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万見
- PDB-6oco: HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oco
タイトルHUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 6
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
キーワードtransferase/transferase inhibitor / PI3KDELTA KINASE / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell chemotaxis / Signaling by ALK / MET activates PI3K/AKT signaling / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle ...B cell chemotaxis / Signaling by ALK / MET activates PI3K/AKT signaling / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / FLT3 Signaling / RND3 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / PI3K events in ERBB4 signaling / Interleukin-7 signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / IRS-mediated signalling / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by SCF-KIT / Downstream signal transduction / PI3K/AKT activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Tie2 Signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Costimulation by the CD28 family / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin receptor SHC signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / GP1b-IX-V activation signalling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOA GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / DAP12 signaling / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / Regulation of signaling by CBL / Downstream TCR signaling / natural killer cell differentiation / RHOG GTPase cycle / positive regulation of epithelial tube formation / RET signaling / natural killer cell chemotaxis / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / neutrophil extravasation / positive regulation of neutrophil apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / respiratory burst involved in defense response / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / T cell chemotaxis / natural killer cell activation / ErbB-3 class receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / enzyme-substrate adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Extra-nuclear estrogen signaling / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase / G alpha (q) signalling events / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / B cell activation / intracellular glucose homeostasis / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / T cell differentiation / RET signaling / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / T cell activation / positive regulation of endothelial cell migration / response to endoplasmic reticulum stress / B cell differentiation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / neutrophil chemotaxis
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain ...PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Rho GTPase activation protein / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M5V / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Lesburg, C.A. / Augustin, M.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery and optimization of heteroaryl piperazines as potent and selective PI3K delta inhibitors.
著者: Zhou, H. / McGowan, M.A. / Lipford, K. / Christopher, M. / Fradera, X. / Witter, D. / Lesburg, C.A. / Li, C. / Methot, J.L. / Lampe, J. / Achab, A. / Shaffer, L. / Goldenblatt, P. / Shah, S. ...著者: Zhou, H. / McGowan, M.A. / Lipford, K. / Christopher, M. / Fradera, X. / Witter, D. / Lesburg, C.A. / Li, C. / Methot, J.L. / Lampe, J. / Achab, A. / Shaffer, L. / Goldenblatt, P. / Shah, S. / Bass, A. / Schroeder, G. / Chen, D. / Zeng, H. / Augustin, M.A. / Katz, J.D.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,5703
ポリマ－137,1812
非ポリマー3891
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area54180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.017, 108.981, 142.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit delta / p110delta


分子量: 116187.164 Da / 分子数: 1 / 断片: PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CD
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00329, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 20993.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PIK3R1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23727
#3: 化合物 ChemComp-M5V / 4-[(1S,4S)-5-(3-chlorophenyl)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]-2-(pyridin-3-yl)pyrimidine-5-carbonitrile


分子量: 388.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17ClN6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 16.60 % PEG6000 0.10 M KCl 0.10 M MES pH=6.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→86.54 Å / Num. obs: 45261 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.58→2.83 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 4.28 / Num. unique obs: 201 / CC1/2: 0.992 / Rrim(I) all: 0.578 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: NONE

解像度: 2.58→86.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 14.574 / SU ML: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.746 / ESU R Free: 0.356
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 874 2 %RANDOM
Rwork0.2589 ---
obs0.2596 41902 94.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.29 Å2 / Biso mean: 61.731 Å2 / Biso min: 23.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→86.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8987 0 28 14 9029
Biso mean--74.8 58.51 -
残基数----1100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0228813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0221.96511922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.926314952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2151090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58824.07398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.563151513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3941555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021791
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 69 -
Rwork0.369 3090 -
obs--95.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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