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Yorodumi- PDB-6kjp: Functional and structural insights into the unusual oxyanion hole... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kjp | ||||||
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Title | Functional and structural insights into the unusual oxyanion hole-like geometry in macrolactin acyltransferase selective for dicarboxylic acyl donors | ||||||
Components | Putative beta-lactamase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / acyltransferase | ||||||
Function / homology | : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Chem-D9F / Putative beta-lactamase Function and homology information | ||||||
Biological species | Jeotgalibacillus marinus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.06 Å | ||||||
Authors | Xiao, F. / Dong, S. / Feng, Y. / Li, W. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2020 Title: Structural Basis of Specificity for Carboxyl-Terminated Acyl Donors in a Bacterial Acyltransferase. Authors: Xiao, F. / Dong, S. / Liu, Y. / Feng, Y. / Li, H. / Yun, C.H. / Cui, Q. / Li, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6kjp.cif.gz | 164.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6kjp.ent.gz | 127.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6kjp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6kjp_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6kjp_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 6kjp_validation.xml.gz | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6kjp_validation.cif.gz | 25 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6kjhSC 6kjjC 6kjqC 6kjrC 6kjtC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44239.426 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Jeotgalibacillus marinus (bacteria) / Gene: mlnI / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0U1X4V6 |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Chemical | ChemComp-D9F / ( |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 3, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.06→84.6 Å / Num. obs: 20392 / % possible obs: 86.1 % / Redundancy: 6.3 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.209 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 128937 / Scaling rejects: 245 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6KJH Resolution: 2.06→51.78 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.71 Å2 / Biso mean: 29.9392 Å2 / Biso min: 11.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.06→51.78 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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