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万見
- PDB-6koj: Crystal structure of SNX11-PXe domain in complex with PI(3,5)P2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6koj
タイトルCrystal structure of SNX11-PXe domain in complex with PI(3,5)P2
要素Sorting nexin-11
キーワードPROTEIN TRANSPORT / sorting nexin / phox-homology domain
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol phosphate binding / vesicle organization / intracellular protein transport / endosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-10/11 / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I35 / Sorting nexin-11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Xu, T. / Liu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31570759 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for PI(3,5)P2Recognition by SNX11, a Protein Involved in Lysosomal Degradation and Endosome Homeostasis Regulation.
著者: Xu, T. / Gan, Q. / Wu, B. / Yin, M. / Xu, J. / Shu, X. / Liu, J.
履歴
登録2019年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-11
B: Sorting nexin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1654
ポリマ－33,8962
非ポリマー1,2692
水43224
1
A: Sorting nexin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5832
ポリマ－16,9481
非ポリマー6341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sorting nexin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5832
ポリマ－16,9481
非ポリマー6341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.860, 45.270, 50.480
Angle α, β, γ (deg.)110.190, 106.040, 90.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 16 - 141 / Label seq-ID: 10 - 135

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-11


分子量: 16948.146 Da / 分子数: 2 / 断片: PX domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX11 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9Y5W9
#2: 化合物 ChemComp-I35 / [(2~{R})-2-butanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,4,6-tris(oxidanyl)-3,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] butanoate


分子量: 634.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H33O19P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.15 % / Mosaicity: 1.48 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M NaAc pH 4.6, 2% v/v Tacsimate pH 4.0, 16% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→45.27 Å / Num. obs: 12451 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 40277 / Scaling rejects: 85
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.14-2.213.30.234341110390.9340.150.279491.5
9.09-45.2730.1024981640.9540.0710.12512.189.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IKB

4ikb


解像度: 2.14→45.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 6.659 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2709 673 5.4 %RANDOM
Rwork0.2011 ---
obs0.2049 11777 89.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.03 Å2 / Biso mean: 26.482 Å2 / Biso min: 9.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å2-0.58 Å2-0.21 Å2
2---2.53 Å2-0.04 Å2
3---1.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→45.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2093 0 78 24 2195
Biso mean--52.41 21.99 -
残基数----255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132233
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7171.6643028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2851.5734799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3645257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.56620.827133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.89115388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2721522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02499
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3906 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.143→2.199 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 60 -
Rwork0.235 872 -
all-932 -
obs--91.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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