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- PDB-6nvu: Crystal structure of TLA-1 extended spectrum Beta-lactamase in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nvu
タイトルCrystal structure of TLA-1 extended spectrum Beta-lactamase in complex with Clavulanic Acid
要素Beta-lactamase
キーワードhydrolase/antibiotic / Lactamase / Antibiotic / Resistance / HYDROLASE / hydrolase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-J01 / Chem-L4A / Chem-TEM / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rudino-Pinera, E. / Cifuentes-Castro, V.H. / Rodriguez-Almazan, C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of ESBL TLA-1 in complex with clavulanic acid reveals a second acylation site.
著者: Cifuentes-Castro, V. / Rodriguez-Almazan, C. / Silva-Sanchez, J. / Rudino-Pinera, E.
履歴
登録2019年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,18612
ポリマ－31,0621
非ポリマー1,12411
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.640, 98.640, 100.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-lactamase / ESBL TLA-1


分子量: 31062.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tla-1 / プラスミド: pJ411 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X6W1, beta-lactamase

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非ポリマー , 8種, 173分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-TEM / N-(2-HYDROXY-4-OXO-BUTYL)-N-(3-OXO-TRANSPROPENYL)AMINE


分子量: 157.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-L4A / 2,5-bis(2-hydroxyethyl)-1,3-oxazole-4-carboxylic acid / Clavulanic Acid, opened form


分子量: 201.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-J01 / (2R,3Z,5R)-3-(2-HYDROXYETHYLIDENE)-7-OXO-4-OXA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID / CLAVULANIC ACID / (2R,5R)-3-(2-ヒドロキシエチリデン)-7-オキソ-4-オキサ-1-アザビシクロ[3.2.0]ヘプタン-2β(以下略)


分子量: 199.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.71 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2.4 M Ammonium sulfate, 100 mM Sodium Phosphate dibasic/Citric Acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月18日 / 詳細: Sagitally focusing 2nd crystal
放射モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: water cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 17306 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 37.502 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.018 / Rrim(I) all: 0.0191 / Net I/σ(I): 16.23
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1930 / CC1/2: 0.858 / Rrim(I) all: 1.152 / Rsym value: 1.12 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1.0E+25 / 解像度: 2.5→35.182 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.69
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2663 918 5.32 %Random 5 percent
Rwork0.2012 ---
obs0.2045 17257 97.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.43 Å2 / Biso mean: 37.1056 Å2 / Biso min: 19.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→35.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2185 0 73 162 2420
Biso mean--51.34 38.74 -
残基数----277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9163093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6371387
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.63180.33251890.282422772466100
2.6318-2.79660.30911210.263423662487100
2.7966-3.01240.29731450.248323392484100
3.0124-3.31540.3292950.221824012496100
3.3154-3.79460.3025950.21232044213985
3.7946-4.77890.20351460.15372339248597
4.7789-35.1850.22581270.16725732700100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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