PDB-6kzl: Crystal Structure Of NDM-1 Metallo-beta-lactamase In Complex With...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kzl

タイトル

Crystal Structure Of NDM-1 Metallo-beta-lactamase In Complex With Inhibitor X2

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.763 Å

データ登録者

Wachino, J.

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Sulfamoyl Heteroarylcarboxylic Acids as Promising Metallo-beta-Lactamase Inhibitors for Controlling Bacterial Carbapenem Resistance.
著者: Wachino, J.I. / Jin, W. / Kimura, K. / Kurosaki, H. / Sato, A. / Arakawa, Y.

履歴

登録	2019年9月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kzl.cif.gz	121.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kzl.ent.gz	87.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kzl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kzl_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kzl_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6kzl_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	6kzl_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kzl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kxiC 6kxoC 6kznC 6lblC 4eybS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gyq-5 4exy-d 4raw-d 3spu-2 6ibv-d 5a5z-d 6mh0-d 3obr-d 6zyp-d 3obt-d 6euj-4 6euj-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.720, 74.040, 77.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 26045.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5KIY2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-E1C / 2,5-diethyl-1-methyl-4-sulfamoyl-pyrrole-3-carboxylic acid 分子量: 260.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris [pH 6.1], 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→77.43 Å / Num. obs: 40824 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.474 / Num. unique obs: 5859 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4eyb

4eyb

解像度: 1.763→53.513 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 2.181 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1916	2034	4.99 %
R_work	0.148	-	-
all	0.15	-	-
obs	-	40758	99.971 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.359 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.145 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.392 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.247 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.763→53.513 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3537	0	65	478	4080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3719
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.365	1.643	5081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.334	1.586	7753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.088	5	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.304	23.125	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.762	15	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.688	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	785
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.081	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.896	1.97	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.89	1.967	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.692	2.942	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.696	2.944	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.732	2.241	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.732	2.241	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.991	3.24	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.991	3.24	2675
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.691	24.8	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.638	24.542	4230

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.763-1.809	0.21	148	0.172	2820	0.174	2969	0.927	0.94	99.9663	0.148
1.809-1.858	0.228	139	0.159	2736	0.162	2880	0.934	0.947	99.8264	0.136
1.858-1.912	0.212	144	0.151	2676	0.154	2820	0.943	0.956	100	0.129
1.912-1.971	0.2	173	0.143	2564	0.147	2738	0.95	0.962	99.9635	0.124
1.971-2.035	0.195	131	0.152	2517	0.154	2648	0.947	0.959	100	0.134
2.035-2.107	0.193	132	0.151	2451	0.153	2583	0.951	0.961	100	0.135
2.107-2.186	0.218	125	0.145	2376	0.149	2501	0.941	0.96	100	0.131
2.186-2.275	0.177	142	0.127	2258	0.13	2400	0.962	0.972	100	0.114
2.275-2.376	0.181	125	0.138	2177	0.14	2302	0.961	0.967	100	0.127
2.376-2.492	0.245	98	0.145	2101	0.149	2199	0.933	0.961	100	0.136
2.492-2.626	0.189	100	0.139	2007	0.141	2107	0.962	0.965	100	0.13
2.626-2.785	0.176	64	0.144	1928	0.145	1992	0.96	0.965	100	0.139
2.785-2.977	0.17	79	0.151	1800	0.152	1879	0.962	0.964	100	0.145
2.977-3.215	0.202	61	0.146	1713	0.148	1774	0.958	0.969	100	0.146
3.215-3.52	0.177	67	0.159	1546	0.16	1613	0.964	0.967	100	0.162
3.52-3.934	0.168	83	0.148	1393	0.15	1476	0.968	0.973	100	0.154
3.934-4.538	0.149	74	0.131	1239	0.132	1313	0.974	0.977	100	0.142
4.538-5.548	0.186	68	0.143	1067	0.145	1135	0.968	0.976	100	0.154
5.548-7.804	0.206	49	0.162	848	0.164	897	0.961	0.97	100	0.173
7.804-53.513	0.268	32	0.197	507	0.201	544	0.931	0.965	99.0809	0.208

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