[日本語] English
万見
- PDB-6lcs: Crystal structure of 73MuL9 Fv-clasp fragment in complex with GA-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lcs
タイトルCrystal structure of 73MuL9 Fv-clasp fragment in complex with GA-pyridine analogue
要素
  • VH-SARAH
  • VL-SARAH
キーワードIMMUNE SYSTEM / AGE / antibody fragment / fv-clasp
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-E9R / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nakamura, T. / Takagi, J. / Yamagata, Y. / Morioka, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Molecular recognition of a single-chain Fv antibody specific for GA-pyridine, an advanced glycation end-product (AGE), elucidated using biophysical techniques and synthetic antigen analogues.
著者: Kobashigawa, Y. / Ohara, T. / Morita, K. / Toyota, Y. / Nakamura, T. / Kotani, S. / Arimori, T. / Yamauchi, S. / Liu, C. / Kitazaki, M. / Wakeyama-Miyazaki, Y. / Suwa, Y. / Uchida-Kamekura, M. ...著者: Kobashigawa, Y. / Ohara, T. / Morita, K. / Toyota, Y. / Nakamura, T. / Kotani, S. / Arimori, T. / Yamauchi, S. / Liu, C. / Kitazaki, M. / Wakeyama-Miyazaki, Y. / Suwa, Y. / Uchida-Kamekura, M. / Fukuda, N. / Sato, T. / Nakajima, M. / Takagi, J. / Yamagata, Y. / Morioka, H.
履歴
登録2019年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VH-SARAH
B: VL-SARAH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6676
ポリマ－37,9932
非ポリマー6744
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area16880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.150, 91.150, 119.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: 抗体 VH-SARAH


分子量: 19952.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The VH domain region (residues 1-113) of this chimeric protein is derived from Mus musculus, while the SARAH domain region (residues 114-164) is derived from Homo sapiens.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 VL-SARAH


分子量: 18040.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The VL domain region (residues 1-108) of this chimeric protein is derived from Mus musculus, while the SARAH domain region (residues 109-159) is derived from Homo sapiens.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-E9R / (2~{S})-6-[4-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-pyridin-1-ium-1-yl]-2-(phenylmethoxycarbonylamino)hexanoic acid


分子量: 389.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium dihydrogen phosphate, dipotassium hydrogenphosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→43.87 Å / Num. obs: 16107 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 32.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Rmerge(I) obs: 1.917 / Num. unique obs: 1155

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XCT

5xct


解像度: 2.6→43.87 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 1508 5.09 %
Rwork0.2137 --
obs0.216 16103 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2641 0 36 7 2684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7723739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1461653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004468
LS精密化 シェル解像度: 2.6001→2.6841 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3974 139
Rwork0.3707 -
obs-2558

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る