
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 704 through 817 )A704 - 817
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 818 through 840 )A818 - 840
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 841 through 939 )A841 - 939
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 671 through 684 )B671 - 684
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 685 through 718 )B685 - 718
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 719 through 776 )B719 - 776
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 777 through 928 )B777 - 928
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 929 through 940 )B929 - 940
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 671 through 684 )C671 - 684
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 685 through 703 )C685 - 703
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 704 through 719 )C704 - 719
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 720 through 755 )C720 - 755
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 756 through 825 )C756 - 825
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 826 through 847 )C826 - 847
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 848 through 897 )C848 - 897
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 898 through 939 )C898 - 939
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 671 through 684 )D671 - 684
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 685 through 715 )D685 - 715
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 716 through 776 )D716 - 776
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 777 through 820 )D777 - 820
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 821 through 842 )D821 - 842
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 843 through 876 )D843 - 876
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 877 through 897 )D877 - 897
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 898 through 919 )D898 - 919
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 920 through 939 )D920 - 939

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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