PDB-6n0d: Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n0d

タイトル

Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compound XZ575

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Hydrolase / fragment based drug design / anti-cancer drug design

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / single-stranded DNA binding / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.453 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compound XZ575
著者: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S.

履歴

登録	2018年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n0d.cif.gz	385.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n0d.ent.gz	314 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6dih-2 1rg1-2 6dim-1 1rh0-1 6w4r-1 1rgu-2 6w7k-1 6djd-1 1rff-2 1rgt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.058, 105.429, 193.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pDN2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-K8J / 4-fluorobenzene-1,2-dicarboxylic acid 分子量: 184.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₅FO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 180688 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.076 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 37.9
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6922 / CC_1/2: 0.738 / R_pim(I) all: 0.357 / R_rim(I) all: 0.861 / R_sym value: 0.781 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.453→37.053 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1933	2000	1.11 %
R_work	0.1669	-	-
obs	0.1672	180566	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.453→37.053 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6975	0	34	796	7805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7528
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.821	10282
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.421	4325
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1071
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1317

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4533-1.4897	0.2563	138	0.2215	12286	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4897-1.5299	0.2331	141	0.2023	12652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5299-1.575	0.2194	142	0.1878	12680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.575-1.6258	0.2149	142	0.1772	12685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6258-1.6839	0.2048	142	0.1605	12653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6839-1.7513	0.2019	142	0.1619	12674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7513-1.831	0.1681	142	0.1663	12700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.831-1.9276	0.1904	143	0.1631	12773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9276-2.0483	0.1716	143	0.1631	12734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0483-2.2065	0.1875	143	0.166	12786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2065-2.4285	0.2066	143	0.1692	12821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4285-2.7798	0.2102	145	0.1763	12929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7798-3.5018	0.1804	145	0.171	12913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5018-37.0648	0.1889	149	0.1532	13280	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9141	-0.4597	0.3253	1.1077	-0.5561	0.7868	-0.1499	-0.1011	0.3921	0.1011	-0.0207	-0.1488	-0.3048	-0.0193	0.1187	0.1935	0.0124	-0.0427	0.14	-0.0087	0.182	10.9574	6.6712	-37.0538
2	1.2245	-0.0962	0.0865	1.8248	-0.2387	1.7107	-0.0936	-0.2766	-0.005	0.188	0.105	0.2354	-0.0225	-0.3441	-0.0357	0.1191	0.0387	0.0031	0.2342	0.0079	0.1393	-3.4674	-2.9568	-35.3808
3	1.3326	-0.1029	0.3917	0.9031	-0.0404	2.7374	-0.0983	0.006	0.1836	-0.0139	-0.0075	0.0843	-0.2649	-0.2074	0.0758	0.0943	0.008	-0.0226	0.1059	0.0028	0.1379	5.4508	2.4826	-46.1556
4	1.21	-0.2846	0.4276	0.6873	-0.2966	1.2805	0.0508	0.1459	-0.0669	-0.1232	-0.0205	0.0508	0.1472	-0.0393	-0.0161	0.131	-0.0226	-0.0121	0.1244	0.0064	0.1151	6.4939	-10.4669	-52.8581
5	3.4346	0.1492	-0.3849	6.4428	-3.8131	2.717	0.1737	0.3831	-0.1873	-0.5293	-0.0221	0.1254	0.5694	0.1737	-0.194	0.2939	0.0466	0.015	0.217	-0.0364	0.2073	19.8546	-21.9853	-53.7415
6	0.9137	-0.0537	0.3463	0.3534	-0.0436	1.0943	0.0338	-0.0585	-0.0894	0.0181	-0.0187	-0.0043	0.1863	0.0322	0.0037	0.129	-0.0035	-0.0083	0.1173	0.0228	0.1233	17.8487	-15.177	-40.4641
7	1.4693	0.0217	0.1781	0.3517	-0.3328	3.6411	0.0511	-0.0835	0.0217	0.1324	-0.0574	-0.0319	-0.0905	0.1699	-0.0048	0.1202	-0.0003	-0.004	0.1733	0.0183	0.1713	24.1704	-10.3682	-34.1601
8	0.6974	0.2312	0.4461	0.3353	-0.1108	1.7152	-0.0774	0.021	0.2832	0.0523	-0.104	-0.0638	-0.4447	0.0605	0.168	0.2215	-0.0042	-0.0191	0.1975	0.0616	0.2004	4.1707	16.7781	-86.5558
9	1.2478	-0.1178	0.4351	0.9402	-0.4755	2.3556	-0.0505	0.237	0.0845	-0.0452	-0.1345	-0.2238	-0.1013	0.6025	0.0705	0.1216	-0.013	0.0151	0.328	0.1055	0.1894	17.0076	7.4679	-85.8139
10	1.0206	0.4718	0.135	1.565	0.2549	3.1614	0.0206	-0.1065	-0.2369	0.1292	-0.0523	-0.1342	0.5597	0.2157	0.0325	0.193	0.0669	0.004	0.219	0.0819	0.184	9.1689	-7.1655	-76.1453
11	1.3879	-0.1343	0.4443	0.801	0.1329	2.4113	0.0469	-0.1109	-0.2839	0.0143	0.0246	0.0436	0.5861	-0.3344	-0.0543	0.2389	-0.0514	0.0162	0.2288	0.031	0.1868	-6.2261	-9.5652	-88.2923
12	1.0394	0.0799	0.3765	0.4312	-0.2164	2.2337	0.028	0.0579	-0.179	-0.0822	-0.0249	-0.0434	0.3647	-0.0793	0.0068	0.1709	0.0111	0.0225	0.174	0.0227	0.1524	-1.1777	-5.4022	-90.2752
13	1.0378	0.2655	-0.3581	0.603	-1.1325	4.3252	-0.022	0.0448	-0.0126	-0.0639	0.0318	0.0452	-0.0848	-0.3083	-0.0409	0.1273	0.0088	0.0004	0.2667	0.011	0.1689	-8.4048	2.1992	-96.5959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 202 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 280 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 281 through 318 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 319 through 407 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 408 through 436 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 437 through 548 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 549 through 607 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 162 through 202 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 203 through 344 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 345 through 382 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 383 through 452 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 453 through 548 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 549 through 607 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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