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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j8q | ||||||
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タイトル | Serine Beta-Lactamase KPC-2 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor WL-001 | ||||||
要素 | Serine Beta-Lactamase KPC-2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Beta-lactamase / Serine-beta-lactamase KPC-2 / KPC-2 / Carbapenemase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.787 Å | ||||||
データ登録者 | Li, G.-B. / Liu, S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019 タイトル: Structure-Based Development of (1-(3'-Mercaptopropanamido)methyl)boronic Acid Derived Broad-Spectrum, Dual-Action Inhibitors of Metallo- and Serine-beta-lactamases. 著者: Wang, Y.L. / Liu, S. / Yu, Z.J. / Lei, Y. / Huang, M.Y. / Yan, Y.H. / Ma, Q. / Zheng, Y. / Deng, H. / Sun, Y. / Wu, C. / Yu, Y. / Chen, Q. / Wang, Z. / Wu, Y. / Li, G.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j8q.cif.gz | 231.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j8q.ent.gz | 183.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j8q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/6j8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/6j8q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 28079.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Klebsiella pneumoniae / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaKPC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q93LQ9, UniProt: Q9F663*PLUS, beta-lactamase |
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-非ポリマー , 5種, 836分子
#2: 化合物 | ChemComp-BHU / [[( #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | ChemComp-ACY / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 32% to 35% PEG 8000, 0.1M lithium sulphate, 0.05M sodium acetate (pH 4.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 136404 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 21.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.222 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.228 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 3.1 / Num. measured all: 2249490 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3RXW 解像度: 1.787→47.677 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.22 Å2 / Biso mean: 23.3258 Å2 / Biso min: 4.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.787→47.677 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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