+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l0u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of mouse glyoxalase I complexed with a small molecule inhibitor | ||||||
要素 | Lactoylglutathione lyase | ||||||
キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / mouse glyoxalase I / inhibitor / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Pyruvate metabolism / lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / methylglyoxal metabolic process / glutathione metabolic process / osteoclast differentiation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding ...Pyruvate metabolism / lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / methylglyoxal metabolic process / glutathione metabolic process / osteoclast differentiation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, L.L. / Zhou, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of mouse glyoxalase I complexed with a small molecule inhibitor 著者: Jiang, L.L. / Zhou, L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l0u.cif.gz | 89.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6l0u.ent.gz | 65.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l0u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l0u_validation.pdf.gz | 761.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6l0u_full_validation.pdf.gz | 771 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6l0u_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l0u_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/6l0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/6l0u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2za0S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20278.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Glo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CPU0, lactoylglutathione lyase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-E1L / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.92 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 12% (w/v) PEG2000, 16% v/v 2-Propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 25098 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.663 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 167399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZA0 解像度: 1.95→23.16 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.46
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.82 Å2 / Biso mean: 41.79 Å2 / Biso min: 18.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→23.16 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|