PDB-6npp: Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6npp

タイトル

Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1, bound to fragments

要素

EBNA1
Epstein-Barr nuclear antigen 1

キーワード

viral protein/inhibitor / EBNA1 / DNA binding protein / Epstein-Barr Virus / viral protein / viral protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell PML body / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / virus-mediated perturbation of host defense response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Messick, T.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: Structure-based design of small-molecule inhibitors of EBNA1 DNA binding blocks Epstein-Barr virus latent infection and tumor growth.
著者: Messick, T.E. / Smith, G.R. / Soldan, S.S. / McDonnell, M.E. / Deakyne, J.S. / Malecka, K.A. / Tolvinski, L. / van den Heuvel, A.P.J. / Gu, B.W. / Cassel, J.A. / Tran, D.H. / Wassermann, B.R. ...

履歴

登録	2019年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6npp.cif.gz	183.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6npp.ent.gz	146.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6npp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6npp_validation.pdf.gz	730.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6npp_full_validation.pdf.gz	732.5 KB	表示
XML形式データ	6npp_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	6npp_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6npp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6npp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6npiC 6npmC 1vhiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6npm-d 6vh6-d 6sub-d 2f93-d 5svw-1 3l9e-1 5svv-2 1h2s-d 4zr0-1 3gqf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Epstein-Barr nuclear antigen 1

B: EBNA1

ヘテロ分子

30.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, EBNA1 exists as a dimer in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.353, 68.526, 69.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Epstein-Barr nuclear antigen 1 / EBV nuclear antigen 1 分子量: 15306.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 / 遺伝子: EBNA1, BKRF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03211
#2: タンパク質	EBNA1 分子量: 14650.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス) 株: GD1 / 遺伝子: EBNA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0J719, UniProt: P03211*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-KWG / 3-(phenylethynyl)-2-(1H-pyrrol-1-yl)benzoic acid 分子量: 287.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.15 % / 解説: Rectangular rods
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 50 mM MES pH 6.5, 0-100 mM NaCl, 10 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月1日 / 詳細: Varimax
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 61748 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.28 Å² / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2490 / R_sym value: 0.594 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VHI

1vhi

解像度: 1.35→22.621 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.83

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1845	2008	4.01 %
R_work	0.1578	-	-
obs	0.1588	50030	79.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→22.621 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2101	0	22	485	2608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2265
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.027	3090
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.187	1324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	410

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3834-1.4208	0.2862	25	0.2455	578	X-RAY DIFFRACTION	14
1.4208-1.4626	0.2962	64	0.2199	1593	X-RAY DIFFRACTION	37
1.4626-1.5098	0.2041	123	0.2135	2927	X-RAY DIFFRACTION	69
1.5098-1.5637	0.2355	162	0.2019	3829	X-RAY DIFFRACTION	89
1.5637-1.6263	0.2263	175	0.1832	4119	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6263-1.7003	0.2283	178	0.1813	4228	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7003-1.7899	0.2116	182	0.1779	4270	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7899-1.902	0.2336	173	0.1814	4285	X-RAY DIFFRACTION	99
1.902-2.0488	0.1872	181	0.1545	4322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0488-2.2548	0.1893	186	0.1485	4337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2548-2.5806	0.157	177	0.1487	4369	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5806-3.2498	0.1607	181	0.1484	4397	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2498-22.621	0.1733	192	0.1469	4581	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7204	0.4095	-2.3942	0.9912	-0.9628	2.4977	-0.1704	-0.3575	-0.0027	0.3225	0.1216	0.2474	0.0703	0.4137	0.1512	0.2423	0.0023	0.0028	0.2352	-0.0521	0.1733	-17.3774	5.6825	21.5617
2	4.803	0.3693	-0.7483	0.8171	0.3517	1.2393	0.0853	0.248	0.186	-0.0109	-0.1375	0.0801	-0.2232	-0.1331	-0.0162	0.17	-0.0003	0.0068	0.1384	-0.0308	0.1453	-5.1799	-0.8891	15.325
3	1.1612	0.25	1.1882	1.1054	1.7529	7.077	-0.0015	0.2624	0.3258	-0.251	0.0894	0.0289	-0.6675	0.4818	-0.1234	0.2356	-0.0485	0.0273	0.1606	0.0181	0.1742	7.151	-1.563	-1.3149
4	0.4061	-0.1959	0.3282	0.6575	-0.1744	0.7465	-0.0446	-0.085	-0.0587	0.0008	-0.0581	0.003	0.116	0.0693	0.0894	0.139	-0.0143	-0.0009	0.0952	-0.0078	0.1115	-3.9688	-15.1399	7.0171
5	0.7062	0.2158	0.2985	1.1846	0.2395	1.383	0.0069	0	0.1291	-0.0508	-0.07	0.1135	-0.1672	-0.0974	0.0529	0.1652	0.0139	0.0018	0.1168	-0.02	0.1436	-8.7636	-8.29	6.5771
6	1.4397	0.2419	-0.3055	1.7719	0.0567	1.2488	0.0221	-0.2579	-0.1094	0.198	-0.0096	0.1752	0.2698	-0.1778	0.0046	0.2053	-0.0175	0.0022	0.1635	0.0285	0.1883	-9.218	-33.534	9.2761
7	0.9339	-0.5779	-0.357	3.7427	2.3814	2.601	0.0509	0.0183	-0.1359	0.202	-0.1789	0.3078	0.205	-0.1548	0.2665	0.1863	-0.0067	0.024	0.1419	0.0111	0.2028	-11.3711	-32.0276	6.468
8	0.5766	0.3443	-0.212	0.2196	-0.1919	0.2128	0.0316	-0.0172	-0.0221	0.0267	-0.0074	-0.0169	-0.0197	-0.0043	-0.0088	0.155	-0.0003	0.0031	0.1124	-0.0032	0.1307	1.6264	-11.1684	4.5914
9	1.48	1.312	-0.0492	1.431	0.1372	1.0261	0.0502	-0.3229	0.0871	0.2648	-0.1094	0.1525	0.1952	0.1557	0.0208	0.1759	-0.0052	0.0117	0.1361	-0.0142	0.13	-0.9953	-13.6076	16.5165
10	3.31	-1.4474	-0.013	0.9189	0.2307	0.1642	0.1118	0.3265	0.07	-0.1004	-0.0816	0.0324	-0.0787	0.026	0.0815	0.1724	0.0058	0.0011	0.1452	0.0098	0.1406	0.6379	-14.9366	-7.8704
11	5.7868	0.823	-1.074	1.5003	0.4236	3.0068	-0.0851	0.3751	-0.8681	-0.181	0.0334	0.5486	0.3283	-0.4691	0.1094	0.2081	-0.0053	-0.0106	0.1866	-0.0125	0.325	-11.4106	-39.9517	-11.0841
12	3.6553	0.8565	2.2258	6.0347	-1.8683	2.6136	0.3283	0.1898	-0.2315	0.2566	-0.0921	-0.4217	0.0523	0.7565	-0.3922	0.2358	0.0428	-0.019	0.2525	-0.0381	0.221	2.1723	-39.2636	-12.0031
13	3.8044	0.892	-1.2034	1.3462	1.8138	5.4583	-0.0088	0.19	-0.7453	-0.058	0.2251	-0.2159	1.059	0.4898	-0.153	0.2727	0.0683	-0.0246	0.2164	-0.0473	0.2644	8.8615	-38.8667	-2.423
14	0.4709	-0.158	-0.0302	0.8136	0.078	0.5065	-0.0154	-0.0332	-0.0448	0.0529	-0.0224	-0.0188	-0.0671	0.032	-0.0472	0.135	0.0027	0.0092	0.1119	0.0089	0.1243	0.2766	-27.1103	0.2836
15	0.5944	0.0905	0.4267	0.6792	0.3771	0.9831	0.0342	-0.0167	-0.1615	0.0098	-0.0023	0.0479	0.0986	-0.0242	-0.0243	0.1659	0.0111	0.0013	0.1228	0.0009	0.1458	-8.1386	-31.7614	-3.6001
16	3.0787	2.4563	-1.1516	5.9003	-3.4266	4.0285	0.1371	0.2177	0.2296	0.2314	0.0994	0.232	-0.0679	-0.0881	-0.2332	0.1504	0.0306	0.0241	0.1022	0.0176	0.1388	-8.4682	-7.265	-7.3761
17	2.6907	1.0979	0.418	1.7698	0.7067	1.8742	0.1437	0.1088	0.0977	0.1106	-0.0718	0.0478	-0.043	-0.0707	-0.0823	0.1459	0.0386	0.002	0.1204	0.0139	0.1532	-11.4746	-6.1812	-4.0802
18	0.8567	-0.0436	0.2911	0.4294	-0.1967	0.506	0.0367	0.0782	-0.074	-0.021	-0.0405	0.0013	0.0235	0.0326	-0.0056	0.1537	0.0153	-0.0018	0.1141	-0.0002	0.1396	1.6919	-27.9531	-5.3194
19	1.8966	0.0987	1.759	0.4837	0.2054	2.1449	0.0165	0.2613	-0.0902	-0.1272	0.0351	-0.0323	-0.076	0.1065	-0.081	0.1795	0.0153	0.0028	0.1791	-0.0043	0.1191	-3.4953	-25.0353	-15.4804
20	2.2142	0.9729	-0.1935	1.4082	-0.1832	1.0084	0.0944	-0.2206	0.1004	0.0443	-0.0827	0.0089	0.097	0.0361	-0.106	0.1776	0.0065	-0.0182	0.1135	-0.0069	0.1433	2.6653	-23.9342	9.2157

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 468:474)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 475:492)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 493:501)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 502:516)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 517:537)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 538:549)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 550:560)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 561:576)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 577:599)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 600:607)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 474:483)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 484:491)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 492:497)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 498:514)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 515:537)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 538:548)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 549:558)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 559:582)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 583:598)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 599:607)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)