PDB-6noj: PD-L1 IgV domain V76T with fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6noj

タイトル

PD-L1 IgV domain V76T with fragment

要素

Programmed cell death 1 ligand 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fragment-based screening / Structure-based design / PD-L1 inhibitor / Cancer drug discovery / Immunotherapy

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Zhao, B. / Perry, E.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	5T32GM065086	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	0922862	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	S10 RR025677	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	S10 RR026915	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国

引用

ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2019
タイトル: Fragment-based screening of programmed death ligand 1 (PD-L1).
著者: Perry, E. / Mills, J.J. / Zhao, B. / Wang, F. / Sun, Q. / Christov, P.P. / Tarr, J.C. / Rietz, T.A. / Olejniczak, E.T. / Lee, T. / Fesik, S.

履歴

登録	2019年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6noj.cif.gz	117.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6noj.ent.gz	90 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6noj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6noj_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6noj_full_validation.pdf.gz	429.4 KB	表示
XML形式データ	6noj_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	6noj_validation.cif.gz	10.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6noj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6noj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nm7C 6nm8C 6nnvC 6nosC 6np9C 3bikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nos-d 5niu-1 5niu-2 5n2f-d 6r3k-1 5j8o-d 6nm7-d 5j89-1 6r3k-2 6nm8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (4) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (3) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (4)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (2)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Programmed cell death 1 ligand 1

B: Programmed cell death 1 ligand 1

ヘテロ分子

29.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.803, 96.941, 32.658
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1 分子量: 14551.618 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 18-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物	ChemComp-KW7 / methyl 3-amino-4-(2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-2-carboxylate 分子量: 234.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₂H₁₁FN₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.056 M sodium phosphate monobasic, 1.344 M potassium phosphate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月29日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→40 Å / Num. obs: 16612 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.159 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.505 / Num. unique obs: 803 / CC_1/2: 0.675 / R_pim(I) all: 0.183 / R_rim(I) all: 0.539 / R_sym value: 0.635 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3BIK

3bik

解像度: 2.33→27.084 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 22.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2454	1190	10 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.1956	11900	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→27.084 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1953	0	17	72	2042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2030
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.259	2758
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.492	1199
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	311
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	351

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3302-2.4234	0.326	126	0.2575	1144	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4234-2.5336	0.3086	130	0.2433	1168	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5336-2.6671	0.2906	129	0.2292	1160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6671-2.834	0.2701	130	0.2168	1159	X-RAY DIFFRACTION	99
2.834-3.0526	0.2852	131	0.225	1187	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0526-3.3592	0.2402	131	0.1941	1184	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3592-3.8441	0.2606	133	0.173	1186	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8441-4.8387	0.1809	136	0.1477	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8387-27.0858	0.2196	144	0.168	1292	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.753	-1.4621	-0.313	2.8338	0.5739	2.003	1.1262	-1.1274	0.2424	0.6772	-0.667	0.4382	1.617	1.2227	0.3143	0.7108	-0.0773	0.2541	0.8653	-0.0136	0.6166	22.8193	85.6853	24.3429
2	0.7231	0.2818	-1.0089	4.0785	-0.5788	1.4274	0.1129	-0.8201	0.151	1.7985	0.2184	0.2877	0.1025	-0.0803	0.1664	0.6553	-0.0298	0.1667	0.543	0.0951	0.1795	11.3637	82.1412	25.8166
3	7.9212	-1.306	-2.4569	2.6129	-1.4146	2.5928	-0.3223	-0.4031	-0.3645	0.4151	0.0031	0.0297	0.3461	0.3859	0.4071	0.3286	0.0171	-0.0058	0.2883	0.0334	0.1999	19.4455	75.4193	16.2969
4	2.2029	-0.068	-1.5681	2.5884	-1.2689	1.8089	0.3611	-0.7437	0.2133	0.243	-0.1927	-0.2664	-0.1802	0.1623	-0.0209	0.1884	-0.0376	-0.0124	0.1415	-0.0051	0.1516	16.3096	85.8787	12.4875
5	3.8215	3.555	-1.9996	4.1582	-1.1227	1.6717	0.2591	-0.3238	0.3157	0.0206	-0.2447	-0.0742	-0.45	-0.2249	-0.1574	0.2127	0.0673	0.0013	0.23	0.091	0.2443	12.0812	84.9667	7.7092
6	7.1326	2.618	3.4694	3.4924	-0.9651	3.6637	0.0738	-0.9718	1.0071	0.7183	-0.5756	0.0482	-0.1706	-1.0094	-0.0803	0.2032	-0.0219	0.0037	0.359	-0.035	0.3705	-7.9052	81.0852	20.9152
7	7.7286	-1.4366	0.8921	5.3551	-0.7797	1.5033	-0.2122	-1.0099	0.6016	0.7781	0.3784	-0.2973	-0.4454	0.3727	0.2281	0.3412	-0.0641	-0.089	0.4263	-0.062	0.2679	24.0426	103.9033	18.7309
8	5.3987	-0.7768	0.3432	2.7911	-0.4935	1.3253	0.0681	0.0703	0.3717	0.1871	-0.2247	-0.3591	0.0605	0.1517	0.1359	0.2007	-0.0768	0.0099	0.2413	0.0077	0.2306	23.3441	109.975	10.3378
9	5.2433	-1.9671	3.157	6.3526	0.1714	5.2773	-0.0798	0.4698	-0.5347	-0.1611	-0.1006	0.0318	0.5238	0.0388	-0.1528	0.135	0.0219	0.0543	0.2658	-0.0175	0.202	22.8918	99.0809	4.3906
10	7.4874	-0.1732	5.2121	7.0031	-1.2488	3.8189	-0.0245	0.4485	-0.5953	-1.2467	0.088	-0.2253	0.1912	0.9129	-0.1014	0.443	0.2201	-0.0326	0.6411	-0.09	0.2832	24.8079	99.3223	-3.1498
11	6.1557	0.341	5.0129	2.0001	3.1391	2.0006	0.7784	1.632	-1.0999	-1.6795	-0.4429	0.4335	0.0445	0.8122	0.9268	0.4317	0.163	-0.3212	0.4589	0.0919	0.441	15.2248	106.5664	-4.4684
12	2.0048	1.0974	5.018	3.0506	2.4411	3.4207	-0.5156	1.6177	0.15	-0.0006	0.2329	-0.512	-1.4718	0.5433	0.7055	0.4309	-0.0047	0.0012	0.4095	0.0737	0.4043	29.9049	109.0495	4.9672
13	6.3038	-2.5559	0.3316	3.3443	-0.6797	1.6002	0.0774	0.5593	0.2257	-0.4985	-0.1444	-0.4761	-0.0075	0.021	0.1087	0.1851	-0.0399	0.0116	0.1887	0.0515	0.1545	19.1828	105.6651	6.974
14	4.3622	-4.8276	1.76	5.2811	-1.8905	0.7875	-0.3332	-0.0663	-0.0712	0.6907	0.1791	0.1547	-0.1857	0.0849	-0.0653	0.1787	-0.0119	0.0399	0.1785	0.0387	0.2498	15.1866	104.2956	13.7327
15	8.4625	-1.8087	-0.8207	7.9041	-0.9975	5.6859	-0.2415	1.8125	0.2912	-0.8553	0.4578	0.469	0.6525	-0.1022	-0.0988	0.2148	-0.0309	-0.0341	0.4667	0.0355	0.3016	-2.2883	114.5925	0.2364
16	2.507	2.0311	-0.1157	4.711	1.2473	0.6104	-0.4012	1.573	0.0119	-0.7659	0.4575	0.1588	-0.1926	0.3406	-0.0745	0.2389	0.0555	0.0515	0.4717	0.1	0.2777	20.5868	82.4686	2.6034
17	5.7352	0.7078	-0.4213	0.8575	0.2487	1.4498	0.1192	-0.1057	-0.3236	-0.0716	-0.2272	0.0634	0.1745	0.0267	0.0016	0.3016	0.0568	-0.0462	0.156	0.0435	0.2708	7.0537	75.0317	13.0395
18	2.4197	1.331	2.346	3.7924	0.795	2.9233	0.2708	-0.0872	-0.7414	0.0004	-0.0047	-0.674	0.0878	0.1428	-0.1485	0.3093	0.1171	0.1011	0.4838	0.1604	0.3244	29.8293	78.5021	8.0625
19	7.9161	-1.0026	0.3081	3.421	0.7283	2.5859	-0.2645	-0.6803	1.5465	0.3837	0.128	-0.0031	0.1096	0.0185	-0.0634	0.2027	-0.011	0.0543	0.2865	-0.0129	0.2937	20.9162	86.8297	17.216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 69 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 79 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 85 through 105 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 106 through 120 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 121 through 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 132 through 143 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 18 through 26 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 27 through 49 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 50 through 68 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 79 through 84 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 85 through 94 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 95 through 120 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 121 through 131 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 132 through 142 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 18 through 26 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 27 through 38 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 39 through 49 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 50 through 68 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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