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- PDB-6ojh: Crystal Structure of Haemophilus Influenzae Biotin Carboxylase Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ojh
タイトルCrystal Structure of Haemophilus Influenzae Biotin Carboxylase Complexed with (R)-7-(3-aminopyrrolidin-1-yl)-6-(naphthalen-1-yl)pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-amine
要素Biotin carboxylase
キーワードLIGASE / ATP GRASP / CARBOXYLASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin carboxylase / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / fatty acid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / : / Rossmann fold - #20 / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain ...Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase / : / Rossmann fold - #20 / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-MV4 / Biotin carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Andrews, L.D. / Kane, T.R. / Dozzo, P. / Haglund, C.M. / Hilderbrandt, D.J. / Linsell, M.S. / Machajewski, T. / McEnroe, G. / Serio, A.W. / Wlasichuk, K.B. ...Andrews, L.D. / Kane, T.R. / Dozzo, P. / Haglund, C.M. / Hilderbrandt, D.J. / Linsell, M.S. / Machajewski, T. / McEnroe, G. / Serio, A.W. / Wlasichuk, K.B. / Neau, D.B. / Pakhomova, S. / Waldrop, G.L. / Sharp, M. / Pogliano, J. / Cirz, R. / Cohen, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI113572 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Haemophilus Influenzae Biotin Carboxylase Complexed with (R)-7-(3-aminopyrrolidin-1-yl)-6-(naphthalen-1-yl)pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-amine
著者: Andrews, L.D. / Kane, T.R. / Dozzo, P. / Haglund, C.M. / Hilderbrandt, D.J. / Linsell, M.S. / Machajewski, T. / McEnroe, G. / Serio, A.W. / Wlasichuk, K.B. / Neau, D.B. / Pakhomova, S. / ...著者: Andrews, L.D. / Kane, T.R. / Dozzo, P. / Haglund, C.M. / Hilderbrandt, D.J. / Linsell, M.S. / Machajewski, T. / McEnroe, G. / Serio, A.W. / Wlasichuk, K.B. / Neau, D.B. / Pakhomova, S. / Waldrop, G.L. / Sharp, M. / Pogliano, J. / Cirz, R. / Cohen, F.
履歴
登録2019年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8024
ポリマ－51,3471
非ポリマー4563
水3,081171
1
A: Biotin carboxylase
ヘテロ分子

A: Biotin carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6048
ポリマ－102,6932
非ポリマー9116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.688, 85.688, 104.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-628-

HOH

21A-753-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Biotin carboxylase / Acetyl-CoA carboxylase subunit A / ACC


分子量: 51346.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: accC, HI_0972 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43873, biotin carboxylase, acetyl-CoA carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-MV4 / 7-[(3R)-3-aminopyrrolidin-1-yl]-6-(naphthalen-1-yl)pyrido[2,3-d]pyrimidin-2-amine


分子量: 356.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N6
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ca acetate, 14% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月23日 / 詳細: KB mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.69 Å / Num. obs: 27210 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2045 / Rpim(I) all: 0.532 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RZQ

4rzq


解像度: 2.05→39.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.425 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22244 1376 5.1 %RANDOM
Rwork0.1756 ---
obs0.17795 25814 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.725 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å2-0.16 Å2-0 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---1.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→39.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3413 0 32 171 3616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.6574792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3351.5867802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7675454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89222180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.38415624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3981526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8281.7981793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8161.7951790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3052.6892242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3012.6892242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0741.9631748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0741.9651749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6732.8892547
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.28321.9853924
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.28321.9973925
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 76 -
Rwork0.344 1871 -
obs--97.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.73870.3738-1.24782.3078-3.44919.51220.0231-1.3101-0.79520.61210.19550.1775-0.00990.2292-0.21860.45320.11350.02320.46190.18280.299620.2114-14.7517-1.2148
23.44880.7250.57192.9901-0.52581.8616-0.01230.1148-0.2-0.22190.13930.520.1443-0.1522-0.1270.0618-0.0367-0.05080.08080.03180.130117.6461-4.1899-8.3414
31.9209-0.3516-0.03456.2671-0.36571.3414-0.21390.07060.2182-0.04760.1360.6703-0.4111-0.44820.0780.33490.06630.08220.3589-0.02770.37219.179426.57078.275
47.01041.19623.34714.01490.03112.6216-0.42780.34730.359-0.71850.27640.6126-0.2154-0.39110.15140.4620.01070.02930.3967-0.0090.43496.976126.53111.164
52.31191.1072-0.61913.4618-0.11110.62380.0719-0.3920.29110.43180.07010.2586-0.1091-0.0613-0.14190.13960.0290.03980.1947-0.00710.05326.43158.04359.0178
62.49960.26360.65111.65-0.31861.9874-0.0490.19310.4539-0.18950.0359-0.0685-0.15030.0790.01320.08720.00660.00770.07540.03670.104837.432113.3938-9.4816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 5
2X-RAY DIFFRACTION2A6 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3A115 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4A179 - 206
5X-RAY DIFFRACTION5A207 - 331
6X-RAY DIFFRACTION6A332 - 445

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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