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- PDB-6mom: Crystal structure of human Interleukin-1 receptor associated Kina... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6mom
タイトルCrystal structure of human Interleukin-1 receptor associated Kinase 4 (IRAK 4, CID 100300) in complex with compound NCC00371481 (BSI 107591)
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Interleukin-1 receptor associated Kinase 4 / CID 100300 / NCC00371481 / BSI 107591 / Beryllium / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / Death-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / Death-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JX4 / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Starczynowski, D. / Hoyt, S. / Tawa, G. / Thomas, C.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: Overcoming adaptive therapy resistance in AML by targeting immune response pathways.
著者: Melgar, K. / Walker, M.M. / Jones, L.M. / Bolanos, L.C. / Hueneman, K. / Wunderlich, M. / Jiang, J.K. / Wilson, K.M. / Zhang, X. / Sutter, P. / Wang, A. / Xu, X. / Choi, K. / Tawa, G. / ...著者: Melgar, K. / Walker, M.M. / Jones, L.M. / Bolanos, L.C. / Hueneman, K. / Wunderlich, M. / Jiang, J.K. / Wilson, K.M. / Zhang, X. / Sutter, P. / Wang, A. / Xu, X. / Choi, K. / Tawa, G. / Lorimer, D. / Abendroth, J. / O'Brien, E. / Hoyt, S.B. / Berman, E. / Famulare, C.A. / Mulloy, J.C. / Levine, R.L. / Perentesis, J.P. / Thomas, C.J. / Starczynowski, D.T.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,08310
ポリマ－136,4014
非ポリマー1,6826
水17,691982
1
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4902
ポリマ－34,1001
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5523
ポリマ－34,1001
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4902
ポリマ－34,1001
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5523
ポリマ－34,1001
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.290, 141.910, 87.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 164 through 166 or resid 168...
21(chain B and (resid 164 through 166 or resid 168...
31(chain C and ((resid 164 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 164 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGHISHIS(chain A and (resid 164 through 166 or resid 168...AA164 - 1667 - 9
12PHEPHEPHEPHE(chain A and (resid 164 through 166 or resid 168...AA168 - 17011 - 13
13ARGARGJX4JX4(chain A and (resid 164 through 166 or resid 168...AA - E164 - 5007
14ARGARGJX4JX4(chain A and (resid 164 through 166 or resid 168...AA - E164 - 5007
15ARGARGJX4JX4(chain A and (resid 164 through 166 or resid 168...AA - E164 - 5007
16ARGARGJX4JX4(chain A and (resid 164 through 166 or resid 168...AA - E164 - 5007
17ARGARGJX4JX4(chain A and (resid 164 through 166 or resid 168...AA - E164 - 5007
18ARGARGJX4JX4(chain A and (resid 164 through 166 or resid 168...AA - E164 - 5007
19ARGARGJX4JX4(chain A and (resid 164 through 166 or resid 168...AA - E164 - 5007
21ARGARGHISHIS(chain B and (resid 164 through 166 or resid 168...BB164 - 1667 - 9
22PHEPHEPHEPHE(chain B and (resid 164 through 166 or resid 168...BB168 - 17011 - 13
23TYRTYRTYRTYR(chain B and (resid 164 through 166 or resid 168...BB17114
24ARGARGALAALA(chain B and (resid 164 through 166 or resid 168...BB164 - 4597 - 302
25ARGARGALAALA(chain B and (resid 164 through 166 or resid 168...BB164 - 4597 - 302
26ARGARGALAALA(chain B and (resid 164 through 166 or resid 168...BB164 - 4597 - 302
27ARGARGALAALA(chain B and (resid 164 through 166 or resid 168...BB164 - 4597 - 302
31ARGARGARGARG(chain C and ((resid 164 and (name N or name...CC1647
32THRTHRSERSER(chain C and ((resid 164 and (name N or name...CC163 - 4606 - 303
33THRTHRSERSER(chain C and ((resid 164 and (name N or name...CC163 - 4606 - 303
34THRTHRSERSER(chain C and ((resid 164 and (name N or name...CC163 - 4606 - 303
35THRTHRSERSER(chain C and ((resid 164 and (name N or name...CC163 - 4606 - 303
41ARGARGARGARG(chain D and ((resid 164 and (name N or name...DD1647
42ARGARGALAALA(chain D and ((resid 164 and (name N or name...DD164 - 4597 - 302
43ARGARGALAALA(chain D and ((resid 164 and (name N or name...DD164 - 4597 - 302
44ARGARGALAALA(chain D and ((resid 164 and (name N or name...DD164 - 4597 - 302
45ARGARGALAALA(chain D and ((resid 164 and (name N or name...DD164 - 4597 - 302

-
要素

#1: タンパク質
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 34100.320 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 160-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 / プラスミド: CID100300 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-JX4 / 6-[7-methoxy-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl]-N-[(3R)-pyrrolidin-3-yl]pyridin-2-amine


分子量: 389.454 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 982 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 9.5 mg/ml IRAK4 (CID100300, Batch BOS047020B) in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM DTT, with 1 mM BSI107659 (NCGC00371481) in DMSO, crystallization condition: Microlytic screen MCSG1, E10: 0.2 M ...詳細: 9.5 mg/ml IRAK4 (CID100300, Batch BOS047020B) in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM DTT, with 1 mM BSI107659 (NCGC00371481) in DMSO, crystallization condition: Microlytic screen MCSG1, E10: 0.2 M ammonium tartrate dibasic, 20% PEG3350, cryoprotectant: 20% ethylene glycol with 1 mM compound, tray 286446 e10, puck: xvc2-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月21日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.729 Å / Num. obs: 79032 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.47 % / Biso Wilson estimate: 24.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 15.89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.156.5680.4335.156940.9230.4796.2
2.15-2.217.4530.3826.2556240.9490.4198.5
2.21-2.287.4670.3516.7154830.9610.37798.7
2.28-2.357.4490.3027.4853500.9760.32498.8
2.35-2.427.4850.2678.3952310.9790.28798.9
2.42-2.517.4810.2169.850150.9860.23299.2
2.51-2.67.5190.2119.949140.9870.22799.1
2.6-2.717.5550.1711.4146440.9920.18299.3
2.71-2.837.590.14312.645460.9940.15399.5
2.83-2.977.5980.12114.0842880.9960.1399.6
2.97-3.137.6180.09716.3941000.9970.10499.6
3.13-3.327.6280.08419.0939020.9980.0999.4
3.32-3.557.6420.06525.6336720.9980.06999.5
3.55-3.837.6070.05531.8434060.9980.05999.5
3.83-4.27.6270.04735.6331380.9990.05199.3
4.2-4.77.4470.04536.828200.9990.04999.3
4.7-5.427.5880.04733.8525150.9990.05199.4
5.42-6.647.6470.05528.921260.9990.05999
6.64-9.397.6260.0433.8316480.9990.04399
9.39-45.7297.3090.02843.839160.9990.0396.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NRU as per Morda

2nru


解像度: 2.1→45.729 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2066 2041 2.58 %0
Rwork0.1672 ---
obs0.1682 78992 99.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.61 Å2 / Biso mean: 32.1855 Å2 / Biso min: 6.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→45.729 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8976 0 124 1011 10111
Biso mean--20.38 37.24 -
残基数----1166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92112957
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1515814
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4558X-RAY DIFFRACTION9.601TORSIONAL
12B4558X-RAY DIFFRACTION9.601TORSIONAL
13C4558X-RAY DIFFRACTION9.601TORSIONAL
14D4558X-RAY DIFFRACTION9.601TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.14890.26821290.2014962509196
2.1489-2.20260.24061290.18885096522599
2.2026-2.26210.2631440.18875081522599
2.2621-2.32870.23061470.18115047519499
2.3287-2.40390.20881470.1775101524899
2.4039-2.48980.211440.17145136528099
2.4898-2.58950.24741520.181851065258100
2.5895-2.70730.23231380.180251315269100
2.7073-2.850.24721250.183151685293100
2.85-3.02850.22431270.171651805307100
3.0285-3.26230.20091370.171851655302100
3.2623-3.59050.21361100.155251835293100
3.5905-4.10980.18031450.139751765321100
4.1098-5.17670.15121310.141451895320100
5.1767-45.73940.19171360.18195230536699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.889-0.13231.69793.64710.29713.8498-0.24540.24440.2468-0.33620.19780.1324-0.281-0.0710.01730.2556-0.0547-0.02840.1964-0.00930.140725.6839.5187-18.8638
21.92590.9078-0.13752.3237-0.34561.9181-0.02220.07010.0355-0.04820.0601-0.1664-0.2670.1726-0.03330.1776-0.02230.00570.14550.00910.120439.557319.4755-1.1777
32.5438-0.69330.90710.9042-0.77842.002-0.0604-0.29180.05950.21660.08380.0469-0.1192-0.0629-0.02420.17360.0030.01840.1107-0.01910.148622.01289.868435.6094
42.0046-0.7332-0.26112.89160.66072.9609-0.00290.01450.0674-0.02180.04520.2609-0.4792-0.358-0.01060.22050.07070.01340.18720.01680.1949.588322.896522.6402
55.2514-0.81630.54750.60210.16691.4177-0.04330.0049-0.22650.0341-0.01360.1758-0.1252-0.33510.05770.17470.0091-0.01320.19640.01820.2228-8.5616-9.687732.3099
62.08820.4925-0.34312.8064-0.78912.4467-0.0453-0.1324-0.17510.20780.0089-0.00060.02630.03390.03560.1199-0.0113-0.00270.14460.02550.13629.6958-20.799542.1993
74.6250.3155-0.12083.52790.43374.8775-0.0608-0.2241-0.18660.15710.0825-0.04320.14260.1697-0.01140.11840.0173-0.0420.1461-0.00670.124645.527-8.740320.4668
82.01260.2457-0.09551.65990.47611.271-0.13110.2815-0.2515-0.19180.0905-0.04760.11860.00540.03790.1724-0.01470.0080.1596-0.02840.125928.4748-17.57746.3805
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 164 through 258 )A164 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 259 through 460 )A259 - 460
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 164 through 324 )B164 - 324
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 325 through 459 )B325 - 459
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 163 through 284 )C163 - 284
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 285 through 460 )C285 - 460
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 164 through 222 )D164 - 222
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 223 through 459 )D223 - 459

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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