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- PDB-6iq5: Crystal Structure of CYP1B1 and Inhibitor Having Azide Group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iq5
タイトルCrystal Structure of CYP1B1 and Inhibitor Having Azide Group
要素Cytochrome P450 1B1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Cytochrome P450 / Inhibitor / CYP1B1 / azide / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cortisol stimulus / response to indole-3-methanol / Defective CYP1B1 causes Glaucoma / trabecular meshwork development / benzene-containing compound metabolic process / endothelial cell-cell adhesion / membrane lipid catabolic process / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase activity / ganglion development ...cellular response to cortisol stimulus / response to indole-3-methanol / Defective CYP1B1 causes Glaucoma / trabecular meshwork development / benzene-containing compound metabolic process / endothelial cell-cell adhesion / membrane lipid catabolic process / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase activity / ganglion development / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / response to follicle-stimulating hormone / retinal blood vessel morphogenesis / omega-hydroxylase P450 pathway / response to 3-methylcholanthrene / toxin metabolic process / arachidonate metabolic process / epoxygenase P450 pathway / blood vessel endothelial cell migration / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / DNA modification / retinal metabolic process / cellular response to progesterone stimulus / sterol metabolic process / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / cellular response to luteinizing hormone stimulus / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / cellular response to toxic substance / response to arsenic-containing substance / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / collagen fibril organization / blood vessel morphogenesis / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / unspecific monooxygenase / aromatase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / adrenal gland development / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / response to dexamethasone / steroid metabolic process / cellular response to organic cyclic compound / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / endothelial cell migration / estrous cycle / Endogenous sterols / cellular response to cAMP / nitric oxide biosynthetic process / xenobiotic metabolic process / response to nutrient / negative regulation of cell migration / positive regulation of translation / monooxygenase activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of angiogenesis / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / response to estradiol / angiogenesis / cell adhesion / positive regulation of apoptotic process / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AQ0 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 1B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kubo, M. / Yamamoto, K. / Itoh, T.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Design and synthesis of selective CYP1B1 inhibitor via dearomatization of alpha-naphthoflavone.
著者: Kubo, M. / Yamamoto, K. / Itoh, T.
履歴
登録2018年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 1B1
B: Cytochrome P450 1B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0865
ポリマ－104,5332
非ポリマー1,5523
水543
1
A: Cytochrome P450 1B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2023
ポリマ－52,2671
非ポリマー9362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 1B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8832
ポリマ－52,2671
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.190, 135.190, 302.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 1B1 / CYPIB1


分子量: 52266.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP1B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16678, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-AQ0 / 2-(cis-4-azidocyclohexyl)-4H-naphtho[1,2-b]pyran-4-one


分子量: 319.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: pH7.4, PEG 8000, ethylene glycol, HEPES, CHPAS

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→47.8 Å / Num. obs: 28823 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.7→3.92 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
MOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.7→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.795 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.738 / SU B: 141.235 / SU ML: 0.908 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.785
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39631 1967 6.9 %
Rwork0.35601 --
obs-26522 98.79 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 557.16 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5 Å20 Å20 Å2
2---2.5 Å20 Å2
3---5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7073 0 110 3 7186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0197378
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.9710031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.74315889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1925890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09522.55349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.981151166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0861572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021863
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.796 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.587 133 -
Rwork0.541 1753 -
all-1886 -
obs--86.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6152-0.82343.09872.05220.17593.1363-0.3811-0.4878-0.24580.340.34760.3625-0.1317-0.40680.03350.47480.00040.1580.80850.10820.239511.2632-47.5596-15.3138
20.33990.6298-0.20512.3287-1.00270.4989-0.20150.3098-0.16540.09630.0433-0.3183-0.0630.20780.15820.5366-0.16660.09160.8523-0.08260.201634.6185-41.6686-29.0349
32.8628-1.42641.50840.8969-0.55441.00340.12811.1082-0.14130.5186-0.41570.30880.56820.61210.28761.49540.08270.67450.4328-0.02060.312128.8381-57.9331-20.3139
40.24710.18570.16590.3539-0.11640.7602-0.2610.13430.09130.04420.10430.1377-0.17160.05920.15670.729-0.04150.02140.63990.04970.278821.6742-33.3716-24.7246
50.60540.7562-0.18762.1585-0.27630.0652-0.44650.08150.27110.44380.56840.07130.0927-0.0043-0.12191.0750.3055-0.38470.4666-0.22660.273827.2212-2.419828.166
60.9422-1.4129-0.74342.21051.1020.6019-0.2560.002-0.16340.22510.15360.36180.1128-0.0790.10240.98830.1342-0.15390.52750.20480.177318.0888-26.522213.2286
72.23751.4302-3.33630.9335-2.15124.9928-0.11040.0865-0.0471-0.08330.1090.04450.1684-0.18560.00140.6020.0329-0.00880.4064-0.0290.52228.8648-23.341710.5485
81.70622.32867.04775.12499.417829.40690.75990.7560.16241.817-0.9580.93993.26963.32250.19810.7636-0.43650.1242.3543-0.64370.84788.2612-15.94275.524
911.0774-3.46464.237318.64638.85867.52990.35410.2672-0.38010.3703-0.340.31190.3784-0.0682-0.01410.47220.0371-0.14270.4373-0.10170.711418.26559.688520.3369
1027.6187-19.4874-3.667714.32622.96290.75010.1080.04670.58980.2362-0.1041-0.41270.1394-0.1092-0.00390.59610.0464-00.51260.03350.644710.8229.206912.4744
113.6546.1237-0.678711.1811-1.35440.1905-0.064-0.27590.422-0.19480.0440.52290.0953-0.03230.020.58250.09060.07690.5087-0.02770.50422.8784-9.540317.3673
1210.398-1.42371.75281.88310.02620.72390.28440.182-0.37560.1986-0.3144-0.06990.2761-0.18610.030.5298-0.04950.08960.51210.05930.54230.8449-27.422225.9311
131.0124-0.4363-0.09881.52970.9450.7373-0.492-0.09510.12150.1750.41240.03980.1540.10320.07950.8250.1668-0.20890.5023-0.13020.218629.7047-20.215418.9524
141.67780.77990.08694.2412.00941.23020.00770.23910.2807-0.23450.1571-0.0633-0.08160.0008-0.16480.58820.0129-0.03510.49620.02870.34927.4784-19.68441.7449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A68 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2A156 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3A240 - 312
4X-RAY DIFFRACTION4A313 - 530
5X-RAY DIFFRACTION5B68 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6B143 - 200
7X-RAY DIFFRACTION7B201 - 220
8X-RAY DIFFRACTION8B221 - 225
9X-RAY DIFFRACTION9B241 - 246
10X-RAY DIFFRACTION10B251 - 257
11X-RAY DIFFRACTION11B258 - 278
12X-RAY DIFFRACTION12B279 - 301
13X-RAY DIFFRACTION13B302 - 497
14X-RAY DIFFRACTION14B498 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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