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万見
- PDB-6m1j: The DNA Gyrase B ATP binding domain of PSEUDOMONAS AERUGINOSA in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m1j
タイトルThe DNA Gyrase B ATP binding domain of PSEUDOMONAS AERUGINOSA in complex with compound 12x
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE / DNA GYRASE / TOPOISOMERASE / ATPASE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 ...: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EZ6 / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Xu, Z.H. / Zhou, Z.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Pyrido[2,3-b]indole Derivatives with Gram-Negative Activity Targeting Both DNA Gyrase and Topoisomerase IV.
著者: Hu, Y. / Shi, H. / Zhou, M. / Ren, Q. / Zhu, W. / Zhang, W. / Zhang, Z. / Zhou, C. / Liu, Y. / Ding, X. / Shen, H.C. / Yan, S.F. / Dey, F. / Wu, W. / Zhai, G. / Zhou, Z. / Xu, Z. / Ji, Y. / ...著者: Hu, Y. / Shi, H. / Zhou, M. / Ren, Q. / Zhu, W. / Zhang, W. / Zhang, Z. / Zhou, C. / Liu, Y. / Ding, X. / Shen, H.C. / Yan, S.F. / Dey, F. / Wu, W. / Zhai, G. / Zhou, Z. / Xu, Z. / Ji, Y. / Lv, H. / Jiang, T. / Wang, W. / Xu, Y. / Vercruysse, M. / Yao, X. / Mao, Y. / Yu, X. / Bradley, K. / Tan, X.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2749
ポリマ－47,8802
非ポリマー1,3947
水6,215345
1
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7446
ポリマ－23,9401
非ポリマー8055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
2
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5293
ポリマ－23,9401
非ポリマー5902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.216, 160.743, 41.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-533-

HOH

21A-607-

HOH

31B-512-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...
21(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A17 - 21
121(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A23
131(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A25 - 39
141(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A4136
151(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A0
161(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A119 - 136
171(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A17 - 221
181(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A144 - 1521
191(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A194 - 192
1101(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A17 - 221
1111(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A17 - 221
1121(chain A and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...A197 - 221
211(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...B17 - 21
221(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...B23
231(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...B25 - 39
241(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...B41 - 83
251(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...B119 - 13642
261(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...B144 - 152
271(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...B155 - 160
281(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...B162 - 192
291(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...B194 - 195
2101(chain B and (resseq 17:21 or resseq 23 or resseq...B197 - 221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 23939.787 Da / 分子数: 2 / 断片: ATP binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: gyrB, PA0004 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9I7C2, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

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非ポリマー , 5種, 352分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EZ6 / 1-[5-[6-fluoranyl-8-(methylamino)-4-[3-(trifluoromethyl)pyrazol-1-yl]-9H-pyrido[2,3-b]indol-3-yl]pyrimidin-2-yl]cyclopropane-1-carboxylic acid


分子量: 511.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H17F4N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 38.00%w/v PEG 3350, 200.00mM LiSO4, 100.00mM Sodium citrate (pH 5.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.9265 Å / Num. obs: 50537 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 17.41 Å2 / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 11.59
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 2578 / CC1/2: 0.536

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KFG

4kfg


解像度: 1.701→35.919 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 2461 4.87 %
Rwork0.1922 --
obs0.1939 50518 93.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.28 Å2 / Biso mean: 27.0785 Å2 / Biso min: 6.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.701→35.919 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2941 0 93 345 3379
Biso mean--26.3 36.68 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093141
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9224270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.1581806
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1501X-RAY DIFFRACTION10.654TORSIONAL
12B1501X-RAY DIFFRACTION10.654TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7013-1.7340.30161290.2843272496
1.734-1.76940.31191530.2746267697
1.7694-1.80790.30811370.2605273297
1.8079-1.84990.31811600.2604266796
1.8499-1.89620.28531610.2324270896
1.8962-1.94740.24891190.215269696
1.9474-2.00470.24181220.1996270795
2.0047-2.06940.22141410.1895270396
2.0694-2.14340.21251380.1846267195
2.1434-2.22920.24291420.1905267095
2.2292-2.33060.231490.1866264194
2.3306-2.45350.21421500.1828265594
2.4535-2.60720.25561370.1864264993
2.6072-2.80840.20591050.1837265592
2.8084-3.09090.22821070.1887265891
3.0909-3.53780.21341440.1741258390
3.5378-4.45590.18311390.1607261090
4.4559-35.9190.22721280.1911265286
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3724-0.19610.10020.81950.16331.89430.05220.0055-0.0221-0.02880.0155-0.0720.0208-0.0052-0.05080.09630.0050.00010.0575-0.02010.088418.996363.773150.6117
22.6315-0.99140.9321.8565-0.1221.275-0.124-0.3907-0.04150.10590.11120.0051-0.0189-0.0130.02050.15330.0277-0.02860.2331-0.00340.182319.111827.462348.1139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A17 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B17 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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