PDB-6oyh: Crystal structure of MraY bound to carbacaprazamycin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oyh

タイトル

Crystal structure of MraY bound to carbacaprazamycin

要素

MraYAA nanobody
Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

キーワード

MEMBRANE PROTEIN/TRANSFERASE / peptidoglycan biosynthesis / antibiotic target / integral membrane enzyme / translocase / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-TRANSFERASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / cell wall macromolecule biosynthetic process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Lama glama (ラマ)

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Mashalidis, E.H. / Lee, S.Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Chemical logic of MraY inhibition by antibacterial nucleoside natural products.
著者: Mashalidis, E.H. / Kaeser, B. / Terasawa, Y. / Katsuyama, A. / Kwon, D.Y. / Lee, K. / Hong, J. / Ichikawa, S. / Lee, S.Y.

履歴

登録	2019年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oyh.cif.gz	997.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oyh.ent.gz	854 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6oyh_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6oyh_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6oyh_validation.xml.gz	62.6 KB	表示
CIF形式データ	6oyh_validation.cif.gz	83.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/6oyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/6oyh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6oyzC 6oz6C 5ckrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1shm-2 2xxc-d 5oxw-3 3qxv-2 6q9w-1 6dba-2 5u65-1 1shm-3 3b9v-3 5jmr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

E: MraYAA nanobody

A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

G: MraYAA nanobody

C: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

F: MraYAA nanobody

B: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

H: MraYAA nanobody

D: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

ヘテロ分子

227 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: MraYAA nanobody

A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: MraYAA nanobody

C: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: MraYAA nanobody

B: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

H: MraYAA nanobody

D: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.888, 129.578, 129.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	MraYAA nanobody 分子量: 15057.651 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-MurNAc-pentapeptide phosphotransferase 分子量: 40954.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: mraY, aq_053 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O66465, phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase
#3: 化合物	ChemComp-NK4 / (5S)-5'-O-(5-amino-5-deoxy-beta-D-ribofuranosyl)-5'-C-[(2S,5S,6S)-5-carboxy-6-heptadecyl-1,4-dimethyl-3-oxo-1,4-diazepan-2-yl]uridine 分子量: 797.976 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₆₇N₅O₁₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.22 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 22% polyethylene glycol 4000, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→43.941 Å / Num. obs: 61002 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.892 / R_pim(I) all: 0.07917 / Net I/σ(I): 12.86
反射シェル	解像度: 2.95→3.055 Å / Num. unique obs: 5579 / CC_1/2: 0.444 / R_pim(I) all: 0.636

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CKR

5ckr

解像度: 2.95→43.941 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2676	2627	4.32 %
R_work	0.2485	-	-
obs	0.2494	60825	98.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→43.941 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13611	0	224	16	13851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	14166
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.789	19351
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.104	4664
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2360
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.0036	0.3743	119	0.369	2716	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0036-3.0614	0.3327	138	0.3427	2913	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0614-3.1239	0.3469	126	0.3316	3016	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1239-3.1918	0.358	142	0.3124	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1918-3.266	0.2788	139	0.2919	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.266-3.3476	0.3268	136	0.2839	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3476-3.4381	0.3076	146	0.2784	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4381-3.5392	0.2767	133	0.2717	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5392-3.6534	0.2639	135	0.2667	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6534-3.7839	0.3054	146	0.2692	3113	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7839-3.9353	0.2889	131	0.2521	3077	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9353-4.1143	0.2584	149	0.2244	3066	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1143-4.3311	0.2198	137	0.2095	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3311-4.6021	0.2253	137	0.1999	3090	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6021-4.957	0.2349	147	0.1929	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
4.957-5.4551	0.2586	138	0.2233	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4551-6.2425	0.2944	143	0.2577	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2425-7.8576	0.2535	140	0.2433	3131	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8576-43.9457	0.2461	145	0.2531	3117	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9549	-0.9708	-1.0348	4.1165	2.3289	3.7404	0.1075	0.1945	-0.1259	-0.3813	-0.1896	0.1642	-0.2415	-0.1828	0.0494	0.4769	0.0238	-0.0353	0.33	-0.0153	0.3778	291.6002	6.6763	231.7523
2	2.0767	0.3121	0.5152	2.3678	1.4686	2.5034	0.0051	0.209	-0.0462	-0.3098	0.6975	-0.7439	-0.0469	1.204	-0.6667	0.6459	-0.0438	0.1534	0.9128	-0.3313	0.7277	322.1501	13.0705	240.4197
3	2.8838	0.7526	-0.5783	2.4482	0.0416	0.5631	-0.0427	0.6564	0.1959	-0.5457	0.1697	-0.0338	-0.2255	-0.1214	-0.092	0.7848	-0.1091	-0.0133	0.6316	0.1116	0.4122	271.6417	5.7272	289.9891
4	1.8707	-0.1272	0.4188	2.1596	-0.1509	2.1012	0.0179	0.0668	0.1119	-0.4516	-0.3074	-0.6853	-0.3704	0.6633	0.2607	0.6402	-0.1138	0.0918	0.7196	0.2206	0.6764	301.8179	4.103	301.5852
5	4.6086	-1.4782	-2.3408	1.8416	2.5651	6.0976	0.0355	0.0525	-0.1025	-0.1036	-0.1765	-0.0399	-0.2898	-0.2888	0.1687	0.5146	0.0505	-0.0378	0.3579	-0.0644	0.6166	271.4728	32.2952	258.8495
6	5.1363	-0.577	-1.6472	5.5841	4.0358	5.2813	-0.1336	-0.0181	0.2292	0.0634	0.4956	-0.3596	0.0296	0.5429	-0.3605	0.4203	-0.0098	-0.0455	0.549	-0.0173	0.418	313.1921	36.2853	274.5275
7	6.0292	2.5433	-3.373	3.7745	-2.3782	6.1684	-0.0069	0.4025	0.3349	-0.3988	0.2739	-0.0009	-0.1903	-0.2506	-0.2021	0.4094	0.0296	-0.0003	0.4163	0.041	0.3612	251.2863	-13.3531	321.5554
8	6.1361	1.0835	-2.6559	3.0756	-0.7069	4.2042	0.2209	-0.2681	0.1853	0.0478	-0.5697	-0.3271	-0.1536	0.6287	0.2206	0.5296	-0.0763	-0.0949	0.6753	0.2772	0.7254	292.9911	-20.3275	335.5103

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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