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万見
- PDB-6k24: Structure of the Rhodium Mesoporphyrin IX-Reconstituted CYP102A1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k24
タイトルStructure of the Rhodium Mesoporphyrin IX-Reconstituted CYP102A1 Haem Domain with N-Abietoyl-L-Tryptophan
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MESOPORPHYRIN IX CONTAINING Rh / Chem-WAA / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stanfield, J.K. / Matsumoto, A. / Kasai, C. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Watanabe, Y. / Shoji, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR15P3 日本
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Crystals in Minutes: Instant On-Site Microcrystallisation of Various Flavours of the CYP102A1 (P450BM3) Haem Domain.
著者: Stanfield, J.K. / Omura, K. / Matsumoto, A. / Kasai, C. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Watanabe, Y. / Shoji, O.
履歴
登録2019年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4288
ポリマ－109,9592
非ポリマー2,4696
水5,368298
1
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2144
ポリマ－54,9801
非ポリマー1,2343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area19110 Å2
手法PISA
2
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2144
ポリマ－54,9801
非ポリマー1,2343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.082, 149.182, 65.213
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase


分子量: 54979.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: cyp102A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F2Q7T0, UniProt: P14779*PLUS, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物 ChemComp-WAA / (2S)-2-[[(1R,4aR,4bR,10aR)-1,4a-dimethyl-7-propan-2-yl-2,3,4,4b,5,6,10,10a-octahydrophenanthren-1-yl]carbonylamino]-3-( 1H-indol-3-yl)propanoic acid / N-Abietoyl-L-Tryptophan


分子量: 488.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H40N2O3
#3: 化合物 ChemComp-CV0 / MESOPORPHYRIN IX CONTAINING Rh


分子量: 667.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H36N4O4Rh
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: PEG8000, Magnesium Chloride, Tris-HCl, 0.5% DMSO, 125uM N-Abietoyl-L-Tryptophan

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.74 Å / Num. obs: 60178 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
2.1-2.156.61.091247550.6980.4531.184
9.39-48.695.40.0723.27450.9750.0340.079

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP11.6.04位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WSP

3wsp


解像度: 2.1→48.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 7.555 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.21
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2563 2962 4.9 %RANDOM
Rwork0.2083 ---
obs0.2107 57075 92.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.15 Å2 / Biso mean: 43.929 Å2 / Biso min: 21.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7334 0 166 298 7798
Biso mean--42.32 43.69 -
残基数----910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.6810763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2721.60617143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7475955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32723.452420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.017151408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7341541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021613
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 230 -
Rwork0.346 4513 -
all-4743 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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