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- PDB-6lip: Crystal structure of NDM-1 in complex with D-captopril derivative... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lip
タイトルCrystal structure of NDM-1 in complex with D-captopril derivative wss0218
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE / NDM-1 / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistent / inhibitor / thio compounds / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EEL / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Zhang, H. / Ma, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670753 中国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-guided optimization of D-captopril for discovery of potent NDM-1 inhibitors.
著者: Ma, G. / Wang, S. / Wu, K. / Zhang, W. / Ahmad, A. / Hao, Q. / Lei, X. / Zhang, H.
履歴
登録2019年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0124
ポリマ－25,6321
非ポリマー3803
水6,756375
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.732, 59.908, 42.295
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 25631.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pRHisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EEL / (2R)-1-[3-sulfanyl-2-(sulfanylmethyl)propanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid


分子量: 249.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15NO3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.87 % / Mosaicity: 0.261 ° / Mosaicity esd: 0.003 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH5.5, 15% PEG 3350, 20mM L-proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月17日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→50 Å / Num. obs: 113420 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.844 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 819276
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
0.98-1.025.60.60395440.7910.2750.6650.76481
1.02-1.067.20.383111940.9260.1530.4130.89295.1
1.06-1.17.30.224113060.9720.0890.2420.92995.8
1.1-1.167.30.146113580.9860.0580.1570.93396.4
1.16-1.237.40.109114510.9910.0430.1170.85797.2
1.23-1.337.40.081115280.9940.0320.0870.72797.8
1.33-1.467.40.068116460.9950.0270.0730.72998.6
1.46-1.687.50.069117220.9940.0270.0741.07199.3
1.68-2.117.40.044118430.9970.0170.0480.68799.8
2.11-507.50.062118280.990.0250.0670.83398.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XP6

5xp6


解像度: 0.98→27.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.557 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.021
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1443 5472 4.9 %RANDOM
Rwork0.1251 ---
obs0.1261 106562 94.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.09 Å2 / Biso mean: 20.823 Å2 / Biso min: 12.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å2-0.57 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.98→27.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1701 0 17 375 2093
Biso mean--19.8 34.49 -
残基数----229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0151825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.7662491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4051.7623848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7975246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.88822.34681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.46415275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.415159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02340
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.66633467
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.2425237
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.95253565
LS精密化 シェル解像度: 0.98→1.005 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 265 -
Rwork0.35 5230 -
all-5495 -
obs--62.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12990.2565-0.3343.22020.25541.04310.0208-0.09390.08960.1134-0.0190.1523-0.03040.0021-0.00180.0617-0.01310.02870.1169-0.01390.041614.96055.496720.2804
20.4186-0.0145-0.18690.92180.1030.74560.0025-0.0181-0.014-0.0238-0.04190.02840.0087-0.01240.03930.03260.00280.020.0805-0.00160.029416.928-1.95657.685
32.0108-0.4018-0.54580.67480.44210.74920.06760.28230.0441-0.0644-0.04680.1271-0.1181-0.1675-0.02080.0190.02210.00550.13280.00420.05750.59184.15354.3271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2A71 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3A217 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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