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- PDB-6mxt: Crystal structure of human beta2 adrenergic receptor bound to sal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mxt
タイトルCrystal structure of human beta2 adrenergic receptor bound to salmeterol and Nb71
要素
  • Endolysin, Beta-2 adrenergic receptor chimera
  • nanobody Nb71
キーワードSIGNALING PROTEIN/HORMONE / G protein-coupled receptor / adrenergic receptor / asthma drug / active conformation / nanobody / SIGNALING PROTEIN-HORMONE complex / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of autophagosome maturation / heat generation / norepinephrine binding / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy ...positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of autophagosome maturation / heat generation / norepinephrine binding / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / response to psychosocial stress / adrenergic receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / diet induced thermogenesis / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / brown fat cell differentiation / neuronal dense core vesicle / viral release from host cell by cytolysis / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / response to cold / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / mitotic spindle / lysozyme activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Clathrin-mediated endocytosis / microtubule cytoskeleton / G alpha (s) signalling events / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / endosome / endosome membrane / defense response to bacterium / Ub-specific processing proteases / cilium / ciliary basal body / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme-like domain superfamily ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme-like domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
HEPTANE-1,2,3-TRIOL / salmeterol / NICKEL (II) ION / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Endolysin / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95934213525 Å
データ登録者Masureel, M. / Zou, Y. / Picard, L.P. / van der Westhuizen, E. / Mahoney, J.P. / Rodrigues, J.P.G.L.M. / Mildorf, T.J. / Dror, R.O. / Shaw, D.E. / Bouvier, M. ...Masureel, M. / Zou, Y. / Picard, L.P. / van der Westhuizen, E. / Mahoney, J.P. / Rodrigues, J.P.G.L.M. / Mildorf, T.J. / Dror, R.O. / Shaw, D.E. / Bouvier, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Sunahara, R.K. / Weis, W.I. / Zhang, C. / Kobilka, B.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5U19GM106990-05 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM128641-01 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into binding specificity, efficacy and bias of a beta2AR partial agonist.
著者: Masureel, M. / Zou, Y. / Picard, L.P. / van der Westhuizen, E. / Mahoney, J.P. / Rodrigues, J.P.G.L.M. / Mildorf, T.J. / Dror, R.O. / Shaw, D.E. / Bouvier, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / ...著者: Masureel, M. / Zou, Y. / Picard, L.P. / van der Westhuizen, E. / Mahoney, J.P. / Rodrigues, J.P.G.L.M. / Mildorf, T.J. / Dror, R.O. / Shaw, D.E. / Bouvier, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Sunahara, R.K. / Weis, W.I. / Zhang, C. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2018年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年11月14日ID: 6CSY
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin, Beta-2 adrenergic receptor chimera
N: nanobody Nb71
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,73111
ポリマ－67,0022
非ポリマー1,7309
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.682, 52.589, 125.917
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 123.859, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AN

#1: タンパク質 Endolysin, Beta-2 adrenergic receptor chimera / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor


分子量: 53528.066 Da / 分子数: 1
断片: chimera of T4 lysozyme fused to human beta2 adrenergic receptor (UNP residues 29-234,263-365)
変異: M96T, M98T, N187E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: e, T4Tp126, ADRB2, ADRB2R, B2AR / プラスミド: pVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: P07550, UniProt: P00720*PLUS, lysozyme
#2: 抗体 nanobody Nb71


分子量: 13473.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 8種, 29分子

#3: 化合物 ChemComp-K5Y / salmeterol / 2-(hydroxymethyl)-4-[(1R)-1-hydroxy-2-{[6-(4-phenylbutoxy)hexyl]amino}ethyl]phenol / (R)-サルメテロ-ル


分子量: 415.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H37NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アゴニスト*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#8: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#9: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.64 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: 31-34% PEG400, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1% 1,2,3-heptanetriol

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月18日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 18742 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 52.7347764892 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 1.52
反射 シェル解像度: 2.95→3.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 1012 / Χ2: 7.5 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-20001.9_1692データ収集
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4GBR & 4LDE

4gbr

4lde


解像度: 2.95934213525→28.5196106168 Å / SU ML: 0.402084390742 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38231122584 / 位相誤差: 24.3772282005
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24486451981 1135 6.05591719133 %
Rwork0.204625198648 --
obs0.207099158562 18742 90.7558955983 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.7137652891 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95934213525→28.5196106168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4539 0 111 20 4670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001949980790854768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5707627610766443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0213092559887723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00270009590516797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.72955989381731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9593-3.09390.3385902513671070.2952837919271554X-RAY DIFFRACTION65.0607128868
3.0939-3.25680.3026209288811340.2799352545432127X-RAY DIFFRACTION89.085894405
3.2568-3.46050.3171605210181450.2579550973322234X-RAY DIFFRACTION93.0387172468
3.4605-3.72710.2520696961931490.2221268483532320X-RAY DIFFRACTION95.6976744186
3.7271-4.10120.2563665686691460.1997028631182327X-RAY DIFFRACTION96.2256809339
4.1012-4.69240.2115281182551500.1776583891152341X-RAY DIFFRACTION96.6252909232
4.6924-5.90330.2165169884771520.1824608738052347X-RAY DIFFRACTION96.2634822804
5.9033-28.52090.2082526205241520.1692108568852357X-RAY DIFFRACTION93.6543486376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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