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- PDB-6m4p: Cytochrome P450 monooxygenase StvP2 substrate-bound structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m4p
タイトルCytochrome P450 monooxygenase StvP2 substrate-bound structure
要素Cytochrome P450
キーワードANTIBIOTIC / P450 Anti-MRSA Streptovaricin C Methylenedioxy Bridge StvP2 substrate-bound structure
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
6-methoxy-streptovaricin C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces spectabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sun, G. / Hu, C. / Mei, Q. / Luo, M. / Chen, X. / Li, Z. / Liu, Y. / Deng, Z. / Zhang, Z. / Sun, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0903200 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800052 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Uncovering the cytochrome P450-catalyzed methylenedioxy bridge formation in streptovaricins biosynthesis.
著者: Sun, G. / Hu, C. / Mei, Q. / Luo, M. / Chen, X. / Li, Z. / Liu, Y. / Deng, Z. / Zhang, Z. / Sun, Y.
履歴
登録2020年3月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4796
ポリマ－87,7032
非ポリマー2,7774
水5,423301
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2403
ポリマ－43,8511
非ポリマー1,3882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2403
ポリマ－43,8511
非ポリマー1,3882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.638, 87.254, 78.789
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.281, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 43851.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces spectabilis (バクテリア)
遺伝子: stvP2 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A286SBY7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-F4O / 6-methoxy-streptovaricin C


分子量: 771.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H53NO14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Salt: 0.17M Ammonium acetate Buffer: 0.085M Sodium citrate tribasic dihydrate pH5.6 Precipitant: 24%w/v polyethylene glycol 4000 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9879 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.78 Å / Num. obs: 34238 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 36.06 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1197 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.1304 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6053 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Num. unique obs: 3425 / CC1/2: 0.841 / CC star: 0.956 / Rpim(I) all: 0.2528 / Rrim(I) all: 0.657 / % possible all: 99.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OQR

4oqr


解像度: 2.3→19.78 Å / SU ML: 0.3326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3308
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2691 1594 4.66 %
Rwork0.2216 32583 -
obs0.2238 34177 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5753 0 196 301 6250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00366114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90868361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0672913
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00781088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2358942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.29531330.26033020X-RAY DIFFRACTION99.97
2.37-2.460.29721480.25672924X-RAY DIFFRACTION99.93
2.46-2.560.3281560.25962973X-RAY DIFFRACTION99.94
2.56-2.670.33341280.26442971X-RAY DIFFRACTION99.87
2.67-2.810.29861470.26592942X-RAY DIFFRACTION98.91
2.81-2.990.3862990.27092955X-RAY DIFFRACTION99.67
2.99-3.220.32551400.24712973X-RAY DIFFRACTION99.49
3.22-3.540.28661910.22972915X-RAY DIFFRACTION99.36
3.54-4.050.2381600.19662929X-RAY DIFFRACTION98.75
4.05-5.090.22751580.18362970X-RAY DIFFRACTION99.3
5.09-19.780.22331340.19563011X-RAY DIFFRACTION98.62
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.3988174199 Å / Origin y: -23.6072669003 Å / Origin z: -14.1945579312 Å
111213212223313233
T0.269433255628 Å20.0267952315226 Å2-0.00279906914427 Å2-0.270225537916 Å20.0106581994617 Å2--0.250145638761 Å2
L0.543779446248 °20.331874674431 °2-0.00877008632752 °2-0.439547928505 °20.028572733776 °2--0.135999780009 °2
S0.0163006326001 Å °0.0107324253372 Å °-0.00784637691657 Å °-0.000723774852482 Å °0.00349206920946 Å °0.00444657954441 Å °0.00230868770065 Å °-0.0123583250356 Å °-0.0206025683032 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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