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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mhm
タイトルCrystal structure of human acid ceramidase in covalent complex with carmofur
要素(Acid ceramidase subunit ...) x 2
キーワードHYDROLASE / acid ceramidase / acid ceramidase inhibitors / benzoxazolone carboxamides / carmofur
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of programmed necrotic cell death / : / Glycosphingolipid metabolism / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / : / ceramide catabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / regulation of steroid biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides ...regulation of programmed necrotic cell death / : / Glycosphingolipid metabolism / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / : / ceramide catabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / regulation of steroid biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / sphingosine biosynthetic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / ceramide biosynthetic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / keratinocyte differentiation / lysosomal lumen / fatty acid metabolic process / nuclear receptor binding / transcription corepressor activity / tertiary granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Acid ceramidase-like / Acid ceramidase, N-terminal / beta subunit of N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / hexylcarbamic acid / Acid ceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.743 Å
データ登録者Dementiev, A. / Joachimiak, A. / Doan, N.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Molecular Mechanism of Inhibition of Acid Ceramidase by Carmofur.
著者: Dementiev, A. / Joachimiak, A. / Nguyen, H. / Gorelik, A. / Illes, K. / Shabani, S. / Gelsomino, M. / Ahn, E.E. / Nagar, B. / Doan, N.
履歴
登録2018年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid ceramidase subunit alpha
B: Acid ceramidase subunit beta
C: Acid ceramidase subunit alpha
D: Acid ceramidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,45226
ポリマ－88,1454
非ポリマー4,30722
水1,42379
1
A: Acid ceramidase subunit alpha
B: Acid ceramidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,06712
ポリマ－44,0732
非ポリマー1,99510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Acid ceramidase subunit alpha
D: Acid ceramidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,38514
ポリマ－44,0732
非ポリマー2,31212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.718, 68.650, 98.386
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Acid ceramidase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Acid ceramidase subunit alpha / Acid CDase / Acylsphingosine deacylase / N-acylsphingosine amidohydrolase / Putative 32 kDa heart ...Acid CDase / Acylsphingosine deacylase / N-acylsphingosine amidohydrolase / Putative 32 kDa heart protein / PHP32


分子量: 15079.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASAH1, ASAH, HSD-33, HSD33 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q13510, ceramidase
#2: タンパク質 Acid ceramidase subunit beta / Acid CDase / Acylsphingosine deacylase / N-acylsphingosine amidohydrolase / Putative 32 kDa heart ...Acid CDase / Acylsphingosine deacylase / N-acylsphingosine amidohydrolase / Putative 32 kDa heart protein / PHP32


分子量: 28993.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASAH1, ASAH, HSD-33, HSD33 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q13510, ceramidase

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糖 , 3種, 7分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 94分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-JRY / hexylcarbamic acid / ヘキシルカルバミド酸


分子量: 145.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H15NO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 0.2 M sodium-phosphate-citrate, pH 4.3, 0.275 M lithium sulfate, and 18% polyethylene glycol 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→50 Å / Num. obs: 23259 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 53.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 1.687 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.74-2.7940.6811860.7230.3830.7841.14999.9
2.79-2.844.30.61111230.7720.330.6971.227100
2.84-2.894.50.47811550.8130.2510.5421.269100
2.89-2.954.80.48411520.8380.2460.5441.34100
2.95-3.025.20.411450.8990.1960.4471.298100
3.02-3.0950.34211500.9290.1690.3831.362100
3.09-3.165.10.26811730.9550.1320.2991.443100
3.16-3.255.10.22611560.9610.110.2511.468100
3.25-3.345.10.19611420.9720.0960.2191.573100
3.34-3.455.10.16811460.9750.0820.1871.7100
3.45-3.585.10.15211570.9790.0740.1691.735100
3.58-3.725.10.11911620.9880.0580.1331.766100
3.72-3.895.10.10111630.990.0490.1131.928100
3.89-4.095.10.09111730.9930.0440.1011.919100
4.09-4.355.10.08111580.9930.0390.091.964100
4.35-4.6850.0711830.9950.0330.0772.159100
4.68-5.1650.06811570.9960.0330.0761.894100
5.16-5.950.07111810.9950.0340.0791.835100
5.9-7.4350.07111840.9950.0340.0791.897100
7.43-504.70.05912130.9930.030.0672.53899.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U7Z

5u7z


解像度: 2.743→48.647 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 2000 8.6 %
Rwork0.2141 --
obs0.2182 23252 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 113.8 Å2 / Biso mean: 51.0869 Å2 / Biso min: 20.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.743→48.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5864 0 265 79 6208
Biso mean--69.9 45.25 -
残基数----734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0068568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046967
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041060
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6843630
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7435-2.84150.36711940.29572059225398
2.8415-2.95530.34841990.267321172316100
2.9553-3.08970.3411990.280721162315100
3.0897-3.25260.28222000.237621252325100
3.2526-3.45630.30071980.220121002298100
3.4563-3.72310.28111990.213821192318100
3.7231-4.09760.25312010.187521382339100
4.0976-4.69010.22822020.177421432345100
4.6901-5.90740.23422010.192921362337100
5.9074-48.65510.22092070.223721992406100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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