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- PDB-6ny0: Crystal structure of trimethoprim-resistant type II dihydrofolate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ny0
タイトルCrystal structure of trimethoprim-resistant type II dihydrofolate reductase in complex with a bisbenzimidazole inhibitor
要素Dihydrofolate reductase type 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / antibiotic resistance / selective inhibitor / R67 DHFR / SH3-like barrel / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methotrexate / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase, type II / R67 dihydrofolate reductase / SH3 type barrels. - #60 / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / Electron transport accessory-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBA / PHOSPHATE ION / Dihydrofolate reductase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Yachnin, B.J. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 5件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)227853 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2018-04686 カナダ
Other governmentCanada Foundation for Innovation 11510 (www.innovation.ca) カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-13107 カナダ
Other privateFondation Marcel et Rolande Gosselin カナダ
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Structure-Based Design of Dimeric Bisbenzimidazole Inhibitors to an Emergent Trimethoprim-Resistant Type II Dihydrofolate Reductase Guides the Design of Monomeric Analogues.
著者: Toulouse, J.L. / Yachnin, B.J. / Ruediger, E.H. / Deon, D. / Gagnon, M. / Saint-Jacques, K. / Ebert, M.C.C.J.C. / Forge, D. / Bastien, D. / Colin, D.Y. / Vanden Eynde, J.J. / Marinier, A. / ...著者: Toulouse, J.L. / Yachnin, B.J. / Ruediger, E.H. / Deon, D. / Gagnon, M. / Saint-Jacques, K. / Ebert, M.C.C.J.C. / Forge, D. / Bastien, D. / Colin, D.Y. / Vanden Eynde, J.J. / Marinier, A. / Berghuis, A.M. / Pelletier, J.N.
履歴
登録2019年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6256
ポリマ－6,6341
非ポリマー9915
水1,15364
1
A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,50124
ポリマ－26,5384
非ポリマー3,96320
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area7310 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.492, 67.492, 51.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase type 2 / Dihydrofolate reductase type II


分子量: 6634.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pRep4 / 参照: UniProt: P00383, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-LBA / 2-(4-{3-[4-(6-carboxy-1H-benzimidazol-2-yl)phenoxy]-2-hydroxypropoxy}phenyl)-1H-benzimidazole-5-carboxylic acid


分子量: 564.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H24N4O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: The protein was concentrated to 20 mg/mL in 100 mM Tris pH 8.0. Immediately before crystallization, chymotrypsin was added to the sample in a ratio of 1:100 chymotrypsin:protein, and the ...詳細: The protein was concentrated to 20 mg/mL in 100 mM Tris pH 8.0. Immediately before crystallization, chymotrypsin was added to the sample in a ratio of 1:100 chymotrypsin:protein, and the protein was diluted to 15 mg/mL using MPD, resulting in a final MPD concentration of 25%. Reservoirs were prepared using 750 uL of 100 mM sodium phosphate pH 7.6 and 60% MPD in a Greiner 24-well hanging-drop crystallization plate. On a siliconized glass cover slip (Hampton Research), 1.5 uL of protein were combined with 2.5 uL of reservoir solution and suspended over the well. The plate was incubated at 277 K and crystals were obtained in a few days.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月12日
詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 13545 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.258 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 271880
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.35-1.3714.66710.8241100
1.37-1.4176600.8451100
1.4-1.4318.56670.8561100
1.43-1.4519.86650.8911100
1.45-1.4920.46640.90311000.855
1.49-1.5220.76640.93711000.729
1.52-1.5620.86600.97311000.64
1.56-1.620.86771.00711000.504
1.6-1.6520.96721.06211000.438
1.65-1.720.96641.14911000.356
1.7-1.7620.96621.17611000.308
1.76-1.83216631.29911000.231
1.83-1.9220.86841.45411000.172
1.92-2.0220.96761.36411000.131
2.02-2.1421.16721.5211000.114
2.14-2.3121.16811.50111000.101
2.31-2.5420.96871.57911000.091
2.54-2.9120.76931.84911000.077
2.91-3.6620.57061.83811000.066
3.66-5019.17571.737199.60.058

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RH2

2rh2


解像度: 1.4→41.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.725 / SU ML: 0.029 / SU R Cruickshank DPI: 0.0493 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.049
詳細: Authors state that inhibitor LBA is partially modelled at the active site. Binding of the ligand has been confirmed biochemically, and ligand disorder outside of the pore center has been ...詳細: Authors state that inhibitor LBA is partially modelled at the active site. Binding of the ligand has been confirmed biochemically, and ligand disorder outside of the pore center has been observed for other known ligands. More details can be found in the primary citation.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1577 624 5.1 %RANDOM
Rwork0.1412 ---
obs0.142 11543 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.09 Å2 / Biso mean: 15.229 Å2 / Biso min: 8.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→41.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数437 0 31 72 540
Biso mean--41.64 29.37 -
残基数----58
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.013501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.017443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0761.646685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3281.5941021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.205559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.44521.625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.031569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.013153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.02544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02113
LS精密化 シェル解像度: 1.395→1.431 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 44 -
Rwork0.222 829 -
all-873 -
obs--99.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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