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- PDB-6n0m: CRYSTAL STRUCTURE OF SESTRIN2 IN COMPLEX WITH NV-0005138 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n0m
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SESTRIN2 IN COMPLEX WITH NV-0005138
要素Sestrin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / MTOR / LEUCINE / AMINO-ACID / SENSING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to reactive oxygen species / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / sulfiredoxin activity / cellular oxidant detoxification / L-leucine binding / Atg1/ULK1 kinase complex / cellular response to leucine starvation / regulation of TORC1 signaling / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / PH domain binding ...regulation of response to reactive oxygen species / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / sulfiredoxin activity / cellular oxidant detoxification / L-leucine binding / Atg1/ULK1 kinase complex / cellular response to leucine starvation / regulation of TORC1 signaling / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / PH domain binding / TORC2 complex / mitochondrial DNA metabolic process / nucleotide-activated protein kinase complex / cellular response to L-leucine / Amino acids regulate mTORC1 / triglyceride homeostasis / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of lipophagy / regulation of gluconeogenesis / fatty acid beta-oxidation / glucose import / positive regulation of macroautophagy / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / cellular response to glucose starvation / response to glucose / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of TORC1 signaling / protein sequestering activity / cellular response to amino acid starvation / reactive oxygen species metabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to amino acid stimulus / regulation of protein phosphorylation / response to insulin / negative regulation of cell growth / positive regulation of protein localization to nucleus / peroxidase activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / glucose homeostasis / cellular response to oxidative stress / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lysosomal membrane / protein-containing complex binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sestrin / PA26 p53-induced protein (sestrin) / AhpD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(difluoromethyl)-L-leucine / Sestrin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者O'Neill, D.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Discovery of NV-5138, the first selective Brain mTORC1 activator.
著者: Sengupta, S. / Giaime, E. / Narayan, S. / Hahm, S. / Howell, J. / O'Neill, D. / Vlasuk, G.P. / Saiah, E.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sestrin-2
B: Sestrin-2
C: Sestrin-2
D: Sestrin-2
E: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,20010
ポリマ－237,2945
非ポリマー9065
水00
1
A: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6402
ポリマ－47,4591
非ポリマー1811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6402
ポリマ－47,4591
非ポリマー1811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6402
ポリマ－47,4591
非ポリマー1811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6402
ポリマ－47,4591
非ポリマー1811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Sestrin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6402
ポリマ－47,4591
非ポリマー1811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)290.410, 290.410, 290.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質
Sestrin-2 / Hypoxia-induced gene


分子量: 47458.730 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SESN2, Hi95, SEST2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P58004, peroxiredoxin
#2: 化合物
ChemComp-K94 / 4-(difluoromethyl)-L-leucine


分子量: 181.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13F2NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.35M Na malonate pH 6.5, 0.1M Mes pH 6.0 / PH範囲: 6-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→48.4 Å / Num. obs: 82533 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 23 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.98→3.06 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.29 / CC1/2: 0.223 / Rrim(I) all: 0.543 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DJ4

5dj4


解像度: 3.3→48.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 21.599 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.425
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2502 3046 5 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.1869 57875 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 218.53 Å2 / Biso mean: 107.251 Å2 / Biso min: 65.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14751 0 60 0 14811
Biso mean--100.86 --
残基数----1824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01915191
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.95120589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.017332488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.39451799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15822.814725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.519152508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.80815113
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.22234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216949
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023744
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 222 -
Rwork0.349 4222 -
all-4444 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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