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万見
- PDB-6lo2: Crystal structure of EED in complex with EZH2 peptide and compound 11# -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lo2
タイトルCrystal structure of EED in complex with EZH2 peptide and compound 11#
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
  • Polycomb protein EED
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / HTS HIT OPTIMIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / histone H3K27 trimethyltransferase activity / primary miRNA binding / histone H3K27 methyltransferase activity / sex chromatin / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / facultative heterochromatin formation ...regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / histone H3K27 trimethyltransferase activity / primary miRNA binding / histone H3K27 methyltransferase activity / sex chromatin / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / facultative heterochromatin formation / ESC/E(Z) complex / protein-lysine N-methyltransferase activity / chromatin silencing complex / pronucleus / positive regulation of dendrite development / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / histone H3 methyltransferase activity / spinal cord development / histone methyltransferase activity / synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of gene expression, epigenetic / positive regulation of MAP kinase activity / lncRNA binding / Transcriptional Regulation by E2F6 / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / ribonucleoprotein complex binding / pericentric heterochromatin / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / B cell differentiation / nucleosome binding / heterochromatin / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / hippocampus development / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / promoter-specific chromatin binding / chromatin DNA binding / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / PKMTs methylate histone lysines / regulation of circadian rhythm / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / enzyme activator activity / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / response to estradiol / Regulation of PD-L1(CD274) transcription / rhythmic process / chromosome / methylation / heterochromatin formation / histone binding / Oxidative Stress Induced Senescence / chromatin organization / chromosome, telomeric region / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / synapse / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA-templated transcription / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
EZH2, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain ...EZH2, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain profile. / SET domain superfamily / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EJU / Polycomb protein EED / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Zhao, K. / Zhao, M. / Luo, X. / Zhang, H. / Chen, Z.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of EED in complex with EZH2 peptide and cmpd20
著者: Zhao, K. / Zhao, M. / Luo, X. / Zhang, H.
履歴
登録2020年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
B: Polycomb protein EED
C: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
D: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7326
ポリマ－91,9574
非ポリマー7752
水5,855325
1
A: Polycomb protein EED
C: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3663
ポリマ－45,9782
非ポリマー3871
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16180 Å2
手法PISA
2
B: Polycomb protein EED
D: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3663
ポリマ－45,9782
非ポリマー3871
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.310, 178.180, 50.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42356.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / ENX-1 / Enhancer of zeste homolog 2 / Lysine N-methyltransferase 6


分子量: 3622.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15910
#3: 化合物 ChemComp-EJU / 8-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-N-[(2-methoxyphenyl)methyl]-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-5-amine


分子量: 387.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.0, 15.6% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→178.18 Å / Num. obs: 43322 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 31.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.21→2.21 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 400 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QXV

2qxv


解像度: 2.21→89.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9299 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8904 / SU R Cruickshank DPI: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.269 / SU Rfree Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.202
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 2164 5.03 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.1826 43053 99.93 %-
原子変位パラメータBiso max: 120.15 Å2 / Biso mean: 29.69 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0729 Å20 Å20 Å2
2--2.4059 Å20 Å2
3---5.667 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.237 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→89.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6346 0 58 325 6729
Biso mean--24.39 35.16 -
残基数----779
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2308SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes169HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes939HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6564HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion830SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7537SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6564HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8876HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.23
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.27 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 146 4.71 %
Rwork0.1929 2955 -
all0.1951 3101 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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