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- PDB-6jtt: MHETase in complex with BHET -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jtt
タイトルMHETase in complex with BHET
要素Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mono(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tannase/feruloyl esterase / Tannase and feruloyl esterase / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
bis(2-hydroxyethyl) benzene-1,4-dicarboxylate / 4-(2-hydroxyethyloxycarbonyl)benzoic acid / Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Ideonella sakaiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Sagong, H.-Y. / Seo, H. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Decomposition of PET film by MHETase using Exo-PETase function
著者: Sagong, H.-Y. / Seo, H. / Kim, T. / Son, H. / Joo, S. / Lee, S. / Kim, S. / Woo, J.-S. / Hwang, S. / Kim, K.-J.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,5429
ポリマ－195,7483
非ポリマー7956
水9,008500
1
A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4993
ポリマ－65,2491
非ポリマー2502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5433
ポリマ－65,2491
非ポリマー2942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4993
ポリマ－65,2491
非ポリマー2502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)215.259, 173.799, 106.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.510, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase


分子量: 65249.172 Da / 分子数: 3 / 断片: feruloyl esterase domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア)
株: 201-F6 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-C9C / 4-(2-hydroxyethyloxycarbonyl)benzoic acid / monohydroxyethyl terephthalate


分子量: 210.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O5
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-C8X / bis(2-hydroxyethyl) benzene-1,4-dicarboxylate / bis(2-hydroxyethyl) terephthalate


分子量: 254.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細C9C has a betahydroxy-covalent intermediate state with Serine225.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG3350, HEPES, Tacsimate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月12日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→33.21 Å / Num. obs: 114235 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 15.75
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Num. unique obs: 5710 / CC1/2: 0.867 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→33.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 6.264 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.201
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 5549 4.9 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
obs0.1917 108686 97.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.38 Å2 / Biso mean: 26.538 Å2 / Biso min: 9.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å20 Å2-0.92 Å2
2---1.61 Å20 Å2
3---2.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→33.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12369 0 49 500 12918
Biso mean--45.37 26.74 -
残基数----1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01312812
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7721.64117421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4071.57526144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10151675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.33821.688628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55151777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3221584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022863
LS精密化 シェル解像度: 2.507→2.572 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 406 -
Rwork0.253 7696 -
all-8102 -
obs--94.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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