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- PDB-6ijr: Human PPARgamma ligand binding domain complexed with SB1495 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ijr
タイトルHuman PPARgamma ligand binding domain complexed with SB1495
要素
  • 16 mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / Type 2 diabetes / Nuclear receptor / Inhibitor / Ligand binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / beige fat cell differentiation / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly ...labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / beige fat cell differentiation / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of lipid metabolic process / STAT family protein binding / WW domain binding / male mating behavior / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / hypothalamus development / negative regulation of cholesterol storage / LBD domain binding / positive regulation of lipoprotein transport / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / progesterone receptor signaling pathway / R-SMAD binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / monocyte differentiation / cell fate commitment / response to retinoic acid / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / protein-lysine-acetyltransferase activity / positive regulation of fat cell differentiation / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / retinoic acid receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to hormone stimulus / estrogen receptor signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / negative regulation of MAPK cascade / lactation / cell maturation / peptide binding / epithelial cell differentiation / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to progesterone / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / positive regulation of neuron differentiation / response to nutrient / SUMOylation of transcription cofactors / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / negative regulation of miRNA transcription / brown fat cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / cerebellum development / placenta development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / SUMOylation of intracellular receptors
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / : / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A9C / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Jang, J.Y. / Han, B.W.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the inhibitory effects of a novel reversible covalent ligand on PPAR gamma phosphorylation.
著者: Jang, J.Y. / Kim, H. / Kim, H.J. / Suh, S.W. / Park, S.B. / Han, B.W.
履歴
登録2018年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: 16 mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1
C: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
D: 16 mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5156
ポリマ－68,3714
非ポリマー1,1442
水43224
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: 16 mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7573
ポリマ－34,1862
非ポリマー5721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
2
C: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
D: 16 mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7573
ポリマ－34,1862
非ポリマー5721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.359, 62.451, 162.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 32280.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド 16 mer peptide from Nuclear receptor coactivator 1


分子量: 1905.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-A9C / N-{[3-({[(1S,2R)-2-{[(2E)-2-cyano-4,4-dimethylpent-2-enoyl]amino}cyclopentyl]oxy}methyl)phenyl]methyl}-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]benzamide


分子量: 571.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H45N5O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 60% (v/v) Tacsimate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 15503 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GTO

5gto


解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 20.764 / SU ML: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.444 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26601 777 5.1 %RANDOM
Rwork0.23601 ---
obs0.23754 14528 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 87.947 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.25 Å20 Å20 Å2
2--3.36 Å2-0 Å2
3----6.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4691 0 84 24 4799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194863
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4682.0076557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.987311021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5335579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21525.421214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68715936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9151518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02895
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8128.6652328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.8128.6622327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.67712.9822903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.67612.9852904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.929.1922535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9199.1882533
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.01713.5993654
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.2915607
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.2935605
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 49 -
Rwork0.346 1034 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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