PDB-6lip: Crystal structure of NDM-1 in complex with D-captopril derivative...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lip

タイトル

Crystal structure of NDM-1 in complex with D-captopril derivative wss0218

要素

Metallo-beta-lactamase type 2

キーワード

HYDROLASE / NDM-1 / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistent / inhibitor / thio compounds / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.98 Å

データ登録者

Zhang, H. / Ma, G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-guided optimization of D-captopril for discovery of potent NDM-1 inhibitors.
著者: Ma, G. / Wang, S. / Wu, K. / Zhang, W. / Ahmad, A. / Hao, Q. / Lei, X. / Zhang, H.

履歴

登録	2019年12月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lip.cif.gz	121.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lip.ent.gz	90.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lip.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lip_validation.pdf.gz	841.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lip_full_validation.pdf.gz	842.2 KB	表示
XML形式データ	6lip_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	6lip_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6lip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6lip	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lizC 6lj0C 6lj1C 6lj2C 6lj4C 6lj5C 6lj6C 6lj7C 6lj8C 5xp6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u4l-2 4tzb-d 5zjc-d 4hky-1 5zgz-d 6d1g-d 1ia1-1 5ypm-3 6q2y-2 5ypm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.732, 59.908, 42.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.370, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1 分子量: 25631.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pRHisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EEL / (2R)-1-[3-sulfanyl-2-(sulfanylmethyl)propanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid 分子量: 249.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅NO₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.87 % / Mosaicity: 0.261 ° / Mosaicity esd: 0.003 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH5.5, 15% PEG 3350, 20mM L-proline

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97914 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月17日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97914 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.98→50 Å / Num. obs: 113420 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.844 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 819276

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
0.98-1.02	5.6	0.603	9544	0.791	0.275	0.665	0.764	81
1.02-1.06	7.2	0.383	11194	0.926	0.153	0.413	0.892	95.1
1.06-1.1	7.3	0.224	11306	0.972	0.089	0.242	0.929	95.8
1.1-1.16	7.3	0.146	11358	0.986	0.058	0.157	0.933	96.4
1.16-1.23	7.4	0.109	11451	0.991	0.043	0.117	0.857	97.2
1.23-1.33	7.4	0.081	11528	0.994	0.032	0.087	0.727	97.8
1.33-1.46	7.4	0.068	11646	0.995	0.027	0.073	0.729	98.6
1.46-1.68	7.5	0.069	11722	0.994	0.027	0.074	1.071	99.3
1.68-2.11	7.4	0.044	11843	0.997	0.017	0.048	0.687	99.8
2.11-50	7.5	0.062	11828	0.99	0.025	0.067	0.833	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0222	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XP6

5xp6

解像度: 0.98→27.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 0.557 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.021
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1443	5472	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1251	-	-	-
obs	0.1261	106562	94.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.09 Å² / B_iso mean: 20.823 Å² / B_iso min: 12.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	-0.57 Å²
2-	-	-0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 0.98→27.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1701	0	17	375	2093
B_iso mean	-	-	19.8	34.49	-
残基数	-	-	-	-	229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.015	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.766	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.405	1.762	3848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.797	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.888	22.346	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.464	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.415	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.171	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	340
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.666	3	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	22.242	5	237
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.952	5	3565

LS精密化シェル

解像度: 0.98→1.005 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	265	-
R_work	0.35	5230	-
all	-	5495	-
obs	-	-	62.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1299	0.2565	-0.334	3.2202	0.2554	1.0431	0.0208	-0.0939	0.0896	0.1134	-0.019	0.1523	-0.0304	0.0021	-0.0018	0.0617	-0.0131	0.0287	0.1169	-0.0139	0.0416	14.9605	5.4967	20.2804
2	0.4186	-0.0145	-0.1869	0.9218	0.103	0.7456	0.0025	-0.0181	-0.014	-0.0238	-0.0419	0.0284	0.0087	-0.0124	0.0393	0.0326	0.0028	0.02	0.0805	-0.0016	0.0294	16.928	-1.9565	7.685
3	2.0108	-0.4018	-0.5458	0.6748	0.4421	0.7492	0.0676	0.2823	0.0441	-0.0644	-0.0468	0.1271	-0.1181	-0.1675	-0.0208	0.019	0.0221	0.0055	0.1328	0.0042	0.0575	0.5918	4.1535	4.3271

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	217 - 270

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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