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- PDB-6ohj: Crystal Structure of the Debrominase Bmp8 C82A in Complex with 2,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ohj
タイトルCrystal Structure of the Debrominase Bmp8 C82A in Complex with 2,3,4-tribromopyrrole
要素Debrominase Bmp8
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Debrominase
機能・相同性Carboxymuconolactone decarboxylase-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / peroxiredoxin activity / 2,3,4-tribromo-1H-pyrrole / Carboxymuconolactone decarboxylase
機能・相同性情報
生物種Marinomonas mediterranea MMB-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Chekan, J.R. / Moore, B.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Bacterial Tetrabromopyrrole Debrominase Shares a Reductive Dehalogenation Strategy with Human Thyroid Deiodinase.
著者: Chekan, J.R. / Lee, G.Y. / El Gamal, A. / Purdy, T.N. / Houk, K.N. / Moore, B.S.
履歴
登録2019年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Debrominase Bmp8
B: Debrominase Bmp8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5154
ポリマ－43,1152
非ポリマー4002
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area14730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.817, 65.817, 288.848
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPSERSER(chain 'A' and (resid 3 through 176 or resid 178 through 189))AA3 - 1756 - 178
12GLUGLUILEILE(chain 'A' and (resid 3 through 176 or resid 178 through 189))AA178 - 188181 - 191
23ASPASPSERSER(chain 'B' and (resid 3 through 176 or resid 178 through 189))BB3 - 1756 - 178
24GLUGLUILEILE(chain 'B' and (resid 3 through 176 or resid 178 through 189))BB178 - 188181 - 191

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要素

#1: タンパク質 Debrominase Bmp8 / Carboxymuconolactone decarboxylase


分子量: 21557.393 Da / 分子数: 2 / 変異: C82A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas mediterranea MMB-1 (バクテリア)
遺伝子: Marme_4087 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2K073
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MKV / 2,3,4-tribromo-1H-pyrrole / 2,3,4-トリブロモ-1H-ピロ-ル


分子量: 303.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H2Br3N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2.3 M ammonium sulfate, 0.1 M BisTris propane pH 9.0, 7 mg/mL Bmp8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→57 Å / Num. obs: 6726 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 16.2 % / Biso Wilson estimate: 89.01 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 3.19→3.249 Å / 冗長度: 17.5 % / Rmerge(I) obs: 1.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 332 / CC1/2: 0.9 / Rpim(I) all: 0.24 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc3_3435精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.19→57 Å / SU ML: 0.3669 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.8843
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2824 320 4.76 %
Rwork0.2316 --
obs0.234 6716 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 95.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 0 13 2 2917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00352988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54494051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1.77612115
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.249 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3187 151 -
Rwork0.287 3028 -
obs--96.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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